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万見
- PDB-7b1x: Crystal structure of cold-active esterase PMGL3 from permafrost m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b1x
タイトルCrystal structure of cold-active esterase PMGL3 from permafrost metagenomic library
要素esterase PMGL3
キーワードHYDROLASE / esterase / HSL / permafrost / cold-active / psychrophilic / tetramer / dimer / lipase
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Petrovskaya, L.E. / Kryukova, M.V. / Kryukova, E.A. / Korzhenevsky, D.A. / Lomakina, G.Y. / Novototskaya-Vlasova, K.A. / Rivkina, E.M. / Dolgikh, D.A. ...Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Petrovskaya, L.E. / Kryukova, M.V. / Kryukova, E.A. / Korzhenevsky, D.A. / Lomakina, G.Y. / Novototskaya-Vlasova, K.A. / Rivkina, E.M. / Dolgikh, D.A. / Kirpichnikov, M.P. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-04-00491 ロシア
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Cold-Active PMGL3 Esterase with Unusual Oligomeric Structure.
著者: Boyko, K.M. / Kryukova, M.V. / Petrovskaya, L.E. / Kryukova, E.A. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevsky, D.A. / Lomakina, G.Y. / Novototskaya-Vlasova, K.A. / Rivkina, E.M. / Dolgikh, D.A. / ...著者: Boyko, K.M. / Kryukova, M.V. / Petrovskaya, L.E. / Kryukova, E.A. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevsky, D.A. / Lomakina, G.Y. / Novototskaya-Vlasova, K.A. / Rivkina, E.M. / Dolgikh, D.A. / Kirpichnikov, M.P. / Popov, V.O.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: esterase PMGL3
B: esterase PMGL3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8812
ポリマ－66,8812
非ポリマー00
水3,549197
1
A: esterase PMGL3
B: esterase PMGL3

A: esterase PMGL3
B: esterase PMGL3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,7634
ポリマ－133,7634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area6560 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area41930 Å2
手法PISA
2
A: esterase PMGL3

A: esterase PMGL3

B: esterase PMGL3

B: esterase PMGL3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,7634
ポリマ－133,7634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4610 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area43880 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.800, 98.400, 75.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 302 / Label seq-ID: 1 - 302

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 esterase PMGL3


分子量: 33440.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: triacylglycerol lipase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6; 20% isopropanol; 20% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.28 Å / Num. obs: 33658 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.034 % / Biso Wilson estimate: 44.04 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 14.58 / Num. measured all: 203107 / Scaling rejects: 80
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.22.2630.5291.5441360.6610.68691.7
2.2-2.54.0230.623.190200.8570.68893.5
2.5-37.6650.3867.7885760.9660.41498.5
3-47.5670.123.6968530.9970.10898.5
4-107.9090.0544.1947370.9980.05498.6
10-507.1790.0553.393360.9980.05396.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FAK

3fak


解像度: 2.3→37.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 15.695 / SU ML: 0.182 / SU R Cruickshank DPI: 0.4503 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.45 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 1182 5 %RANDOM
Rwork0.1615 ---
obs0.1649 22446 89.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.25 Å2 / Biso mean: 41.741 Å2 / Biso min: 20.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20.2 Å2
2--1.32 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→37.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4507 0 0 197 4704
Biso mean---40.65 -
残基数----604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0124632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0741.6226310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1095602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5421.957230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.57815684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1751530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023620
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9755 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 98 -
Rwork0.241 1666 -
all-1764 -
obs--91.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22370.01320.10460.51970.03070.79710.06370.33870.03840.00180.0082-0.04370.09370.0167-0.07190.06910.032-0.020.1510.01180.0154-29.11980.68535.0134
20.9504-0.01050.03180.53540.05940.79490.0493-0.0740.22190.02270.01160.0235-0.0213-0.2404-0.06090.0230.02810.00090.1104-0.00550.1001-48.446115.16229.6386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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