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- PDB-7ak4: Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Tretazicar. -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7ak4
タイトルStructure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Tretazicar.
要素3C-like proteinase
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / SARS-CoV-2 / mPro / COVID-!9
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / : / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / : / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(AZIRIDIN-1-YL)-2,4-DINITROBENZAMIDE / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Guenther, S. / Reinke, P. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Gelisio, L. / Ginn, H. / Lieske, J. / Domaracky, M. / Brehm, W. / Rahmani Mashour, A. ...Guenther, S. / Reinke, P. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Gelisio, L. / Ginn, H. / Lieske, J. / Domaracky, M. / Brehm, W. / Rahmani Mashour, A. / White, T.A. / Knoska, J. / Pena Esperanza, G. / Koua, F. / Tolstikova, A. / Groessler, M. / Fischer, P. / Hennicke, V. / Fleckenstein, H. / Trost, F. / Galchenkova, M. / Gevorkov, Y. / Li, C. / Awel, S. / Paulraj, L.X. / Ullah, N. / Falke, S. / Alves Franca, B. / Schwinzer, M. / Brognaro, H. / Werner, N. / Perbandt, M. / Tidow, H. / Seychell, B. / Beck, T. / Meier, S. / Doyle, J.J. / Giseler, H. / Melo, D. / Dunkel, I. / Lane, T.J. / Peck, A. / Saouane, S. / Hakanpaeae, J. / Meyer, J. / Noei, H. / Gribbon, P. / Ellinger, B. / Kuzikov, M. / Wolf, M. / Zhang, L. / Ehrt, C. / Pletzer-Zelgert, J. / Wollenhaupt, J. / Feiler, C. / Weiss, M. / Schulz, E.C. / Mehrabi, P. / Norton-Baker, B. / Schmidt, C. / Lorenzen, K. / Schubert, R. / Han, H. / Chari, A. / Fernandez Garcia, Y. / Turk, D. / Hilgenfeld, R. / Rarey, M. / Zaliani, A. / Chapman, H.N. / Pearson, A. / Betzel, C. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, European Union, スロベニア, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2056 - project ID 390715994 ドイツ
European CommissionEU project 101003551 - EXSCALATE4CoV (E4C)European Union
Slovenian Research AgencyP1-0048 スロベニア
引用
ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease.
著者: Gunther, S. / Reinke, P.Y.A. / Fernandez-Garcia, Y. / Lieske, J. / Lane, T.J. / Ginn, H.M. / Koua, F.H.M. / Ehrt, C. / Ewert, W. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Meier, S. / Lorenzen, K. / ...著者: Gunther, S. / Reinke, P.Y.A. / Fernandez-Garcia, Y. / Lieske, J. / Lane, T.J. / Ginn, H.M. / Koua, F.H.M. / Ehrt, C. / Ewert, W. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Meier, S. / Lorenzen, K. / Krichel, B. / Kopicki, J.D. / Gelisio, L. / Brehm, W. / Dunkel, I. / Seychell, B. / Gieseler, H. / Norton-Baker, B. / Escudero-Perez, B. / Domaracky, M. / Saouane, S. / Tolstikova, A. / White, T.A. / Hanle, A. / Groessler, M. / Fleckenstein, H. / Trost, F. / Galchenkova, M. / Gevorkov, Y. / Li, C. / Awel, S. / Peck, A. / Barthelmess, M. / Schlunzen, F. / Lourdu Xavier, P. / Werner, N. / Andaleeb, H. / Ullah, N. / Falke, S. / Srinivasan, V. / Franca, B.A. / Schwinzer, M. / Brognaro, H. / Rogers, C. / Melo, D. / Zaitseva-Doyle, J.J. / Knoska, J. / Pena-Murillo, G.E. / Mashhour, A.R. / Hennicke, V. / Fischer, P. / Hakanpaa, J. / Meyer, J. / Gribbon, P. / Ellinger, B. / Kuzikov, M. / Wolf, M. / Beccari, A.R. / Bourenkov, G. / von Stetten, D. / Pompidor, G. / Bento, I. / Panneerselvam, S. / Karpics, I. / Schneider, T.R. / Garcia-Alai, M.M. / Niebling, S. / Gunther, C. / Schmidt, C. / Schubert, R. / Han, H. / Boger, J. / Monteiro, D.C.F. / Zhang, L. / Sun, X. / Pletzer-Zelgert, J. / Wollenhaupt, J. / Feiler, C.G. / Weiss, M.S. / Schulz, E.C. / Mehrabi, P. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Loboda, J. / Tidow, H. / Chari, A. / Hilgenfeld, R. / Uetrecht, C. / Cox, R. / Zaliani, A. / Beck, T. / Rarey, M. / Gunther, S. / Turk, D. / Hinrichs, W. / Chapman, H.N. / Pearson, A.R. / Betzel, C. / Meents, A.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Inhibition of SARS-CoV-2 main protease by allosteric drug-binding
著者: Guenther, S. / Reinke, P.Y.A., / Fernandez-Garcia, Y., / Lieske, J., / Lane, T.J., / Ginn, H.M., / Koua, F.H.M., / Ehrt, C., / Ewert, W., / Oberthuer, D., / Yefanov, O., / Meier, S., / ...著者: Guenther, S. / Reinke, P.Y.A., / Fernandez-Garcia, Y., / Lieske, J., / Lane, T.J., / Ginn, H.M., / Koua, F.H.M., / Ehrt, C., / Ewert, W., / Oberthuer, D., / Yefanov, O., / Meier, S., / Lorenzen, K., / Krichel, B., / Kopicki, J.D., / Gelisio, L., / Brehm, W., / Dunkel , I., / Seychell , B., / Gieseler , H., / Norton-Baker , B., / Escudero-Perez, B., / Domaracky , M., / Saouane, S., / Tolstikova , A., / White, T.A., / Hanle, A., / Groessler , M., / Fleckenstein , H., / Trost , F., / Galchenkova , M., / Gevorkov , Y., / Li , C., / Awel , S., / Peck, A. / Barthelmess , M., / Schluenzen , F., / Paulraj , L.X., / Werner , N., / Andaleeb , H., / Ullah , N., / Falke , S., / Srinivasan, V., / Franca , B., / Schwinzer , M., / Brognaro , H., / Rogers , C., / Melo , D., / Doyle , J.J., / Knoska , J., / Pena Murillo, G.E., / Rahmani Mashhour, A., / Guicking , F., / Hennicke , V., / Fischer , P., / Hakanpaeae , J., / Meyer , J., / Gribbon , P., / Ellinger , B., / Kuzikov , M., / Wolf , M., / Burenkov, G., / von Stetten, D., / Pompidor, G., / Bento, I., / Panneerselvam, S., / Karpics, I., / Schneider , T.R., / Garcia Alai, M., / Niebling, S., / Guenther , C., / Schmidt , C., / Schubert , R., / Han , H., / Boger, J., / Monteiro , D., / Zhang, L., / Sun, X., / Pletzer-Zelgert , J., / Wollenhaupt , J., / Feiler , C., / Weiss , M., / Schulz , E.C., / Mehrabi , P., / Karnicar , K., / Usenik, A., / Loboda , J., / Tidow , H., / Chari , A., / Hilgenfeld , R., / Uetrecht , C., / Cox , R., / Zaliani , A., / Beck , T., / Rarey , M., / Guenther , S., / Turk , D., / Hinrichs , W., / Chapman , H.N., / Pearson , A., / Betzel , C., / Meents , A.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22021年4月14日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name
改定 1.32021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.42024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5399
ポリマ－33,8261
非ポリマー7148
水5,567309
1
AA: 3C-like proteinase
ヘテロ分子

