PDB-7akr: Human ADP-ribosylserine hydrolase ARH3 mutant E41A in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7akr

タイトル

Human ADP-ribosylserine hydrolase ARH3 mutant E41A in complex with ADP-ribose dimer

要素

ADP-ribose glycohydrolase ARH3

キーワード

HYDROLASE / ADP-RIBOSYLATION / ADP-RIBOSE / ADPRHL2 / ADP-RIBOSYLHYDROLASE LIKE 2 / SER-ADPR / SERINE-ADPR

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribosylserine hydrolase activity / peptidyl-serine ADP-deribosylation / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / cellular response to superoxide / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ariza, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanistic insights into the three steps of poly(ADP-ribosylation) reversal.
著者: Rack, J.G.M. / Liu, Q. / Zorzini, V. / Voorneveld, J. / Ariza, A. / Honarmand Ebrahimi, K. / Reber, J.M. / Krassnig, S.C. / Ahel, D. / van der Marel, G.A. / Mangerich, A. / McCullagh, J.S.O. ...

履歴

登録	2020年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7akr.cif.gz	513.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7akr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7akr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7akr_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7akr_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	7akr_validation.xml.gz	52.3 KB	表示
CIF形式データ	7akr_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7akr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7akr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aksC 7aqmC 7arwC 6d36S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7akr-3 2foz-d 2fp0-2 2g4k-d 2fp0-1 5zqy-d 3ian-d 2qty-1 7akr-4 4ia0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

BBB: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

CCC: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

DDD: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
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1

AAA: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.4 kDa, 1 ポリマー
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2

BBB: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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3

CCC: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
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4

DDD: ADP-ribose glycohydrolase ARH3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.620, 91.600, 91.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 18 - 361 / Label seq-ID: 4 - 347

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	BBB	B
3	3	2	AAA	A
4	4	2	CCC	C
5	5	3	AAA	A
6	6	3	DDD	D
7	7	4	BBB	B
8	8	4	CCC	C
9	9	5	BBB	B
10	10	5	DDD	D
11	11	6	CCC	C
12	12	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	ADP-ribose glycohydrolase ARH3 / ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ...ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3 / [Protein ADP-ribosylarginine] hydrolase-like protein 2 / [Protein ADP-ribosylserine] hydrolase 分子量: 37796.262 Da / 分子数: 4 / 変異: E41A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRS, ADPRHL2, ARH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

#1: タンパク質

ADP-ribose glycohydrolase ARH3 / ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ...

分子量: 37796.262 Da / 分子数: 4 / 変異: E41A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRS, ADPRHL2, ARH3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...

-
非ポリマー , 5種, 473分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM TrisHCl (pH 8.5), 20% (w/v) PEG4000 and 200 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→70.631 Å / Num. obs: 99860 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 1.535 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7382 / CC_1/2: 0.503 / R_pim(I) all: 0.638 / R_rim(I) all: 1.665

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6D36

6d36

解像度: 1.95→70.631 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.212 / WR_factor R_work: 0.186 / SU B: 10.579 / SU ML: 0.126 / Average fsc free: 0.8994 / Average fsc work: 0.908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	4757	4.765 %
R_work	0.187	95081	-
all	0.188	-	-
obs	-	99838	99.881 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.353 Å²	0 Å²	0.917 Å²
2-	-	-1.291 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.374 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→70.631 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10351	0	327	437	11115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	11015
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.644	14856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.347	1.578	23205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.718	5	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.943	22.522	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.152	15	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.086	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	8831
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	5447
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4729
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.332	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.515	3.065	5459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.515	3.065	5458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.471	4.587	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.471	4.588	6825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.934	3.377	5556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.934	3.377	5557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.197	4.99	8021
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.197	4.99	8022
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.741	36.087	12312
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.74	36.087	12310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.074	0.05	10904
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.066	0.05	11256
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.059	0.05	11051
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.058	0.05	11018
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.063	0.05	10993
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.064	0.05	11054

