PDB-7av8: Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homolog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7av8

タイトル

Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in space group P21212

要素

PH-interacting protein

キーワード

PROTEIN BINDING / PHIP / PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN INTERACTING PROTEIN / bromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell morphogenesis / regulation of protein phosphorylation / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / : / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in space group P21212
著者: Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F.

履歴

登録	2020年11月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7av8.cif.gz	65.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7av8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7av8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7av8_validation.pdf.gz	418.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7av8_full_validation.pdf.gz	418.3 KB	表示
XML形式データ	7av8_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	7av8_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bboC 3mb3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5enj-d 5enh-d 5pro-2 5r69-2 5ptu-2 5pqr-2 5pvx-2 5psg-2 5pri-2 5ppz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4086066 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: PH-interacting protein

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.620, 91.810, 23.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11 分子量: 15156.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.15M magnesium chloride, 32% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→50.59 Å / Num. obs: 17450 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 1.63→1.67 Å / Num. unique obs: 1248 / CC_1/2: 0.861

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MB3

3mb3

解像度: 1.63→50.588 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.414 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2482	880	5.056 %
R_work	0.207	16525	-
all	0.209	-	-
obs	-	17405	99.531 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.631 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.524 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.107 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→50.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1014	0	0	93	1107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.651	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.453	1.581	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.435	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.842	21.719	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.504	15	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.672	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.083	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.485	2.581	497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.48	2.579	496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.271	3.869	623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.271	3.871	624
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.253	2.926	559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.251	2.926	560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.373	4.289	803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.371	4.288	804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.112	31.311	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.065	30.675	1220

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.63-1.672	0.26	70	0.257	1177	0.257	1262	0.856	0.86	98.8114	0.225
1.672-1.718	0.304	64	0.238	1196	0.242	1261	0.849	0.884	99.9207	0.202
1.718-1.768	0.288	62	0.236	1107	0.239	1169	0.887	0.902	100	0.201
1.768-1.822	0.245	60	0.223	1107	0.224	1169	0.918	0.922	99.8289	0.19
1.822-1.882	0.322	61	0.22	1067	0.225	1131	0.88	0.919	99.7347	0.186
1.882-1.948	0.276	55	0.251	1030	0.252	1091	0.904	0.91	99.45	0.213
1.948-2.021	0.272	57	0.222	1020	0.224	1080	0.911	0.928	99.7222	0.197
2.021-2.104	0.209	38	0.211	977	0.211	1015	0.941	0.937	100	0.195
2.104-2.197	0.229	62	0.206	923	0.207	986	0.941	0.943	99.8986	0.192
2.197-2.304	0.197	50	0.202	870	0.201	937	0.956	0.947	98.1857	0.187
2.304-2.428	0.28	46	0.2	861	0.204	916	0.926	0.939	99.0175	0.192
2.428-2.575	0.222	39	0.194	801	0.196	841	0.937	0.95	99.8811	0.19
2.575-2.753	0.198	35	0.209	781	0.209	818	0.948	0.947	99.7555	0.216
2.753-2.972	0.288	29	0.204	727	0.207	757	0.92	0.944	99.8679	0.221
2.972-3.255	0.3	32	0.212	662	0.215	695	0.9	0.943	99.8561	0.231
3.255-3.637	0.211	30	0.199	609	0.2	640	0.954	0.954	99.8438	0.227
3.637-4.196	0.245	30	0.191	535	0.194	573	0.936	0.958	98.6038	0.225
4.196-5.131	0.244	21	0.182	470	0.185	499	0.951	0.961	98.3968	0.236
5.131-7.219	0.257	26	0.225	366	0.227	392	0.923	0.943	100	0.277
7.219-50.588	0.279	13	0.238	239	0.24	255	0.954	0.949	98.8235	0.302

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.173 Å / Origin y: 10.457 Å / Origin z: -11.191 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.081 Å²	-0.0469 Å²	0.0045 Å²	-	0.0648 Å²	-0.0024 Å²	-	-	0.0402 Å²
L	3.6539 °²	0.8715 °²	0.0652 °²	-	1.0288 °²	0.6227 °²	-	-	0.7666 °²
S	-0.032 Å °	0.1136 Å °	0.1468 Å °	0.0534 Å °	0.0302 Å °	-0.0386 Å °	0.1903 Å °	-0.0916 Å °	0.0018 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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