PDB-7b1o: Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenase 1 (IDO1) in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b1o

タイトル

Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenase 1 (IDO1) in complex with compound 22

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

IMMUNOSUPPRESSANT / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Lammens, A. / Krapp, S. / Lewis, R.T. / Hamilton, M.M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of IACS-9779 and IACS-70465 as Potent Inhibitors Targeting Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 (IDO1) Apoenzyme.
著者: Hamilton, M.M. / Mseeh, F. / McAfoos, T.J. / Leonard, P.G. / Reyna, N.J. / Harris, A.L. / Xu, A. / Han, M. / Soth, M.J. / Czako, B. / Theroff, J.P. / Mandal, P.K. / Burke, J.P. / Virgin- ...

履歴

登録	2020年11月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b1o.cif.gz	314.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b1o.ent.gz	256.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b1o_validation.pdf.gz	716.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b1o_full_validation.pdf.gz	719 KB	表示
XML形式データ	7b1o_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	7b1o_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m63C 7m7dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f0a-d 5wmw-d 7e0p-d 6pz1-d 4u72-d 6mq6-d 2d0t-d 5whr-d 6v52-d 5etw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.560, 91.526, 130.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 46164.062 Da / 分子数: 2 / 断片: >#FRAGMENT#< / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-SLW / 4-chloranyl-N-[(1R)-1-[(1S,5R)-3-quinolin-4-yloxy-6-bicyclo[3.1.0]hexanyl]propyl]benzamide / 4-chloranyl-~{N}-[(1~{R})-1-[(1~{S},5~{R})-3-quinolin-4-yloxy-6-bicyclo[3.1.0]hexanyl]propyl]benzamide 分子量: 420.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₅ClN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 mM Tris pH 8.0, 18% (w/v) PEG6000, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999999701977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999999701977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→74.89 Å / Num. obs: 32082 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 5.1 / Net I/σ(I): 5.41
反射シェル	解像度: 2.58→10 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Num. unique obs: 307900 / % possible all: 95.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.58→74.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 20.877 / SU ML: 0.208 / SU R Cruickshank DPI: 0.5222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2428	857	2.7 %	RANDOM
R_work	0.2165	-	-	-
obs	0.2172	31225	98.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.5 Å² / B_iso mean: 68.596 Å² / B_iso min: 35.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.58→74.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5949	0	60	39	6048
B_iso mean	-	-	49.01	55.99	-
残基数	-	-	-	-	750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6060
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.184	1.974	8231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.935	3	12809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.406	5	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.145	24.023	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.011	15	993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.512	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	5239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.075	0.2	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.145	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.117	0.2	10

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.647 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	56	-
R_work	0.313	2011	-
all	-	2067	-
obs	-	-	87.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)
1	4.7792	-0.687	-1.7424	3.5201	1.2841	3.6128	-0.2213	0.294	-0.5213	0.0326	-0.3749	0.8326	0.3257	-1.2259	0.5961	0.0951	-0.033	-0.0095	0.6679	-0.1047	0.3937
2	3.6757	-0.5793	-1.8267	1.8066	0.7592	3.2796	-0.0359	0.0742	-0.1922	-0.0679	-0.184	0.1352	0.0661	-0.3769	0.2199	0.0368	0.0287	-0.036	0.1323	-0.0167	0.1108
3	3.6578	-4.4908	-1.9724	8.2127	3.1286	5.5316	-0.097	-0.7658	0.3469	0.2633	0.2168	-0.2353	-0.1844	0.3623	-0.1197	0.0546	-0.0369	-0.053	0.3619	-0.1044	0.1511
4	5.2879	0.4955	1.9915	2.3223	0.1444	2.7529	-0.3842	0.9076	0.268	-0.0374	-0.0033	-0.3424	-0.1777	0.8706	0.3874	0.1448	-0.1069	-0.0807	0.3107	0.1717	0.2694
5	4.3681	0.9789	2.427	1.3361	0.3583	2.9613	-0.1709	0.2071	0.0549	-0.0025	-0.031	0.0113	-0.0552	0.1448	0.2019	0.0924	-0.0389	-0.0127	0.078	0.0626	0.1305
6	4.0608	-1.9793	3.9308	2.048	-1.5304	8.797	-0.0878	-1.2822	-0.057	0.5136	0.1098	0.0619	-0.1437	-1.2954	-0.0219	0.234	-0.1991	0.0299	0.6539	0.0285	0.2545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 335
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	336 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	11 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	108 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	336 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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