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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aw7 | |||||||||
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タイトル | CCAAT-binding complex and HapX bound to Aspergillus nidulans cccA DNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription factor (転写因子) / histone fold / basic leucine zipper / heteropentamer / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of iron ion transport / : / CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / RNA polymerase II transcription regulator complex / ヌクレオソーム / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / intracellular iron ion homeostasis / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding ...negative regulation of iron ion transport / : / CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / RNA polymerase II transcription regulator complex / ヌクレオソーム / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / intracellular iron ion homeostasis / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) Emericella nidulans (アスペルギルス・ニデュランス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Huber, E.M. / Groll, M. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Structural insights into cooperative DNA recognition by the CCAAT-binding complex and its bZIP transcription factor HapX. 著者: Huber, E.M. / Hortschansky, P. / Scheven, M.T. / Misslinger, M. / Haas, H. / Brakhage, A.A. / Groll, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aw7.cif.gz | 271.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aw7.ent.gz | 217 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aw7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7aw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7aw7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 7669.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) 遺伝子: ANIA_07545 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EAZ0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10641.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) 遺伝子: ANIA_04034 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5B5Z6 |
#3: タンパク質 | 分子量: 13666.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) 遺伝子: AN6492.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AYY8 |
#4: タンパク質 | 分子量: 11479.957 Da / 分子数: 2 / Mutation: C92K, C129S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (アスペルギルス・ニデュランス) 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ANIA_08251 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EAX9 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 FG
#5: DNA鎖 | 分子量: 11426.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 11347.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium fluoride, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→47 Å / Num. obs: 14326 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1166 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6Y37, 5VPE 解像度: 3.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 86.495 / SU ML: 0.574 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.627 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 240.58 Å2 / Biso mean: 136.643 Å2 / Biso min: 84.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.4→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.487 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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