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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7amb | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of rsFolder2 in its fluorescent on-state | |||||||||
![]() | Green fluorescent protein | |||||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / GFP / Reversibly Photoswitchable Fluorescent Protein / Photoconvertible FP | |||||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Moreno-Chicano, T. / El Khatib, M. / Colletier, J.-P. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Rational Control of Off-State Heterogeneity in a Photoswitchable Fluorescent Protein Provides Switching Contrast Enhancement. 著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / ...著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / Carbajo, S. / Eleni Christou, N. / Coquelle, N. / De la Mora, E. / El Khatib, M. / Moreno Chicano, T. / Bruce Doak, R. / Fieschi, F. / Foucar, L. / Glushonkov, O. / Gorel, A. / Grunbein, M.L. / Hilpert, M. / Hunter, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Lane, T.J. / Liang, M. / Mantovanelli, A. / Nass, K. / Nass Kovacs, G. / Owada, S. / Roome, C.M. / Schiro, G. / Seaberg, M. / Stricker, M. / Thepaut, M. / Tono, K. / Ueda, K. / Uriarte, L.M. / You, D. / Zala, N. / Domratcheva, T. / Jakobs, S. / Sliwa, M. / Schlichting, I. / Colletier, J.P. / Bourgeois, D. / Weik, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 236.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 191.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 502.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7amfC ![]() 7o7cC ![]() 7o7dC ![]() 7o7eC ![]() 7o7hC ![]() 7o7uC ![]() 7o7vC ![]() 7o7wC ![]() 7o7xC ![]() 5dtzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26724.070 Da / 分子数: 4 変異: S30R, Y39N, F64L, S65A, Q69L, Q80R, F99S, N105T, M153T, V163S, I171V, A206K 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GFP 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P42212 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: Large thick plates |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 100 mM Tris pH 8.5, 20 mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→47.98 Å / Num. obs: 115478 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5788 / CC1/2: 0.747 / Rrim(I) all: 0.73 / Χ2: 0.99 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5dtz 解像度: 1.63→47.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.295 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.55 Å2 / Biso mean: 24.127 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→47.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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