+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7awi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human butyrylcholinesterase in complex with tert-butyl 3-(((2-((1-benzyl-1H-indol-4-yl)oxy)ethyl)amino)methyl]piperidine-1-carboxylate | ||||||
要素 | Cholinesteraseコリンエステラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / butyrylcholinesterase / inhibitor complex (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / 学習 / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / 小胞体 / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Brazzolotto, X. / Goral, I. / Wieckowska, A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Development and crystallography-aided SAR studies of multifunctional BuChE inhibitors and 5-HT 6 R antagonists with beta-amyloid anti-aggregation properties. 著者: Wichur, T. / Godyn, J. / Goral, I. / Latacz, G. / Bucki, A. / Siwek, A. / Gluch-Lutwin, M. / Mordyl, B. / Sniecikowska, J. / Walczak, M. / Knez, D. / Jukic, M. / Salat, K. / Gobec, S. / ...著者: Wichur, T. / Godyn, J. / Goral, I. / Latacz, G. / Bucki, A. / Siwek, A. / Gluch-Lutwin, M. / Mordyl, B. / Sniecikowska, J. / Walczak, M. / Knez, D. / Jukic, M. / Salat, K. / Gobec, S. / Kolaczkowski, M. / Malawska, B. / Brazzolotto, X. / Wieckowska, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7awi.cif.gz | 275.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7awi.ent.gz | 185.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7awi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awi | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide) and 530STOP ...変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide) and 530STOP (recombinant devoir of the C-terminal part. 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE, CHE1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P06276, コリンエステラーゼ |
---|
-糖 , 3種, 6分子
#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
---|---|---|---|
#3: 多糖 | #4: 糖 | |
-非ポリマー , 5種, 104分子
#5: 化合物 | ChemComp-MES / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-S78 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978564918041 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978564918041 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→48.73 Å / Num. obs: 34262 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 27.4 % / Biso Wilson estimate: 57.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1578 / Rpim(I) all: 0.03081 / Rrim(I) all: 0.1609 / Net I/σ(I): 15.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 27.9 % / Rmerge(I) obs: 2.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 3372 / CC1/2: 0.657 / CC star: 0.891 / Rpim(I) all: 0.5462 / Rrim(I) all: 2.907 / % possible all: 99.85 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1p0i 解像度: 2.3→48.73 Å / SU ML: 0.2996 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4824 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.73 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|