PDB-7axy: Crystal structure of a shortened IpgC variant in complex with 3-a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7axy

タイトル

Crystal structure of a shortened IpgC variant in complex with 3-amino-5-(pyrrolidin-1-yl)-1H-pyrazole-4-carbonitrile

要素

Chaperone protein IpgC

キーワード

CHAPERONE / IpgC / Dimer / Shigella / Mutant / Magnesium / Chlorine / 3-amino-5-(pyrrolidin-1-yl)-1H-pyrazole-4-carbonitrile

機能・相同性

Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / identical protein binding / cytoplasm / Chem-E9Q / Chaperone protein IpgC

機能・相同性情報

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a shortened IpgC variant in complex with 3-amino-5-(pyrrolidin-1-yl)-1H-pyrazole-4-carbonitrile
著者: Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2020年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7axy.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7axy.ent.gz	95.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7axy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6scbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6scb-d 5wh6-2 6fg5-2 6fet-4 4lm2-2 1xn0-2 2aq2-2 4ys7-3 1y2j-2 7ayw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperone protein IpgC

B: Chaperone protein IpgC

ヘテロ分子

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.517, 57.517, 159.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 27 or (resid 28 through 30...	A	A	27 - 40	19 - 32
1	2	TYR	TYR	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 27 or (resid 28 through 30...	A	A	42 - 69	34 - 61
1	3	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 27 or (resid 28 through 30...	A	A	71 - 72	63 - 64
1	4	MET	MET	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 27 or (resid 28 through 30...	A	A	74 - 130	66 - 122
1	5	GLN	GLN	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 27 or (resid 28 through 30...	A	A	132 - 148	124 - 140
2	1	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 17 or resid 28 through 40...	B	B	17	9
2	2	ILE	ILE	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 17 or resid 28 through 40...	B	B	28 - 40	20 - 32
2	3	TYR	TYR	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 17 or resid 28 through 40...	B	B	42 - 69	34 - 61
2	4	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 17 or resid 28 through 40...	B	B	71 - 72	63 - 64
2	5	MET	MET	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 17 or resid 28 through 40...	B	B	74 - 130	66 - 122
2	6	GLN	GLN	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 17 or resid 28 through 40...	B	B	132 - 148	124 - 140

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Chaperone protein IpgC 分子量: 16310.492 Da / 分子数: 2 / 変異: M1_E9del, D152_E154del / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipgC, ippI, CP0129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2U4

-
非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-E9Q / 5-azanyl-3-pyrrolidin-1-yl-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile 分子量: 177.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁N₅
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG 4000, 0.05 M TRIS (pH 7.0), 0.3 M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→42.24 Å / Num. obs: 38957 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.29 Å² / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 16.42
反射シェル	解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 5.3 % / Num. unique obs: 6172 / CC_1/2: 0.85 / R_sym value: 0.7 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	1.02	データ削減
XDS	1.02	データスケーリング
PHASER	7.0.047	位相決定
PHENIX	1.16	精密化
Coot	0.8.9	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6scb

6scb

解像度: 1.63→42.24 Å / SU ML: 0.1951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.7104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2299	1947	5 %	Random selection
R_work	0.1967	37006	-	-
obs	0.1984	38953	99.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→42.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2055	0	20	180	2255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	2154
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7649	2926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0494	320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3387	1280

