PDB-7an1: A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7an1

タイトル

A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-glycans and intestinal colonization by a symbiotic human gut bacterium (BT1636-S1_20)

要素

Arylsulfatase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate sulfatase / mucin / microbiome / bacteroides

機能・相同性

: / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / hydrolase activity / metal ion binding / Arylsulfatase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Sofia de Jesus Vaz Luis, A. / Basle, A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A single sulfatase is required to access colonic mucin by a gut bacterium.
著者: Luis, A.S. / Jin, C. / Pereira, G.V. / Glowacki, R.W.P. / Gugel, S.R. / Singh, S. / Byrne, D.P. / Pudlo, N.A. / London, J.A. / Basle, A. / Reihill, M. / Oscarson, S. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. ...

履歴

登録	2020年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月3日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_database_proc
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7an1.cif.gz	217.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7an1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7an1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7an1_validation.pdf.gz	765.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7an1_full_validation.pdf.gz	766.9 KB	表示
XML形式データ	7an1_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	7an1_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7an1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7an1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7allC 7anaC 7anbC 7oqdC 1fsuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7oqd-d 5y0r-d 7anb-1 2w6p-1 6yhv-1 1yey-1 3pps-1 2zvc-1 2bb5-1 3dsj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Arylsulfatase

ヘテロ分子

58.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.280, 87.850, 103.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Arylsulfatase

分子量: 58029.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_1636 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A789

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: BT1636 (20 mg/ml) with 20 mM LacNAc crystallised in 40 % MPD and 0.2 M sodium cacodylate pH 6.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→51.709 Å / Num. obs: 107725 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5296 / CC_1/2: 0.656

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FSU

1fsu

解像度: 1.5→51.708 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / WR_factor R_free: 0.172 / WR_factor R_work: 0.143 / SU B: 3.819 / SU ML: 0.057 / Average fsc free: 0.9433 / Average fsc work: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1672	5546	5.152 %
R_work	0.1411	102096	-
all	0.142	-	-
obs	-	107642	99.064 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.057 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.787 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.729 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→51.708 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3877	0	27	384	4288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.654	5577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.4	1.584	8596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.34	5	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.856	23.288	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.369	15	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.18	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	964
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	877
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.095	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.602	2.241	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.597	2.239	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.313	3.373	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.315	3.375	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.225	2.586	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.226	2.589	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.917	3.744	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.917	3.748	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.469	27.731	4811
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.392	27.44	4750
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.057	3	7815

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.299	431	0.322	7471	X-RAY DIFFRACTION	99.1468
1.539-1.581	0.315	415	0.27	7339	X-RAY DIFFRACTION	99.9742
1.581-1.627	0.231	340	0.223	7186	X-RAY DIFFRACTION	99.9336
1.627-1.677	0.23	376	0.187	6934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.677-1.732	0.212	358	0.169	6745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.793	0.192	354	0.145	6537	X-RAY DIFFRACTION	99.913
1.793-1.86	0.179	366	0.136	6268	X-RAY DIFFRACTION	99.8495
1.86-1.936	0.173	340	0.131	6067	X-RAY DIFFRACTION	99.9064
1.936-2.022	0.169	299	0.134	5809	X-RAY DIFFRACTION	99.6086
2.022-2.121	0.179	275	0.138	5602	X-RAY DIFFRACTION	99.4248
2.121-2.236	0.157	280	0.121	5247	X-RAY DIFFRACTION	98.8907
2.236-2.371	0.155	258	0.114	4988	X-RAY DIFFRACTION	99.112
2.371-2.535	0.146	269	0.112	4682	X-RAY DIFFRACTION	98.7829
2.535-2.738	0.139	247	0.113	4327	X-RAY DIFFRACTION	97.7142
2.738-2.999	0.18	233	0.126	3960	X-RAY DIFFRACTION	97.3758
2.999-3.353	0.14	196	0.134	3607	X-RAY DIFFRACTION	96.867
3.353-3.871	0.132	166	0.127	3189	X-RAY DIFFRACTION	96.0492
3.871-4.739	0.135	147	0.115	2703	X-RAY DIFFRACTION	96.512
4.739-6.695	0.178	126	0.167	2171	X-RAY DIFFRACTION	97.7863
6.695-51.708	0.176	70	0.187	1264	X-RAY DIFFRACTION	97.6574

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)