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- PDB-7b0c: [4Fe-4S]-NsrR complexed to 23-bp HmpA1 operator fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b0c
タイトル[4Fe-4S]-NsrR complexed to 23-bp HmpA1 operator fragment
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*T)-3')
  • HTH-type transcriptional repressor NsrR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NO SENSOR / IRON SULFUR CLUSTER / TRANSCRIPTION / DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor NsrR
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Rohac, R. / Fontecilla-Camps, J.C. / Volbeda, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0010 フランス
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural determinants of DNA recognition by the NO sensor NsrR and related Rrf2-type [FeS]-transcription factors.
著者: Rohac, R. / Crack, J.C. / de Rosny, E. / Gigarel, O. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C. / Volbeda, A.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of the NO sensor NsrR reveal how its iron-sulfur cluster modulates DNA binding.
著者: Volbeda, A. / Dodd, E.L. / Darnault, C. / Crack, J.C. / Renoux, O. / Hutchings, M.I. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor NsrR
B: HTH-type transcriptional repressor NsrR
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8276
ポリマ－49,1234
非ポリマー7032
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10710 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.810, 118.810, 89.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 143 or (resid 144...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METASPA1 - 144
d_12ens_1FS4FS4B
d_21ens_1METASPC1 - 144
d_22ens_1FS4FS4D

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor NsrR


分子量: 17503.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
遺伝子: nsrR, SCO7427, SC6D11.23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L132
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6976.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*T)-3')


分子量: 7140.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 550 MME, PEG 20000, magnesium chloride, calcium chloride, MOPS/HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→67.54 Å / Num. obs: 14398 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 131.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2320 / CC1/2: 0.332 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N07

5n07


解像度: 3→51.45 Å / SU ML: 0.5348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 716 4.98 %
Rwork0.2194 13648 -
obs0.2202 14364 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 148.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→51.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2147 943 16 4 3110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00353255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7044631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0374552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.15891274
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.28779804623 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.230.41031600.36732725X-RAY DIFFRACTION99.86
3.23-3.560.3251420.28742710X-RAY DIFFRACTION99.06
3.56-4.070.26531370.26232744X-RAY DIFFRACTION99.52
4.07-5.130.23181380.19932729X-RAY DIFFRACTION99.17
5.13-51.450.1991390.19762740X-RAY DIFFRACTION97.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.05052009640.593037078839-0.8431157024465.31531669702-2.411095624885.83309251667-0.138207477495-0.392538503249-0.3969386458811.04895259548-0.130104578310.0425549063198-0.0113813096905-0.222463031090.001195665693741.50498463457-0.1092843113640.001837039634221.199411024150.124275166031.28135910364-17.3583072796-20.10315605057.31219466839
27.07498649347-0.713761843172.472737814773.1103172294-0.3729834277156.096915144870.1870372923670.9575008763260.226778172832-0.593313576345-0.4966974938090.4235150467120.175347351932-0.02378577190380.001176527058271.190334138390.108693669476-0.1246454215661.501776988540.01853175644461.31145677042-26.0971189722-4.98147099794-22.2652635943
30.8755200562020.717144683823-0.6077991117430.8055952437280.2762832730612.994069761630.31370677589-0.158257749516-1.00539414108-0.1785608071540.4854427907931.937320772540.673054412823-1.38448627683-3.01712182159E-81.65336439162-0.409035510373-0.1223231206952.023349488440.1460633161972.12126496991-37.5883947694-21.6813876757-7.45222729355
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and ((resid 1 through 85) or (resid 124 through 144))) or (chain 'B' and ((resid 86 through 123) or resid 150))A - BA - D1 - 2011
22(chain 'A' and ((resid 86 through 123) or resid 150)) or (chain 'B' and ((resid 1 through 85) or (resid 124 through 144)))A - BA - C86 - 14486 - 144
33(chain 'C' and (resid 1 through 23)) or (chain 'D' and (resid 1 through 23))C - DE - F1 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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