+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7avo | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MacR) in orange form in P1211 space group | ||||||||||||
要素 | Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / retinal (レチナール) / rhodopsin (ロドプシン) / bacteriorhodopsin (バクテリオロドプシン) / proton pump (プロトンポンプ) / ion transport | ||||||||||||
機能・相同性 | Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / 生体膜 / エイコサン / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / バクテリオロドプシン 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gushchin, I. / Polovinkin, V. / Kovalev, K. / Shevchenko, V. / Gordeliy, V. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Alternating Access Mechanism in a Minimalistic Light-Driven Proton Pump 著者: Shevchenko, V. / Gushchin, I. / Polovinkin, V. / Kovalev, K. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7avo.cif.gz | 110.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7avo.ent.gz | 83.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7avo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7avo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7avo | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7avnC 7avpC 5jsiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24544.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S5DM51 #2: 化合物 | ChemComp-LFA / #3: 化合物 | ChemComp-OLB / ( | #4: 化合物 | ChemComp-OLC / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 1.0 M NH4SO4, 0.1 M NaOAc pH 5.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97241 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97241 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→48.94 Å / Num. obs: 48957 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 25.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JSI 解像度: 1.7→48.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.726 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.29 Å2 / Biso mean: 28.564 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→48.94 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|