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- PDB-7b04: Structure of Nitrite oxidoreductase (Nxr) from the anammox bacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b04
タイトルStructure of Nitrite oxidoreductase (Nxr) from the anammox bacterium Kuenenia stuttgartiensis.
要素(Nitrite oxidoreductase subunit ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Metalloprotein / Anammox
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrate reductase / anammoxosome / anaerobic respiration / cell envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding ...nitrate reductase / anammoxosome / anaerobic respiration / cell envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
DMSO reductase family, type II, haem b-binding subunit / Cytochrome c-552/DMSO reductase-like, haem-binding domain / Ethylbenzene dehydrogenase / : / 4Fe-4S dicluster domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase ...DMSO reductase family, type II, haem b-binding subunit / Cytochrome c-552/DMSO reductase-like, haem-binding domain / Ethylbenzene dehydrogenase / : / 4Fe-4S dicluster domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-MD1 / MOLYBDENUM ATOM / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrite oxidoreductase subunit C / Nitrite oxidoreductase subunit B / Nitrite oxidoreductase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Moreno-Chicano, T. / Dietl, A. / Akram, M. / Barends, T.R.M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)724362European Union
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structural and functional characterization of the intracellular filament-forming nitrite oxidoreductase multiprotein complex
著者: Chicano, T.M. / Dietrich, L. / de Almeida, N.M. / Akram, M. / Hartmann, E. / Leidreiter, F. / Leopoldus, D. / Mueller, M. / Sanchez, R. / Nuijten, G.H.L. / Reimann, J. / Seifert, K.A. / ...著者: Chicano, T.M. / Dietrich, L. / de Almeida, N.M. / Akram, M. / Hartmann, E. / Leidreiter, F. / Leopoldus, D. / Mueller, M. / Sanchez, R. / Nuijten, G.H.L. / Reimann, J. / Seifert, K.A. / Schlichting, I. / van Niftrik, L. / Jetten, M.S.M. / Dietl, A. / Kartal, B. / Parey, K. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2020年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite oxidoreductase subunit B
B: Nitrite oxidoreductase subunit A
C: Nitrite oxidoreductase subunit C
D: Nitrite oxidoreductase subunit B
E: Nitrite oxidoreductase subunit A
F: Nitrite oxidoreductase subunit C
G: Nitrite oxidoreductase subunit B
H: Nitrite oxidoreductase subunit A
I: Nitrite oxidoreductase subunit C
J: Nitrite oxidoreductase subunit B
K: Nitrite oxidoreductase subunit A
L: Nitrite oxidoreductase subunit C
M: Nitrite oxidoreductase subunit B
N: Nitrite oxidoreductase subunit A
O: Nitrite oxidoreductase subunit C
P: Nitrite oxidoreductase subunit B
Q: Nitrite oxidoreductase subunit A
R: Nitrite oxidoreductase subunit C
S: Nitrite oxidoreductase subunit B
T: Nitrite oxidoreductase subunit A
U: Nitrite oxidoreductase subunit C
V: Nitrite oxidoreductase subunit B
W: Nitrite oxidoreductase subunit A
X: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,756,016112
ポリマ－1,724,20724
非ポリマー31,80888
水14,394799
1
A: Nitrite oxidoreductase subunit B
B: Nitrite oxidoreductase subunit A
C: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,50214
ポリマ－215,5263
非ポリマー3,97611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25130 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area50360 Å2
手法PISA
2
D: Nitrite oxidoreductase subunit B
E: Nitrite oxidoreductase subunit A
F: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,50214
ポリマ－215,5263
非ポリマー3,97611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21920 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area65590 Å2
手法PISA
3
G: Nitrite oxidoreductase subunit B
H: Nitrite oxidoreductase subunit A
I: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,50214
ポリマ－215,5263
非ポリマー3,97611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25210 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area50420 Å2
手法PISA
4
J: Nitrite oxidoreductase subunit B
K: Nitrite oxidoreductase subunit A
L: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,50214
ポリマ－215,5263
非ポリマー3,97611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25390 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area50790 Å2
手法PISA
5
M: Nitrite oxidoreductase subunit B
N: Nitrite oxidoreductase subunit A
O: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,50214
ポリマ－215,5263
非ポリマー3,97611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25070 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area50030 Å2
手法PISA
6
P: Nitrite oxidoreductase subunit B
Q: Nitrite oxidoreductase subunit A
R: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,50214
ポリマ－215,5263
非ポリマー3,97611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25210 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area50420 Å2
手法PISA
7
S: Nitrite oxidoreductase subunit B
T: Nitrite oxidoreductase subunit A
U: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,50214
ポリマ－215,5263
非ポリマー3,97611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25320 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area50650 Å2
手法PISA
8
V: Nitrite oxidoreductase subunit B
W: Nitrite oxidoreductase subunit A
X: Nitrite oxidoreductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,50214
ポリマ－215,5263
非ポリマー3,97611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24970 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area50280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.626, 206.467, 527.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
Nitrite oxidoreductase subunit ... , 3種, 24分子 ADGJMPSVBEHKNQTWCFILORUX

#1: タンパク質
Nitrite oxidoreductase subunit B / Strongly similar to nitrate reductase (NarH)


分子量: 48013.816 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1PZD5, nitrate reductase
#2: タンパク質
Nitrite oxidoreductase subunit A / Similar to nitrate reductase subunit NarG


分子量: 131907.141 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1PZD8, nitrate reductase
#3: タンパク質
Nitrite oxidoreductase subunit C


分子量: 35604.953 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1PZD4

-
非ポリマー , 7種, 887分子

#4: 化合物...
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MD1 / PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER


分子量: 740.557 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM


分子量: 95.940 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 13% PEG 4000 50 mM TrisCl pH 8.5 1.8 mM n-Decyl-beta-D-maltoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.7345 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→206.47 Å / Num. obs: 377277 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 26.3 % / Biso Wilson estimate: 49.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.428 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.444 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.97→3.07 Å / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 2.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 18807 / CC1/2: 0.498 / Rpim(I) all: 0.786 / Rrim(I) all: 2.608 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.14rc1精密化
XDSデータ削減
STARANISOv3.000データスケーリング
PHENIXv1.14rc1位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.97→192.25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 21282 5.64 %in shells
Rwork0.223 ---
obs0.225 377164 95.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→192.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数113616 0 1432 799 115847

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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