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- PDB-7amt: Structure of LuxR with DNA (activation) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7amt
タイトルStructure of LuxR with DNA (activation)
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*T)-3')
  • HTH-type transcriptional regulator LuxR
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / DNA
機能・相同性Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / LuxR family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, B. / Reverter, D.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPGC2018-098423-B-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Binding site profiles and N-terminal minor groove interactions of the master quorum-sensing regulator LuxR enable flexible control of gene activation and repression.
著者: Zhang, J. / Liu, B. / Gu, D. / Hao, Y. / Chen, M. / Ma, Y. / Zhou, X. / Reverter, D. / Zhang, Y. / Wang, Q.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HTH-type transcriptional regulator LuxR
A: HTH-type transcriptional regulator LuxR
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4894
ポリマ－63,4894
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area22660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.906, 68.906, 123.932
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator LuxR / LuxR family transcriptional regulator / Quorum sensing regulator LuxR / Quorum-sensing II master ...LuxR family transcriptional regulator / Quorum sensing regulator LuxR / Quorum-sensing II master regulator / TetR/AcrR family transcriptional regulator


分子量: 25304.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
遺伝子: valR, luxR, AL539_16930, AOG25_16695, AT730_08150, K06K5_26160
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4X9Q4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6435.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6444.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio alginolyticus (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM Sodium Formate, 50mM Tris PH7.5, 22% PEG 2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9191 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.543→61.966 Å / Num. obs: 18962 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.543→2.552 Å / Num. unique obs: 156 / CC1/2: 0.581

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AMN

7amn


解像度: 2.6→60.223 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 849 4.79 %
Rwork0.2202 16893 -
obs0.2216 17742 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.81 Å2 / Biso mean: 105.22 Å2 / Biso min: 44.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→60.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2989 861 0 0 3850
残基数----411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7925612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1281509
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.76290.31831140.31122874100
2.7629-2.97620.3611450.29082790100
2.9762-3.27570.29581480.2531276199
3.2757-3.74970.26631380.2244281499
3.7497-4.72390.26431670.21852790100
4.7239-60.220.20561370.19742864100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.1786 Å / Origin y: 22.4479 Å / Origin z: 7.8885 Å
111213212223313233
T0.5635 Å2-0.0471 Å2-0.032 Å2-0.5336 Å2-0.0146 Å2--0.3359 Å2
L3.0686 °2-0.9543 °2-0.1611 °2-7.4165 °2-0.1656 °2--2.3713 °2
S-0.0171 Å °-0.1245 Å °-0.1684 Å °-0.3 Å °-0.0802 Å °-0.2686 Å °0.3437 Å °-0.4365 Å °0.1174 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 199
2X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 198
3X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 21
4X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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