+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aqp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T262S, A251S, L254S, L211Q mutant of carboxypeptidase T from Thermoactinomyces vulgaris | ||||||
要素 | Carboxypeptidase T | ||||||
キーワード | HYDROLASE / carboxypeptidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: T262S, A251S, L254S, L211Q mutant of carboxypeptidase T from Thermoactinomyces vulgaris 著者: Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aqp.cif.gz | 81.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7aqp.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7aqp_validation.pdf.gz | 441.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7aqp_full_validation.pdf.gz | 446.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7aqp_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7aqp_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/7aqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/7aqp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3qnvS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36632.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 遺伝子: cpt / 発現宿主: Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) / 参照: UniProt: P29068, carboxypeptidase T | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 Ammonium sulphate |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97242 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 23589 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 9.94 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 3.774 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 9.64 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 3397 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QNV 解像度: 2.6→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.941 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.23 Å2 / Biso mean: 33.23 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→29.91 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|