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- PDB-7at5: Structure of protein kinase ck2 catalytic subunit (csnk2a1 gene p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7at5
タイトルStructure of protein kinase ck2 catalytic subunit (csnk2a1 gene product) in complex with the bivalent inhibitor KN2
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2 / bivalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(3,4-dichlorophenyl)ethanamine / Chem-RXE / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Lindenblatt, D. / Applegate, V. / Nickelsen, A. / Klussmann, M. / Neundorf, I. / Goetz, C. / Jose, J. / Niefind, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)NI 643/4-2 ドイツ
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Molecular Plasticity of Crystalline CK2 alpha ' Leads to KN2, a Bivalent Inhibitor of Protein Kinase CK2 with Extraordinary Selectivity.
著者: Lindenblatt, D. / Applegate, V. / Nickelsen, A. / Klussmann, M. / Neundorf, I. / Gotz, C. / Jose, J. / Niefind, K.
#1: ジャーナル: ACS Omega / 年: 2019
タイトル: Diacritic Binding of an Indenoindole Inhibitor by CK2alpha Paralogs Explored by a Reliable Path to Atomic Resolution CK2alpha' Structures.
著者: Lindenblatt, D. / Nickelsen, A. / Applegate, V.M. / Hochscherf, J. / Witulski, B. / Bouaziz, Z. / Marminon, C. / Bretner, M. / Le Borgne, M. / Jose, J. / Niefind, K.
#2: ジャーナル: J Med Chem / 年: 2020
タイトル: Structural and Mechanistic Basis of the Inhibitory Potency of Selected 2-Aminothiazole Compounds on Protein Kinase CK2.
著者: Lindenblatt, D. / Nickelsen, A. / Applegate, V.M. / Jose, J. / Niefind, K.
履歴
登録2020年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,87513
ポリマ－83,3712
非ポリマー2,50511
水7,548419
1
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8455
ポリマ－41,6851
非ポリマー1,1594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0318
ポリマ－41,6851
非ポリマー1,3457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.591, 127.591, 124.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 7 or resid 9...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 7 or resid 9...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERA1 - 6
d_12ens_1ALAHISA8 - 17
d_13ens_1PROTYRA19 - 135
d_14ens_1TYRALAA138 - 179
d_15ens_1PHESERA182 - 225
d_16ens_1ILEPROA227 - 296
d_17ens_1ALAALAA298 - 319
d_18ens_1GLUALAA322 - 334
d_21ens_1SERSERB1 - 6
d_22ens_1ALAHISB9 - 18
d_23ens_1PROTYRB21 - 137
d_24ens_1TYRALAB139 - 180
d_25ens_1PHESERB182 - 225
d_26ens_1ILEPROB228 - 297
d_27ens_1ALAALAB300 - 321
d_28ens_1GLUALAB323 - 335

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.00537675180962, -0.997077652078, 0.0762052902802), (0.999967954902, 0.00490901668242, -0.00632382189733), (0.00593124844828, 0.0762368498951, 0.997072095192) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.00537675180962, -0.997077652078, 0.0762052902802), (0.999967954902, 0.00490901668242, -0.00632382189733), (0.00593124844828, 0.0762368498951, 0.997072095192)
ベクター: -64.475133916, -62.0630864194, 32.9343878344)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 41685.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 430分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-RXE / ~{N}'-[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]-~{N}-[4-[4,5,6,7-tetrakis(bromanyl)benzimidazol-1-yl]butyl]butanediamide / KN2


分子量: 776.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22Br4Cl2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-42J / 2-(3,4-dichlorophenyl)ethanamine / 3,4-ジクロロフェネチルアミン


分子量: 190.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9Cl2N
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: reservoir composition: 30 % (w/v) PEG8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5; crystallization drop composition before equilibration: 0.01 ml reservoir solution plus 0.02 ...詳細: reservoir composition: 30 % (w/v) PEG8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5; crystallization drop composition before equilibration: 0.01 ml reservoir solution plus 0.02 ml enzyme stock solution (6 mg/ml enzyme, 0.5 M NaCl, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5); the bivalent inhibitor KN2 was introduced by extensive soaking

