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- PDB-7aoo: Plasmoredoxin, a redox-active protein unique for malaria parasites -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aoo
タイトルPlasmoredoxin, a redox-active protein unique for malaria parasites
要素Plasmoredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Malaria / Plasmodium falciparum / thioredoxin superfamily / redox metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / protein disulfide isomerase activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Plasmoredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fritz-Wolf, K. / Bathke, J. / Rahlfs, S. / Becker, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Hessian Ministry of Science, Higher Education and Art (HMWK)
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of plasmoredoxin, a redox-active protein unique for malaria parasites.
著者: Fritz-Wolf, K. / Bathke, J. / Rahlfs, S. / Becker, K.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmoredoxin
B: Plasmoredoxin
C: Plasmoredoxin
D: Plasmoredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,25328
ポリマ－86,8834
非ポリマー3,37024
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15600 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area29520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.750, 122.730, 72.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.881, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Plasmoredoxin


分子量: 21720.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0303600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I224

-
非ポリマー , 5種, 335分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 40 % PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.26 Å / Num. obs: 106413 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 25.61 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05235 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 13.48
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 10618 / CC1/2: 0.683 / CC star: 0.901 / Rpim(I) all: 0.467 / % possible all: 99.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→46.26 Å / SU ML: 0.1754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.3532
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 5321 5 %
Rwork0.1778 101078 -
obs0.1794 106399 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5623 0 224 311 6158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01656022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44238059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0982804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.24384609
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.32031750.29883321X-RAY DIFFRACTION98.56
1.62-1.640.28911770.2733364X-RAY DIFFRACTION99.97
1.64-1.660.29351790.26613401X-RAY DIFFRACTION99.92
1.66-1.680.30471750.25773318X-RAY DIFFRACTION99.94
1.68-1.70.26321790.23953405X-RAY DIFFRACTION99.92
1.7-1.720.28421740.23843301X-RAY DIFFRACTION99.91
1.72-1.750.24811780.22763384X-RAY DIFFRACTION99.86
1.75-1.770.25591770.22723375X-RAY DIFFRACTION99.97
1.77-1.80.24921760.21633340X-RAY DIFFRACTION99.89
1.8-1.830.24351800.20473417X-RAY DIFFRACTION99.86
1.83-1.860.22631750.19373315X-RAY DIFFRACTION99.94
1.86-1.90.22541770.18613371X-RAY DIFFRACTION99.94
1.9-1.930.21281770.18783361X-RAY DIFFRACTION99.94
1.93-1.970.22751780.18273378X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.020.21381760.18063353X-RAY DIFFRACTION99.92
2.02-2.060.20361780.18213384X-RAY DIFFRACTION99.89
2.06-2.110.22791760.17963339X-RAY DIFFRACTION99.94
2.11-2.170.21691790.18073396X-RAY DIFFRACTION99.92
2.17-2.240.21411760.17623357X-RAY DIFFRACTION99.94
2.24-2.310.23151780.17973373X-RAY DIFFRACTION99.92
2.31-2.390.21171780.17643381X-RAY DIFFRACTION99.94
2.39-2.490.21541770.17553369X-RAY DIFFRACTION99.94
2.49-2.60.21341770.17643354X-RAY DIFFRACTION99.92
2.6-2.740.21591770.1773375X-RAY DIFFRACTION99.86
2.74-2.910.19371780.16743373X-RAY DIFFRACTION99.92
2.91-3.130.2041780.17533379X-RAY DIFFRACTION99.94
3.13-3.450.17681780.17223385X-RAY DIFFRACTION99.86
3.45-3.950.20051780.16243383X-RAY DIFFRACTION99.8
3.95-4.970.18121780.1473384X-RAY DIFFRACTION99.8
4.97-100.21871820.18593442X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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