PDB-7aqv: Flavin-dependent tryptophan halogenase Thal: N-terminally His-tag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aqv

タイトル

Flavin-dependent tryptophan halogenase Thal: N-terminally His-tagged form of quintuple mutant (NHis-Thal-RebH5)

要素

Tryptophan 6-halogenase

キーワード

FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / tryptophan halogenase / ThdH /

His-Tag

機能・相同性

tryptophan 6-halogenase / Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase /

monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily /

nucleotide binding / Tryptophan 6-halogenase ThaL

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces albogriseolus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Moritzer, A.C. / Prior, T. / Niemann, H.H.

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2020
タイトル: Not Cleaving the His-tag of Thal Results in More Tightly Packed and Better-Diffracting Crystals
著者: Moritzer, A.C. / Prior, T. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2020年10月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aqv.cif.gz	755.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aqv.ent.gz	522.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/7aqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/7aqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aquC 6h43S 6h44 6ib5 6sls 6slt 6ylw PDB 未公開エントリ 6z6t PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ib5-d 7cu2-d 7aqu-d 4lu6-d 6h44-d 7cu1-d 6h43-d 4g6g-d 2rbe-d 2oal-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 6-halogenase

B: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.000, 119.110, 87.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.825, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 0 through 73 or resid 75...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 0 through 42 or resid 46...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	HIS	GLU	A	1 - 71
d_1	2	ens_1	ASN	GLY	A	73 - 101
d_1	3	ens_1	THR	PRO	A	103 - 114
d_1	4	ens_1	ALA	THR	A	116 - 134
d_1	5	ens_1	GLU	MET	A	136 - 160
d_1	6	ens_1	ALA	GLU	A	163 - 195
d_1	7	ens_1	THR	LEU	A	197 - 218
d_1	8	ens_1	GLY	ASP	A	220 - 221
d_1	9	ens_1	PHE	ALA	A	223 - 237
d_1	10	ens_1	GLU	ALA	A	239 - 276
d_1	11	ens_1	GLU	ASP	A	278 - 380
d_1	12	ens_1	VAL	ASP	A	382 - 396
d_1	13	ens_1	THR	ALA	A	398 - 451
d_1	14	ens_1	PHE	ARG	A	453 - 454
d_1	15	ens_1	PHE	GLY	A	456 - 520
d_1	16	ens_1	GOL	GOL	B
d_2	1	ens_1	HIS	ILE	C	6 - 48
d_2	2	ens_1	GLY	GLU	C	52 - 79
d_2	3	ens_1	ASN	GLY	C	81 - 109
d_2	4	ens_1	THR	PRO	C	111 - 122
d_2	5	ens_1	ALA	THR	C	124 - 142
d_2	6	ens_1	GLU	MET	C	144 - 168
d_2	7	ens_1	ALA	GLU	C	171 - 203
d_2	8	ens_1	THR	LEU	C	205 - 226
d_2	9	ens_1	GLY	ASP	C	228 - 229
d_2	10	ens_1	PHE	ALA	C	231 - 245
d_2	11	ens_1	GLU	ALA	C	247 - 284
d_2	12	ens_1	GLU	ASP	C	286 - 388
d_2	13	ens_1	VAL	ASP	C	390 - 404
d_2	14	ens_1	THR	THR	C	406 - 455
d_2	15	ens_1	ASN	ALA	C	458 - 461
d_2	16	ens_1	PHE	ARG	C	463 - 464
d_2	17	ens_1	PHE	GLY	C	466 - 530
d_2	18	ens_1	GOL	GOL	D

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.854018242015, -0.132474395402, -0.503093805238), (-0.135546392492, -0.990296186796, 0.0306698206712), (-0.502274842879, 0.0419999640526, -0.863687434915)ベクター: ...