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.67 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3822	136	-
R_work	0.2915	2580	-
obs	-	-	98.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.591266766841	0.00442988165359	1.11684890073	0.314585374699	-0.174416537551	2.2536273432	-0.227314122449	-0.0271821273241	-0.602864584194	-0.131339447816	-0.388571179346	0.192878368031	-0.0752987997677	-0.676417267028	-0.125103298446	0.30585202017	-0.0510005559275	0.0917149763263	0.624223285448	-0.0367557337358	0.554611216163	-39.5347451289	14.27087391	-1.94283899889
2	0.0445109113348	-0.00518817158698	-0.0137074008699	0.00201396713459	0.00321164267494	0.00545721087408	0.00976192251485	0.155937733601	-0.0776718047139	-0.172405719553	-0.260771948698	0.0991079197523	-0.197955158056	-0.52899392541	0.000698044856451	0.322479671516	0.067402162079	-0.0215310264992	0.391756745087	-0.0698565343948	0.291134066973	-34.4215905044	22.8038851323	-5.79185282228
3	0.679756820246	-0.0575256938331	0.359411647357	0.00790332092181	-0.00556409600767	0.547432243496	-0.467899581341	0.0347073948636	0.228790443687	-0.231480131889	0.210800716388	0.099981623071	-0.597003835109	-0.0415242068169	-0.0235906037657	0.372143869316	-0.0730508832205	-0.0274938016059	0.23800709088	0.00247778214698	0.257336653526	-20.724713227	23.7243301251	-7.45571743908
4	0.136024791849	-0.120592777011	0.0200897635413	0.107081946523	-0.0258756975649	0.0459683948184	0.220873162477	-0.11269655109	0.0370071494842	0.559029177541	-0.2613763937	-0.422467876541	0.0992399574318	0.325993080284	0.000745096202486	0.403424560984	-0.0850540769432	-0.0224028437214	0.235573619584	0.0497584865145	0.283193743171	-25.6136840458	2.32149121651	-4.13903061581
5	0.0393562262963	0.0142815931214	0.00842779857098	0.0455411298668	0.0115336234655	0.00322698887761	0.058016951768	-0.0598362248626	0.261781299703	0.226218199593	-0.214634045044	-0.167049285331	0.398840875188	0.318902107455	0.0014818138927	0.40512836852	0.0472687023449	-0.142887489629	0.721243259188	0.0940288379646	0.760783085801	-15.131710542	-13.5519355427	-2.76661871017
6	0.126531694484	0.0960470391634	-0.150987097521	0.242273368991	-0.110878318169	0.180902534365	-0.0463534132016	0.357372286956	-0.392620176139	-0.229890231713	-0.0132507177379	-0.071104771941	0.545247494692	0.0492393743422	9.43934102895E-5	0.336869719333	-0.0177591674294	0.0426765408974	0.277325398309	-0.0145982197981	0.232319843233	-29.0687581557	-20.9532046431	-9.58137741732
7	0.100688454247	-0.114104330607	0.193959226467	0.125161063091	-0.219636968277	0.367857953312	-0.0345313766161	0.315427721078	0.0254928474406	0.0635915557055	0.0786592593313	-0.100035704701	-0.114589246498	0.00399596177833	0.00213919542804	0.303309645639	-0.0245112232459	0.0394979650994	0.18337164126	0.0136387466877	0.187240775155	-28.9904804895	-11.2544476981	-6.7437865969
8	0.492595224078	0.473930205908	0.0716416205751	0.744524205305	-0.360050751181	0.592373573314	-0.0801036940013	0.0584816675449	0.216760848665	-0.0898051598671	0.0631293309396	0.0831220234488	0.079786782034	-0.112401806713	0.000167597701282	0.245125759973	-0.0339149401387	0.0109427350769	0.232816076088	0.00566468876694	0.221707631468	-33.5407090322	-7.03304923453	-16.026108431
9	0.0179201841629	-0.024226822512	0.00520763279224	0.0343815292314	0.00348350913909	0.0363708034231	-0.214387348175	-0.0850156514322	0.0198543548464	-0.140718426388	0.444995190829	-0.57139443388	0.0256112207831	0.328345788568	-0.00125861553541	0.403897315725	-0.0187129023927	0.0522580689081	0.436042855809	-0.0165560061274	0.422929130972	-22.4155714491	-5.64392422667	-24.7244934822
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12	0.0150347898809	-0.0134828075356	-0.00802007457848	0.0320807141766	0.0265010169152	0.0228926419954	-0.168871302317	-0.127206379137	-0.695090821553	-0.200429845545	0.034643439232	-0.511376881569	-0.299807217455	0.118507876077	-0.00158605840469	0.336373695027	-0.0458013947598	0.0243659665427	0.291599645949	0.0442577876416	0.312457813911	-13.8549060954	5.03273328975	-11.4142898647
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18	0.0621007063644	0.0232928463961	-0.130837102856	0.284744990604	-0.0841727592542	0.276312930848	0.20480298145	0.374543343608	-0.00436171261218	-0.271740029938	-0.298974027485	-0.0164659445999	0.29590836889	-0.278601999157	0.000986966094764	0.38842286265	-0.0684002613706	-0.013913367812	0.438542596707	-0.018333054507	0.328561346432	-36.7573826687	-8.19665637264	-35.7253270138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 21 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 33 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 34 through 51 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 52 through 68 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 69 through 98 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 99 through 103 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 54 through 78 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 79 through 85 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 86 through 89 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 90 through 121 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 122 through 134 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 135 through 151 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 104 through 124 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 125 through 134 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 135 through 150 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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