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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7apq | ||||||
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タイトル | The Fk1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-(benzo[d]thiazol-6-ylsulfonyl)-5-(methoxymethyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / conformation analysis / density functional calculations / FKBPs / magic methyl (フルオロスルホン酸メチル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / フォールディング ...FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / フォールディング / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å | ||||||
データ登録者 | Kolos, M.J. / Pomplun, S. / Riess, B. / Purder, P. / Voll, M.A. / Merz, S. / Bracher, A. / Meyners, C. / Krewald, V. / Hausch, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021 タイトル: Picomolar FKBP inhibitors enabled by a single water-displacing methyl group in bicyclic [4.3.1] aza-amides. 著者: Kolos, J.M. / Pomplun, S. / Jung, S. / Riess, B. / Purder, P.L. / Voll, A.M. / Merz, S. / Gnatzy, M. / Geiger, T.M. / Quist-Lokken, I. / Jatzlau, J. / Knaus, P. / Holien, T. / Bracher, A. / ...著者: Kolos, J.M. / Pomplun, S. / Jung, S. / Riess, B. / Purder, P.L. / Voll, A.M. / Merz, S. / Gnatzy, M. / Geiger, T.M. / Quist-Lokken, I. / Jatzlau, J. / Knaus, P. / Holien, T. / Bracher, A. / Meyners, C. / Czodrowski, P. / Krewald, V. / Hausch, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7apq.cif.gz | 75.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7apq.ent.gz | 54.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7apq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/7apq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/7apq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14026.077 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-RQW / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 36% PEG-3350, 0.2 M NH4-acetate and HEPES-NaOH pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.09→39.253 Å / Num. obs: 53572 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 183117 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.465
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3o5q 解像度: 1.09→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2601 / WRfactor Rwork: 0.21 / FOM work R set: 0.8445 / SU B: 1.133 / SU ML: 0.025 / SU R Cruickshank DPI: 0.0349 / SU Rfree: 0.0366 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.89 Å2 / Biso mean: 14.79 Å2 / Biso min: 7.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.09→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.09→1.118 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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