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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b0c | ||||||
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タイトル | [4Fe-4S]-NsrR complexed to 23-bp HmpA1 operator fragment | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / NO SENSOR / IRON SULFUR CLUSTER / TRANSCRIPTION / DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2 iron, 2 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rohac, R. / Fontecilla-Camps, J.C. / Volbeda, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural determinants of DNA recognition by the NO sensor NsrR and related Rrf2-type [FeS]-transcription factors. 著者: Rohac, R. / Crack, J.C. / de Rosny, E. / Gigarel, O. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C. / Volbeda, A. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of the NO sensor NsrR reveal how its iron-sulfur cluster modulates DNA binding. 著者: Volbeda, A. / Dodd, E.L. / Darnault, C. / Crack, J.C. / Renoux, O. / Hutchings, M.I. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5n07S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17503.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nsrR, SCO7427, SC6D11.23 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 6976.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 7140.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 550 MME, PEG 20000, magnesium chloride, calcium chloride, MOPS/HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→67.54 Å / Num. obs: 14398 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 131.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2320 / CC1/2: 0.332 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5N07 解像度: 3→51.45 Å / SU ML: 0.5348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.624 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 148.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→51.45 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.28779804623 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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