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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7atp | ||||||
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タイトル | 2.0 angstrom structure in complex with Ca of plant Extended Synaptotagmin 1, C2A domain | ||||||
![]() | Synaptotagmin-1![]() | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipid transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Benavente, J.L. / Albert, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure and flexibility analysis of the Arabidopsis synaptotagmin 1 reveal the basis of its regulation at membrane contact sites. 著者: Benavente, J.L. / Siliqi, D. / Infantes, L. / Lagartera, L. / Mills, A. / Gago, F. / Ruiz-Lopez, N. / Botella, M.A. / Sanchez-Barrena, M.J. / Albert, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 16738.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: SYT1, SYTA, At2g20990, F26H11.25, F5H14.5 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.29 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 100 mM TRIS pH 8.0 and 10 mM Zinc chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.1→41.59 Å / Num. obs: 12025 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 55.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 1.712 / Num. unique obs: 988 / CC1/2: 0.55 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6ANK 解像度: 2.1→41.59 Å / SU ML: 0.3334 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 39.1463 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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