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- PDB-7atp: 2.0 angstrom structure in complex with Ca of plant Extended Synap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7atp
タイトル2.0 angstrom structure in complex with Ca of plant Extended Synaptotagmin 1, C2A domain
要素Synaptotagmin-1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / C2 domain / Beta Sandwich / lipid transport / contact sites
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / endocytosis / endosome membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin, plant / Synaptotagmin, SMP domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Benavente, J.L. / Albert, A.
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2021
タイトル: The structure and flexibility analysis of the Arabidopsis synaptotagmin 1 reveal the basis of its regulation at membrane contact sites.
著者: Benavente, J.L. / Siliqi, D. / Infantes, L. / Lagartera, L. / Mills, A. / Gago, F. / Ruiz-Lopez, N. / Botella, M.A. / Sanchez-Barrena, M.J. / Albert, A.
履歴
登録2020年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9195
ポリマ－16,7381
非ポリマー1814
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area7660 Å2
手法gel filtration; in solution
2
A: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子

A: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子

A: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,75815
ポリマ－50,2153
非ポリマー54312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA; in crystal form in presence of Zn or Cd/Ni
単位格子
Length a, b, c (Å)69.127, 69.127, 115.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

CL

21A-404-

ZN

-
要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / NTMC2T1.1 / Synaptotagmin A / Extended Synaptotagmin 1 / C2A domain


分子量: 16738.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SYT1, SYTA, At2g20990, F26H11.25, F5H14.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SKR2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 100 mM TRIS pH 8.0 and 10 mM Zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.59 Å / Num. obs: 12025 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 55.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 1.712 / Num. unique obs: 988 / CC1/2: 0.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ANK

6ank


解像度: 2.1→41.59 Å / SU ML: 0.3334 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 39.1463
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 1206 5.02 %
Rwork0.207 22804 -
obs0.21 12019 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1054 0 4 10 1068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00951076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94791446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0528159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.9004422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.180.38881020.35752530X-RAY DIFFRACTION99.77
2.18-2.280.32231600.33022549X-RAY DIFFRACTION99.89
2.28-2.40.36651220.31512555X-RAY DIFFRACTION99.96
2.4-2.560.26351580.26332510X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.750.34541180.25542541X-RAY DIFFRACTION99.96
2.75-3.030.30711340.31412513X-RAY DIFFRACTION99.96
3.03-3.470.31141440.24662568X-RAY DIFFRACTION99.78
3.47-4.370.23741500.18222485X-RAY DIFFRACTION99.89
4.37-41.590.24011180.15282553X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52385135352-1.140906333470.5707445005671.37878129627-1.02584776591.681003385610.10732200794-0.329633554737-0.1632270154650.3010004578310.4731180014220.3629734040450.84572650411-0.9430685456640.2041612170490.403608621640.05400875934520.09289710648970.7887331763320.01602804237070.634669300059-12.42001273711.852409489699.3896313146
22.356888410850.1904539454410.3910898698370.666901444250.239197309042.03948248236-0.190502270628-0.5675780514030.05720553364370.184971179790.4002591531080.107518967523-0.222035835396-0.5331113815170.02026821296510.4621493441360.1768304320830.04011105005730.6913865076050.04074519373140.507132163858-11.92585384378.0967743653110.9732345232
30.07321881587940.05042646228020.06413410339480.10637004528-0.02034276385450.1349859169020.02807469318740.5883280999960.564548838182-0.7219386926840.8998648488120.305899494706-1.434796220570.004335417056210.003813441520540.756548362990.143100897072-0.04160077839180.8382592102330.08097637407150.533169639723-7.033913736423.40409520556-5.94382395699
40.3581168980460.4127708174190.003732969027111.19498726783-0.8649684290480.6786745753170.117087588113-0.750387434784-0.361770124170.304976298478-0.1289806198780.7197396199230.0735002100924-1.163098399320.0542286833890.6126665383310.2062346710470.1277404466661.451971712620.09886116415490.876386278622-19.12892574926.8006888343516.9674877377
50.603235364792-0.497257099775-0.1031743356850.4073970517920.04529171665121.65817717753-0.0892202236457-1.59900579413-0.3039191435020.1372148731170.04077683423070.9399622516510.191542869861-2.153297877080.1666693430240.5297988437180.1738284533330.2038046554581.44166641127-0.07408282774850.852957343572-19.53099332163.4826712139314.9260001337
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 257 through 282 )257 - 2821 - 26
22chain 'A' and (resid 283 through 332 )283 - 33227 - 76
33chain 'A' and (resid 333 through 339 )333 - 33977 - 83
44chain 'A' and (resid 340 through 357 )340 - 35784 - 101
55chain 'A' and (resid 358 through 394 )358 - 394102 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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