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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7anc | ||||||
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タイトル | MlghC, GDP-mannoheptose C4 reductase from Campylobacter jejuni with NADP bound | ||||||
要素 | GDP-L-fucose synthase | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / reductase / sugar nucleotide / NADP / enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / isomerase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Naismith, J.H. / Woodward, L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: MghlC 著者: Naismith, J.H. / Woodward, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7anc.cif.gz | 153.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7anc.ent.gz | 119.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7anc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7anc_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7anc_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7anc_validation.xml.gz | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7anc_validation.cif.gz | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bsvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39297.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: fcl, A0Z41_07385, A4277_09460, B4O43_09695, B7M65_03500, BGG25_09085, BM409_09645, BM444_09020, BM513_08725, BSK70_08245, BSO22_09170, C1418_09205, CLC11_09615, CUT57_09340, D6H09_04540, ...遺伝子: fcl, A0Z41_07385, A4277_09460, B4O43_09695, B7M65_03500, BGG25_09085, BM409_09645, BM444_09020, BM513_08725, BSK70_08245, BSO22_09170, C1418_09205, CLC11_09615, CUT57_09340, D6H09_04540, DDV78_09315, DMN69_08810, DNA92_09025, DYU98_09465, E7P31_08700, E7R39_08755, EID41_09375, F0F26_01770, F0G48_09060, F0N28_08130, F0N82_00455, F1N65_08775, F1O83_08585, F6069_09545, F7N67_09870, F9736_08790, FJ686_08865, FLI41_08640, FM724_09175, FNW64_09505, FVI37_08605, FVM38_08200, FVN10_08680, FVY82_08620, FWZ78_00530, FXA21_08565, FXA45_08500, FY829_09130, FYZ21_00200, FZ860_03225, FZB49_04250, FZJ28_08760, FZL73_00555, GAU91_08635, GAX51_09535, GCY42_03575, GI310_08960, GLM81_05635, GLM94_08710, GPY87_09235, GS576_08295, GTQ72_08225, GV351_09045, GWW43_07690, GXS63_001732, GZD67_001693 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2U0QM62, UniProt: Q0P8I6*PLUS, GDP-L-fucose synthase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 24.63 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M Bicine pH 8.5, 0.12 M sodium citrate 0.05 % (w/v). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9282 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→66 Å / Num. obs: 94907 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 7016 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BSV 解像度: 1.66→65.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.229 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.453 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→65.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
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