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.763→89.115 Å / Num. obs: 74986 / % possible obs: 74 % / 冗長度: 26.5 % / Biso Wilson estimate: 29.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.113 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.763→1.921 Å / 冗長度: 27.9 % / Rmerge(I) obs: 2.229 / Num. unique obs: 3749 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.428 / Rrim(I) all: 2.27 / Rsym value: 2.229 / % possible all: 16.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TEI

6tei


解像度: 1.77→73.06 Å / SU ML: 0.1323 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.3954
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1947 1476 1.97 %
Rwork0.1739 73483 -
obs0.1743 74959 74.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→73.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5597 0 124 419 6140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00475939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71298036
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.68252254
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.57703428137 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.830.2714160.2727749X-RAY DIFFRACTION8.51
1.83-1.890.2767390.2531841X-RAY DIFFRACTION21.08
1.89-1.970.2618610.23142996X-RAY DIFFRACTION33.96
1.97-2.060.25381060.22785566X-RAY DIFFRACTION62.94
2.06-2.170.24711640.20528332X-RAY DIFFRACTION94.21
2.17-2.30.22291760.18268830X-RAY DIFFRACTION99.97
2.3-2.480.19761780.17498884X-RAY DIFFRACTION99.98
2.48-2.730.21161860.18218905X-RAY DIFFRACTION99.99
2.73-3.120.20321790.17898969X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.940.18361830.15899032X-RAY DIFFRACTION100
3.94-73.060.17111880.16349379X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.72102724445-0.7739790521661.996938072140.754897265063-0.5836613181942.351008895220.06474597779350.220329171526-0.143900524684-0.0794727506327-0.03313485398740.001765363761390.1703444204750.249860404518-0.04126416614230.2020977322870.01435718797930.04155340657750.209222235653-0.02459531704440.195716156352.1137933876-48.642587930415.6925706609
21.68368838665-1.22297119148-1.570671387830.8742661702661.254560584931.75798208751-0.556519193248-0.6821311626530.359304877980.6790329486540.407123961429-0.2128019182260.09238592232260.406480086740.2090519838890.4864252270330.190223516961-0.1409034993670.507187950247-0.1181423883810.3513784833032.81731075919-37.99431972832.4988171733
31.5279605236-0.669038335319-0.2010100477461.529893957520.1359138518542.1038012069-0.112896083667-0.1665211412620.04481475464680.14840854450.1774053187860.06926891839460.0132524143092-0.175643142405-0.02741823924180.1209397143350.04125619965380.01028447632960.1886976364640.01985981168510.162101442874-16.9895124837-37.994424279726.0053229342
40.7557801869350.8369516108320.6217810437793.785570467731.844201025052.48938142012-0.1017891328490.1126085685590.0228013306668-0.1548205757040.140203886091-0.113767676633-0.3236587348920.125294732127-0.04361381979820.12052308388-0.004052575418310.0186666590590.156694706545-0.004452481250550.143561983965-15.2955675699-61.72875605344.7426318373
52.017491884060.526606342961-0.6807454325422.21766968821-0.2114474469652.084625837120.126604060715-0.2747014765320.06762098398830.279775508388-0.200472755537-0.0837485764787-0.317972858645-0.0161241321680.06441637773390.251276726161-0.04436007371330.004733674093650.257815359305-0.04238545285650.21602813157-18.1039354974-59.17639988351.378726384
61.730718647770.682063788163-0.4633059247721.80419747863-0.3917448575131.880866683330.135117195579-0.259104744529-0.06794982506010.215886213712-0.08630173284810.06055048441340.05529943743930.050299078544-0.02884423352970.150863266121-0.0657157037511-0.002558882810310.231396754152-0.02986477623370.171319336455-24.6123398633-79.514918903156.0599242085
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 108 )AA2 - 1081 - 107
22chain 'A' and (resid 109 through 129 )AA109 - 129108 - 128
33chain 'A' and (resid 130 through 333 )AA130 - 333129 - 335
44chain 'B' and (resid 2 through 74 )BB2 - 741 - 75
55chain 'B' and (resid 75 through 129 )BB75 - 12976 - 130
66chain 'B' and (resid 130 through 332 )BB130 - 332131 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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