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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7afy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 1306 | ||||||
要素 | Beta-lactamase VIM-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HYDROLASES / MBL / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.105 Å | ||||||
データ登録者 | Brem, J. / Schofield, C.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM2 with 139 著者: Brem, J. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7afy.cif.gz | 163.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7afy.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7afy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7afy_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7afy_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7afy_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7afy_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/7afy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/7afy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25434.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM, blaVIM-1, CAZ10_38240, CAZ10_38245, F7O93_29240, F7O93_29270 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XAY4 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-RBW / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M ammonium phosphate 0.1M TrisHCl, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97956 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97956 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.1→40.183 Å / Num. obs: 83848 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 9.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 13.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5N5I 解像度: 1.105→40.183 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.83 Å2 / Biso mean: 16.2205 Å2 / Biso min: 6.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.105→40.183 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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