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万見
- PDB-7asd: Structure of native royal jelly filaments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7asd
タイトルStructure of native royal jelly filaments
要素
  • Apisimin
  • Major royal jelly protein 1
キーワードPROTEIN FIBRIL / protein filament / lipoprotein / glycosylation / royal jelly / major royal jelly protein / honeybee
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organism adhesion to substrate / caste determination, influence by environmental factors / sterol binding / defense response to fungus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Major royal jelly protein/protein yellow / Major royal jelly protein / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
(3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / Major royal jelly protein 1 / Apisimin
類似検索 - 構成要素
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Mattei, S. / Ban, A. / Picenoni, A. / Leibundgut, M. / Glockshuber, R. / Boehringer, D.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 793-2017European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000008/2018-LEuropean Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of native glycolipoprotein filaments in honeybee royal jelly.
著者: Simone Mattei / Arvid Ban / Armin Picenoni / Marc Leibundgut / Rudi Glockshuber / Daniel Boehringer /
要旨: Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that ...Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that include the glycosylated major royal jelly protein 1 (MRJP1), the small protein apisimin and insect lipids. Using cryo-electron microscopy we reveal the architecture and the composition of RJ filaments, in which the MRJP1 forms the outer shell of the assembly, surrounding stacked apisimin tetramers harbouring tightly packed lipids in the centre. The structural data rationalize the pH-dependent disassembly of RJ filaments in the gut of the larvae.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11892
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  • マップデータ: EMDB-11892
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Major royal jelly protein 1
AB: Apisimin
BA: Major royal jelly protein 1
BB: Apisimin
CA: Major royal jelly protein 1
CB: Apisimin
DA: Major royal jelly protein 1
DB: Apisimin
EA: Major royal jelly protein 1
EB: Apisimin
FA: Major royal jelly protein 1
FB: Apisimin
GA: Major royal jelly protein 1
GB: Apisimin
HA: Major royal jelly protein 1
HB: Apisimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,07864
ポリマ－455,07416
非ポリマー17,00448
水00
1
AA: Major royal jelly protein 1
AB: Apisimin
BA: Major royal jelly protein 1
BB: Apisimin
CA: Major royal jelly protein 1
CB: Apisimin
DA: Major royal jelly protein 1
DB: Apisimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,03932
ポリマ－227,5378
非ポリマー8,50224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2
EA: Major royal jelly protein 1
EB: Apisimin
FA: Major royal jelly protein 1
FB: Apisimin
GA: Major royal jelly protein 1
GB: Apisimin
HA: Major royal jelly protein 1
HB: Apisimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,03932
ポリマ－227,5378
非ポリマー8,50224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 16分子 AABACADAEAFAGAHAABBBCBDBEBFBGBHB

#1: タンパク質
Major royal jelly protein 1 / MRJP1 / 56-kDa protein 4 / p56kP-4 / Apalbumin 1 / Apisin subunit MRJP1 / Bee-milk protein / Royalactin


分子量: 48934.898 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: O18330
#2: タンパク質
Apisimin / Apisin subunit Apisimin / Royal jelly protein RJP54


分子量: 7949.325 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / Plasmid details: royal jelly / 参照: UniProt: Q8ISL8

-
糖 , 3種, 24分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 24分子

#5: 化合物
ChemComp-94R / (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / 24-methylenecholesterol / 24-メチレンコレステロ-ル


分子量: 398.664 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H46O
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: native royal jelly filaments / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
緩衝液pH: 4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 119050 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 82 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 64 ° / 軸方向距離/サブユニット: 54 Å / らせん対称軸の対称性: D2
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240483 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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