#1: タンパク質	Tryptophan 6-halogenase 分子量: 62362.312 Da / 分子数: 2 / 変異: V52I, V82I, S360T, G469S, S470N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag from pET-28a not cleaved 由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus (バクテリア) 遺伝子: thal, thdH / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1E280
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.04 % / 解説: plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: reservoir solution: 0.1 M Bicine pH 9.0, 10 % (w/v) PEG 4000, 5 mM tryptophan; protein buffer solution: 10 mM TRIS, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP; protein concentration: ~15 mg/mL; drop ratio: 100 ...詳細: reservoir solution: 0.1 M Bicine pH 9.0, 10 % (w/v) PEG 4000, 5 mM tryptophan; protein buffer solution: 10 mM TRIS, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP; protein concentration: ~15 mg/mL; drop ratio: 100 nL+100 nL (protein + reservoir)

結晶

マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.04 % / 解説: plate

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: reservoir solution: 0.1 M Bicine pH 9.0, 10 % (w/v) PEG 4000, 5 mM tryptophan; protein buffer solution: 10 mM TRIS, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP; protein concentration: ~15 mg/mL; drop ratio: 100 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日
放射	モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 95688 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.87 % / B_iso Wilson estimate: 38.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 14.44
反射シェル	解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 6.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 7071 / CC_1/2: 0.801 / R_rim(I) all: 1.182 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3965	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6H43

6h43

解像度: 1.84→49.28 Å / SU ML: 0.1987 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.0633
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1992	4732	4.95 %
R_work	0.1664	90885	-
obs	0.168	95617	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→49.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8396	0	12	800	9208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0042	8750
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6552	11893
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0469	1268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8467	3210

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.920837314008 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.86	0.3112	144	0.2922	3059	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.86-1.88	0.3512	156	0.2805	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.88-1.91	0.2933	151	0.2642	3058	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.91-1.93	0.2899	164	0.2553	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.93-1.96	0.3113	171	0.2475	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.96-1.98	0.2672	159	0.2415	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.98-2.01	0.2707	150	0.2345	3001	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.01-2.04	0.2865	144	0.2104	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.04-2.07	0.231	138	0.2007	3071	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.07-2.11	0.2442	151	0.1884	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.11-2.14	0.2415	134	0.1817	3063	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.14-2.18	0.2328	145	0.1734	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.18-2.22	0.2341	179	0.1779	3001	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.22-2.27	0.1995	168	0.1704	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.27-2.32	0.2265	148	0.1658	3021	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.32-2.37	0.2463	160	0.1704	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.37-2.43	0.194	154	0.1671	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.43-2.5	0.2211	166	0.1656	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.5-2.57	0.2266	137	0.1685	3055	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.57-2.65	0.2219	154	0.1641	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.65-2.75	0.2062	166	0.1586	3009	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.75-2.86	0.1925	182	0.1539	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.86-2.99	0.2101	177	0.1684	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.99-3.15	0.2131	180	0.1829	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.15-3.34	0.2172	160	0.1664	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.34-3.6	0.1499	143	0.1533	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.6-3.96	0.1861	158	0.1505	3060	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.96-4.54	0.1389	153	0.1235	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.54-5.71	0.1594	180	0.1291	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.71-49.28	0.1862	160	0.182	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.399336968902	-0.327004195064	0.0377304848101	1.20794335713	-0.0330271828642	0.813982966492	-0.0679605436418	0.0255090108393	0.0522633743365	0.273583302165	-0.0495987804625	-0.00882599965136	-0.105197566107	0.0189733881413	0.118256579901	0.375563689228	-0.0291638418163	0.0131837031671	0.306459224199	-0.00852785258369	0.296360078026	-20.7355906587	12.9599465591	-4.80158785527
2	0.318900115244	-0.126500797385	0.0986554195061	1.39530562748	-0.286705852172	0.993617046927	0.0239970626742	0.192168731593	-0.00367824633521	-0.131709755751	-0.00949129339888	0.122166745128	-0.0279343067203	-0.109377478322	-0.00894905925513	0.213019682405	-0.01641192809	0.0407892467543	0.422233097079	0.0111138352075	0.299949983375	-31.8441047604	8.0403655566	-44.2173862901

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	1	chain 'A'	A	A - B	0 - 601
2	2	chain 'B'	B	C - D	-5 - 601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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