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万見
- PDB-7aw7: CCAAT-binding complex and HapX bound to Aspergillus nidulans cccA DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aw7
タイトルCCAAT-binding complex and HapX bound to Aspergillus nidulans cccA DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • BZIP domain-containing protein
  • CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
  • HapB
  • Transcription factor HapC (Eurofung)
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / histone fold / basic leucine zipper / heteropentamer / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of iron ion transport / CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / RNA polymerase II transcription regulator complex / nucleosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding ...negative regulation of iron ion transport / CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / RNA polymerase II transcription regulator complex / nucleosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Hap4 transcription factor, heteromerisation domain / Minimal binding motif of Hap4 for binding to Hap2/3/5 / : / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. ...Hap4 transcription factor, heteromerisation domain / Minimal binding motif of Hap4 for binding to Hap2/3/5 / : / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / BZIP domain-containing protein / Transcriptional activator HAP2 / Histone H2A/H2B/H3 domain-containing protein / Transcription factor HapC (Eurofung)
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Huber, E.M. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GR 1861/8-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1309-325871075 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural insights into cooperative DNA recognition by the CCAAT-binding complex and its bZIP transcription factor HapX.
著者: Huber, E.M. / Hortschansky, P. / Scheven, M.T. / Misslinger, M. / Haas, H. / Brakhage, A.A. / Groll, M.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HapB
B: Transcription factor HapC (Eurofung)
C: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
D: BZIP domain-containing protein
E: BZIP domain-containing protein
F: DNA
G: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,79310
ポリマ－77,7127
非ポリマー813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23260 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area35220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.150, 133.150, 199.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 HapB


分子量: 7669.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: ANIA_07545 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EAZ0
#2: タンパク質 Transcription factor HapC (Eurofung)


分子量: 10641.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: ANIA_04034 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5B5Z6
#3: タンパク質 CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein / HapE


分子量: 13666.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: AN6492.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AYY8
#4: タンパク質 BZIP domain-containing protein


分子量: 11479.957 Da / 分子数: 2 / Mutation: C92K, C129S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ANIA_08251 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EAX9

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DNA鎖 , 2種, 2分子 FG

#5: DNA鎖 DNA


分子量: 11426.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
#6: DNA鎖 DNA


分子量: 11347.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)

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非ポリマー , 2種, 3分子

#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium fluoride, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→47 Å / Num. obs: 14326 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1166 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y37, 5VPE

6y37

5vpe


解像度: 3.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 86.495 / SU ML: 0.574 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.627 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2966 716 5 %RANDOM
Rwork0.2521 ---
obs0.2544 13590 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 240.58 Å2 / Biso mean: 136.643 Å2 / Biso min: 84.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.44 Å20 Å2-0 Å2
2--8.72 Å20 Å2
3----6.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3533 1517 3 0 5053
Biso mean--118.17 --
残基数----502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0125382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0184267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0221.497450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1341.879921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4055.527785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.82720.256234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69615697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.8471546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.226752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021193
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.487 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 52 -
Rwork0.358 990 -
all-1042 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.299-0.32080.29170.3527-0.47643.46140.03420.08470.0008-0.0383-0.1416-0.010.11211.16010.10740.05680.00540.12050.4989-0.02970.2722-6.0006-49.8819-36.3841
20.7205-0.21170.93920.97190.17052.81020.03260.063-0.08040.0082-0.1023-0.0847-0.29610.28030.06970.3932-0.00990.10060.38480.00310.2418-17.9053-41.0851-30.7132
30.79860.19830.14820.43480.73681.5787-0.03170.0203-0.0436-0.0452-0.06660.0006-0.28150.0730.09820.47390.0660.0810.40670.00860.2663-21.0276-40.3394-37.7459
40.0721-0.16350.15590.8056-0.42730.49880.0170.00950.07320.0142-0.3197-0.17470.00090.29510.30280.3444-0.10.10170.58050.17040.2891-20.7045-12.0849-14.0288
50.09490.3051-0.22692.2053-1.76861.7409-0.14260.0334-0.1030.056-0.0454-0.4961-0.07520.11380.1880.3721-0.1690.03320.56730.18550.3596-7.5748-8.0451-13.1419
60.30010.16650.37331.51812.20753.47290.0782-0.0476-0.08990.1306-0.1260.00560.24840.04370.04780.39380.04670.05740.33270.06430.1634-19.2881-46.1575-10.7907
70.5739-0.10090.18990.92620.93552.57220.1822-0.1321-0.12990.1684-0.0369-0.26240.35160.0484-0.14530.34320.06620.04060.34260.09250.2251-17.8548-48.217-15.9251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A233 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2B41 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3C48 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4D38 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5E61 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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