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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ayc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human mitochondrial 2-Enoyl Thioester Reductase (MECR) with single mutation G165Q | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Medium-chain alcohol dehydrogenase / Mitochondrial trans-2-enoyl-CoA reductase / Fatty acid synthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / ceramide biosynthetic process / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Rahman, M.T. / Koski, M.K. / Autio, K.J. / Kastaniotis, A.J. / Wierenga, R.K. / Hiltunen, J.K. | ||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: An engineered variant of MECR reductase reveals indispensability of long-chain acyl-ACPs for mitochondrial respiration. 著者: Tanvir Rahman, M. / Kristian Koski, M. / Panecka-Hofman, J. / Schmitz, W. / Kastaniotis, A.J. / Wade, R.C. / Wierenga, R.K. / Kalervo Hiltunen, J. / Autio, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ayc.cif.gz | 152.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ayc.ent.gz | 119 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ayc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ayc_validation.pdf.gz | 434.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ayc_full_validation.pdf.gz | 442.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ayc_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ayc_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/7ayc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/7ayc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7aybC 2vcyS 7ayd C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38364.074 Da / 分子数: 1 変異: Glycine 165 (136 in this construct) is mutated to Glutamine (G165Q) 由来タイプ: 組換発現 詳細: Glycine 165 (136 in the construct) is mutated to Glutamine (G165Q). 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MECR, NBRF1, CGI-63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 Star (DE3) pLysS 参照: UniProt: Q9BV79, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1M NaCl, 16.82%w/v Polyethylene glycol 6000, 100mM Acetic Acid pH:4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→56.95 Å / Num. obs: 28740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 2.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2079 / CC1/2: 0.624 / Rpim(I) all: 0.568 / Rrim(I) all: 2.54 / Χ2: 0.88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2vcy 解像度: 2.02→56.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 12.546 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 183.85 Å2 / Biso mean: 89.568 Å2 / Biso min: 42.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.02→56.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.072 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -6.935 Å / Origin y: 22.155 Å / Origin z: -13.428 Å
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