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- PDB-7b1b: Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b1b
タイトルCryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1C
要素
  • AAEL013433-PA
  • Toll-like receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Mosquito vector biology / Toll receptor / LRR / Cystine knot domain
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / innate immune response / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Spaetzle / Spaetzle / Toll-like receptor / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Cystine-knot cytokine / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Spaetzle / Spaetzle / Toll-like receptor / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Cystine-knot cytokine / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TIR domain-containing protein / AAEL013433-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.23 Å
データ登録者Gangloff, M. / Hardwick, S.W. / Chirgadze, D.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P02260X/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and dynamics of Toll immunoreceptor activation in the mosquito Aedes aegypti.
著者: Yoann Saucereau / Thomas H Wilson / Matthew C K Tang / Martin C Moncrieffe / Steven W Hardwick / Dimitri Y Chirgadze / Sandro G Soares / Maria Jose Marcaida / Nicholas J Gay / Monique Gangloff /
要旨: Aedes aegypti has evolved to become an efficient vector for arboviruses but the mechanisms of host-pathogen tolerance are unknown. Immunoreceptor Toll and its ligand Spaetzle have undergone ...Aedes aegypti has evolved to become an efficient vector for arboviruses but the mechanisms of host-pathogen tolerance are unknown. Immunoreceptor Toll and its ligand Spaetzle have undergone duplication which may allow neofunctionalization and adaptation. Here we present cryo-EM structures and biophysical characterisation of low affinity Toll5A complexes that display transient but specific interactions with Spaetzle1C, forming asymmetric complexes, with only one ligand clearly resolved. Loop structures of Spaetzle1C and Toll5A intercalate, temporarily bridging the receptor C-termini to promote signalling. By contrast unbound receptors form head-to-head homodimers that keep the juxtamembrane regions far apart in an inactive conformation. Interestingly the transcriptional signature of Spaetzle1C differs from other Spaetzle cytokines and controls genes involved in innate immunity, metabolism and tissue regeneration. Taken together our results explain how upregulation of Spaetzle1C in the midgut and Toll5A in the salivary gland shape the concomitant immune response.
履歴
登録2020年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor
D: AAEL013433-PA
P: AAEL013433-PA
B: Toll-like receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,67914
ポリマ－201,2344
非ポリマー4,44510
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, mass spectrometry, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "B" and (resid 32 through 52 or (resid 53...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 32 through 37 or (resid 38...
d_1ens_2(chain "E" and (resid 6 through 19 or (resid 20...
d_2ens_2(chain "F" and (resid 6 through 8 or (resid 9...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ARGCYSB1 - 752
d_12ens_1NAGNAGB
d_13ens_1NAGNAGB
d_14ens_1NAGNAGB
d_15ens_1NAGNAGB
d_16ens_1NAGNAGB
d_17ens_1NAGNAGB
d_18ens_1BMABMAB
d_21ens_1ARGCYSC2 - 753
d_22ens_1NAGNAGC
d_23ens_1NAGNAGC
d_24ens_1NAGNAGC
d_25ens_1NAGNAGC
d_26ens_1NAGNAGC
d_27ens_1NAGNAGC
d_28ens_1BMABMAC
d_11ens_2ALACYSE1 - 92
d_21ens_2ALACYSF1 - 92

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor


分子量: 87675.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: 5569408 / プラスミド: pMT-V5-HisA / 細胞株 (発現宿主): S2 / 発現宿主: Drosophila melanocephala (ハエ) / 参照: UniProt: A0A6I8TEX2
#2: タンパク質 AAEL013433-PA


分子量: 12941.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: SPZ1C, AAEL013433 / プラスミド: pFastBac-1 / Cell (発現宿主): Sf9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q16J57
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A dimer bound to Spz1CCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Toll-like receptorCOMPLEX#11RECOMBINANT
3AAEL013433-PACOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.230 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Aedes aegypti (ネッタイシマカ)7159
23Aedes aegypti (ネッタイシマカ)7159
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Drosophila melanocephala (ハエ)46804
23Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)274590
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTris-HClC4H11NO31
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotting force 0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20rc3_4406精密化
PHENIX1.20rc3_4406精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4WarpCTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.20rc3_4406モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 507268
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40153 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
14LXR

4lxr

A1
24LXR

4lxr

J1
34LXR

4lxr

K1
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 243.23 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003913099
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.657117886
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04272226
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00382302
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.54961925
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.31793684698
ens_2d_2CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.39972765577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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