AA: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,07918
ポリマ－67,6512
非ポリマー1,42816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.92, 52.97, 44.76
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AA-217-

ARG

21AA-217-

ARG

31AA-217-

ARG

41AA-403-

CL

51AA-404-

CL

-
要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase
#2: 化合物 ChemComp-CB1 / 5-(AZIRIDIN-1-YL)-2,4-DINITROBENZAMIDE / CB1954 / Tretazicar


分子量: 252.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.22 %
結晶化温度: 282 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 1.500, 0.1 M MIB pH 7.5, 5% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.359→48.112 Å / Num. obs: 62865 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.36 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.79
反射 シェル解像度: 1.6→1.75 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 8272 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAIN2020精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MolProbity位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6YNQ

6ynq


解像度: 1.63→38.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9581 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9583 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.1 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Free kick target function uses all data and calculates phase error estimates from kicked model. See Praznikar, J. & Turk, D. (2014) Free kick instead of cross-validation in maximum-likelihood ...詳細: Free kick target function uses all data and calculates phase error estimates from kicked model. See Praznikar, J. & Turk, D. (2014) Free kick instead of cross-validation in maximum-likelihood refinement of macromolecular crystal structures. Acta Cryst. D70, 3124-3134.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 32753 100 %NONE
Rwork0.1933 32753 --
all0.1933 ---
obs0.1933 32753 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.26 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 1.25 Å2 / Biso mean: 0.63 Å2 / Biso min: 0.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.363 Å20 Å2-0.391 Å2
2---0.001 Å20 Å2
3----1.363 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→38.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2368 0 40 309 2717
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.66 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3845 1667 100 %
Rwork0.3647 1667 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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