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07399	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07399	0.05008
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0665	0.05008
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0665	0.05008
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05927	0.05008
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05927	0.05008
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05793	0.05008
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05793	0.05008
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06302	0.05008
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06302	0.05008
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06435	0.05008
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06435	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.32	351	0.302	7026	0.303	7377	0.752	0.752	100	0.289
2.001-2.055	0.277	359	0.281	6799	0.281	7161	0.812	0.823	99.9581	0.262
2.055-2.115	0.287	327	0.264	6662	0.265	6992	0.829	0.846	99.9571	0.243
2.115-2.18	0.265	324	0.243	6443	0.244	6771	0.87	0.885	99.9409	0.218
2.18-2.251	0.252	327	0.231	6235	0.232	6571	0.892	0.893	99.863	0.203
2.251-2.33	0.238	310	0.216	6009	0.217	6333	0.905	0.911	99.7789	0.187
2.33-2.418	0.247	286	0.21	5843	0.212	6153	0.907	0.923	99.6099	0.18
2.418-2.517	0.228	265	0.197	5605	0.198	5893	0.929	0.936	99.6097	0.171
2.517-2.629	0.216	268	0.181	5438	0.183	5708	0.937	0.942	99.965	0.162
2.629-2.757	0.222	250	0.178	5161	0.18	5412	0.933	0.944	99.9815	0.163
2.757-2.906	0.213	246	0.173	4874	0.175	5122	0.943	0.95	99.961	0.163
2.906-3.081	0.211	237	0.182	4682	0.183	4921	0.938	0.945	99.9594	0.173
3.081-3.294	0.227	255	0.18	4314	0.183	4571	0.932	0.949	99.9562	0.179
3.294-3.557	0.186	208	0.172	4061	0.172	4270	0.955	0.957	99.9766	0.175
3.557-3.896	0.175	183	0.162	3766	0.163	3953	0.964	0.965	99.8988	0.173
3.896-4.354	0.18	185	0.149	3421	0.151	3612	0.962	0.969	99.8339	0.168
4.354-5.024	0.174	138	0.153	3013	0.154	3156	0.972	0.974	99.8416	0.175
5.024-6.145	0.194	113	0.202	2577	0.201	2692	0.962	0.959	99.9257	0.229
6.145-8.658	0.196	88	0.174	1996	0.175	2084	0.959	0.962	100	0.208
8.658-70.631	0.161	37	0.182	1156	0.181	1203	0.974	0.97	99.1687	0.221

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2789	0.0887	-0.0425	0.8653	0.1413	0.2898	0.0434	-0.006	-0.0161	-0.0226	-0.0474	0.0152	-0.0051	-0.0038	0.004	0.0735	0.0105	-0.0043	0.1369	0.0048	0.1785	37.627	-6.7895	2.3395
2	1.1665	-0.33	-0.1977	0.5702	-0.0331	0.2306	-0.0308	-0.0953	-0.0007	-0.1039	0.027	-0.0657	0.0384	-0.036	0.0038	0.0302	0.0117	0.0034	0.1441	0.0057	0.214	-6.8455	-12.2534	3.9121
3	0.2859	0.0473	-0.4146	0.3668	-0.6142	1.5447	-0.0343	-0.0303	-0.0035	-0.0529	-0.0249	-0.0238	0.114	-0.0325	0.0592	0.1086	0.0078	-0.0028	0.1418	0.0401	0.1211	36.7601	-31.8257	40.1794
4	0.6111	-0.0102	0.223	0.147	-0.2246	0.9817	0.0025	0.0942	0.2058	-0.0226	-0.1158	-0.0003	0.0678	0.0899	0.1133	0.0085	-0.005	-0.0199	0.2127	0.1422	0.2438	-5.4357	-27.8897	44.93

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	18 - 361
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	401
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	402
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	403
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	404
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AeA	405
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AfA	406
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AgA	407
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AhA	408
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AiA	409
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AjA	410
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AkA	411
13	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AlA	412
14	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AmA	501 - 678
15	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	18 - 361
16	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	401
17	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BbB	402
18	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BcB	403
19	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BdB	404
20	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BeB	405
21	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BfB	406
22	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BgB	407
23	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BhB	501 - 583
24	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	18 - 361
25	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CaC	401
26	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CbC	402
27	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CcC	403
28	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CdC	404
29	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CeC	406
30	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CfC	407
31	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CgC	408
32	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	ChC	409
33	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CiC	410
34	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CjC	501 - 614
35	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	18 - 361
36	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DaD	401
37	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DbD	402
38	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DcD	403
39	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DdD	404
40	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DeD	405
41	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DfD	406
42	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DgD	407
43	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DhD	408
44	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DiD	501 - 562

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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