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- PDB-7b0a: Puumala virus-like particle glycoprotein spike and lattice contac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b0a
タイトルPuumala virus-like particle glycoprotein spike and lattice contacts model.
要素(Envelope polyprotein) x 2
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / VLP / virus-like particle / Puumala / PUUV / glycoprotein / spike
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal ...: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Puumala orthohantavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.9 Å
データ登録者Rissanen, I. / Stass, R. / Huiskonen, J.T. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)649053 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Molecular rationale for antibody-mediated targeting of the hantavirus fusion glycoprotein.
著者: Ilona Rissanen / Robert Stass / Stefanie A Krumm / Jeffrey Seow / Ruben Jg Hulswit / Guido C Paesen / Jussi Hepojoki / Olli Vapalahti / Åke Lundkvist / Olivier Reynard / Viktor Volchkov / ...著者: Ilona Rissanen / Robert Stass / Stefanie A Krumm / Jeffrey Seow / Ruben Jg Hulswit / Guido C Paesen / Jussi Hepojoki / Olli Vapalahti / Åke Lundkvist / Olivier Reynard / Viktor Volchkov / Katie J Doores / Juha T Huiskonen / Thomas A Bowden /
要旨: The intricate lattice of Gn and Gc glycoprotein spike complexes on the hantavirus envelope facilitates host-cell entry and is the primary target of the neutralizing antibody-mediated immune response. ...The intricate lattice of Gn and Gc glycoprotein spike complexes on the hantavirus envelope facilitates host-cell entry and is the primary target of the neutralizing antibody-mediated immune response. Through study of a neutralizing monoclonal antibody termed mAb P-4G2, which neutralizes the zoonotic pathogen Puumala virus (PUUV), we provide a molecular-level basis for antibody-mediated targeting of the hantaviral glycoprotein lattice. Crystallographic analysis demonstrates that P-4G2 binds to a multi-domain site on PUUV Gc and may preclude fusogenic rearrangements of the glycoprotein that are required for host-cell entry. Furthermore, cryo-electron microscopy of PUUV-like particles in the presence of P-4G2 reveals a lattice-independent configuration of the Gc, demonstrating that P-4G2 perturbs the (Gn-Gc) lattice. This work provides a structure-based blueprint for rationalizing antibody-mediated targeting of hantaviruses.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11966
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11966
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope polyprotein
B: Envelope polyprotein
D: Envelope polyprotein
G: Envelope polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,56810
ポリマ－179,7794
非ポリマー2,7896
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9420 Å2
ΔGint31 kcal/mol
Surface area69580 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Envelope polyprotein / M polyprotein


分子量: 49827.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Puumala orthohantavirus (ウイルス)
遺伝子: gpc / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9WJ31
#2: タンパク質 Envelope polyprotein / M polyprotein


分子量: 40061.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Puumala orthohantavirus (ウイルス)
遺伝子: gpc / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9WJ31
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Puumala virus - Sotkamo / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Puumala orthohantavirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 4.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: Dynamo / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 13.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4323 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 33 / Num. of volumes extracted: 28312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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