PDB-7atk: Crystal structure of UipA in complex with Uranium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7atk

タイトル

Crystal structure of UipA in complex with Uranium

要素

UipA

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Membrane protein / metal binding

機能・相同性

membrane / URANIUM ATOM / PepSY domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Microbacterium sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.855 Å

データ登録者

Bremond, N. / Gallois, N. / Legrand, P. / Chapon, V. / Arnoux, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Isme J / 年: 2022
タイトル: Discovery and characterization of UipA, a uranium- and iron-binding PepSY protein involved in uranium tolerance by soil bacteria.
著者: Gallois, N. / Alpha-Bazin, B. / Bremond, N. / Ortet, P. / Barakat, M. / Piette, L. / Mohamad Ali, A. / Lemaire, D. / Legrand, P. / Theodorakopoulos, N. / Floriani, M. / Fevrier, L. / Den ...

履歴

登録	2020年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7atk.cif.gz	43 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7atk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7atk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7atk_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7atk_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7atk_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	7atk_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7athSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ath-1 2f4w-d 4u68-d 5sxg-d 3k6z-d 3h5e-d 6rnx-d 3f81-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: UipA

ヘテロ分子

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: UipA

ヘテロ分子

AAA: UipA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, In solution UipA appears as a monomer using relatively low protein concentration
45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.160, 95.160, 52.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-304- ZN

#1: タンパク質	UipA 分子量: 21389.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Microbacterium sp. (バクテリア) / 遺伝子: CVS53_03692 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q9JIL7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-U1 / URANIUM ATOM / ウラン分子量: 238.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: U / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MES pH6 100mM, PEG6K 22%, Formamide 6%, ZnCl2 5-15mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.3051 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3051 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→47 Å / Num. obs: 10684 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.85→3.03 Å / Num. unique obs: 1700 / CC_1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ATH

7ath

解像度: 2.855→47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 13.73 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.282 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	298	5.003 %
R_work	0.207	5658	-
all	0.208	-	-
obs	-	5956	99.649 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.529 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.794 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.794 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.855→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	962	0	9	0	971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	883
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.782	1.629	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.286	1.588	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.082	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	50.078	24.783	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.47	15	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.546	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.026	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.142	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.334	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.125	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.121	8.393	542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.069	8.396	541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.585	12.565	674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.598	12.567	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.552	9.095	425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.546	9.098	426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.273	13.296	648
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.262	13.3	649
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.555	99.73	942
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.547	99.781	943

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.855-2.929	0.331	20	0.338	391	0.338	431	0.729	0.718	95.3596	0.316
2.929-3.009	0.322	21	0.319	396	0.319	417	0.794	0.776	100	0.298
3.009-3.095	0.296	21	0.293	388	0.293	409	0.849	0.827	100	0.269
3.095-3.19	0.28	19	0.267	377	0.268	396	0.848	0.876	100	0.247
3.19-3.294	0.223	20	0.219	373	0.22	393	0.922	0.902	100	0.199
3.294-3.409	0.268	18	0.202	337	0.205	355	0.868	0.925	100	0.183
3.409-3.537	0.375	18	0.203	353	0.211	371	0.877	0.932	100	0.186
3.537-3.681	0.168	17	0.191	317	0.19	334	0.936	0.937	100	0.179
3.681-3.844	0.222	17	0.177	322	0.179	339	0.931	0.946	100	0.164
3.844-4.03	0.254	16	0.165	311	0.17	327	0.943	0.956	100	0.158
4.03-4.246	0.125	15	0.155	280	0.153	295	0.975	0.962	100	0.152
4.246-4.502	0.167	15	0.125	287	0.127	302	0.972	0.973	100	0.124
4.502-4.809	0.185	14	0.14	261	0.142	275	0.968	0.971	100	0.143
4.809-5.19	0.295	13	0.167	251	0.174	264	0.948	0.956	100	0.173
5.19-5.679	0.177	12	0.2	224	0.199	236	0.971	0.942	100	0.199
5.679-6.338	0.3	11	0.204	212	0.208	223	0.891	0.943	100	0.206
6.338-7.297	0.269	10	0.208	188	0.211	198	0.917	0.925	100	0.226
7.297-8.885	0.209	9	0.195	164	0.196	173	0.918	0.932	100	0.231
8.885-12.351	0.236	7	0.233	135	0.233	142	0.916	0.924	100	0.259
12.351-47.58	0.283	5	0.414	91	0.404	96	0.915	0.86	100	0.486

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関連情報:EMDBヘッダ

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