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- PDB-7azt: X-ray crystallographic structure of (6-4)photolyase from Drosophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7azt
タイトルX-ray crystallographic structure of (6-4)photolyase from Drosophila melanogaster at room temperature
要素RE11660p
キーワードLYASE / Flavoprotein / (6-4)photolyase
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily ...DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / RE11660p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Cellini, A. / Wahlgren, W.Y. / Henry, L. / Westenhoff, S. / Pandey, S.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: The three-dimensional structure of Drosophila melanogaster (6-4) photolyase at room temperature.
著者: Cellini, A. / Yuan Wahlgren, W. / Henry, L. / Pandey, S. / Ghosh, S. / Castillon, L. / Claesson, E. / Takala, H. / Kubel, J. / Nimmrich, A. / Kuznetsova, V. / Nango, E. / Iwata, S. / Owada, S. ...著者: Cellini, A. / Yuan Wahlgren, W. / Henry, L. / Pandey, S. / Ghosh, S. / Castillon, L. / Claesson, E. / Takala, H. / Kubel, J. / Nimmrich, A. / Kuznetsova, V. / Nango, E. / Iwata, S. / Owada, S. / Stojkovic, E.A. / Schmidt, M. / Ihalainen, J.A. / Westenhoff, S.
履歴
登録2020年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE11660p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0972
ポリマ－58,3111
非ポリマー7861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.630, 91.640, 115.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 RE11660p


分子量: 58310.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: phr6-4, CG2488 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SXK5
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: 0.2 M lithium sulftate, 0.1 M bis-tris (pH=6.5), 25% PEG3350, 4% polypropyle glycol P400

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→42.61 Å / Num. obs: 33953 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 106 % / Biso Wilson estimate: 90.69 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 4.93
反射 シェル解像度: 2.27→2.351 Å / Num. unique obs: 1352 / CC1/2: 0.32
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AYV

7ayv


解像度: 2.27→42.61 Å / SU ML: 0.3689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0904
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2078 1501 4.83 %
Rwork0.1724 29573 -
obs0.1742 31074 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→42.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4168 0 0 0 4168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00684296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88625840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.41591632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.340.35791210.28462667X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.430.32481370.26922624X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.520.33921420.26822654X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.640.36171510.26452639X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.780.32881200.26182665X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.950.31011400.23622670X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.180.28981330.23422654X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.50.24841410.20562684X-RAY DIFFRACTION100
3.5-4.010.18751250.16612735X-RAY DIFFRACTION100
4.01-5.050.18251390.14922730X-RAY DIFFRACTION100
5.05-42.610.1811520.15212851X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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