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万見
- PDB-7aed: VirB8 domain of PrgL from Enterococcus faecalis pCF10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aed
タイトルVirB8 domain of PrgL from Enterococcus faecalis pCF10
要素PrgL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / conjugation / T4SS / VirB8
機能・相同性membrane / PrgL
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.753 Å
データ登録者Jaeger, F. / Berntsson, R.P.A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Wenner-Gren FoundationUPD2018-0008 スウェーデン
Swedish Research Council2016- 03599 スウェーデン
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of the enterococcal T4SS protein PrgL reveals unique dimerization interface in the VirB8 protein family.
著者: Jager, F. / Lamy, A. / Sun, W.S. / Guerini, N. / Berntsson, R.P.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structure of the enterococcal T4SS protein PrgL reveals unique dimerization interface in the VirB8 protein family
著者: Jaeger, F. / Lamy, A. / Guerini, N. / Sun, W.S. / Berntsson, R.P.A.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgL
B: PrgL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5014
ポリマ－45,0822
非ポリマー4182
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area14570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.521, 124.521, 66.426
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PrgL


分子量: 22541.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: prgL / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: D1LHF8
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: bis-Tris, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.753→41.86 Å / Num. obs: 76794 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.753→1.86 Å / Num. unique obs: 12242 / CC1/2: 0.51

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2-3472精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.753→34.74 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 2033 5.29 %
Rwork0.179 36428 -
obs0.18 38461 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.44 Å2 / Biso mean: 45.4746 Å2 / Biso min: 24.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.753→34.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 28 155 2344
Biso mean--51.65 46.85 -
残基数----266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.753-1.79350.29931470.283234797
1.7935-1.83830.30541300.25772450100
1.8383-1.8880.25311340.23822417100
1.888-1.94360.2411430.222420100
1.9436-2.00630.24251180.21062445100
2.0063-2.0780.21231480.20412455100
2.078-2.16120.24211170.19272415100
2.1612-2.25950.22551430.18742419100
2.2595-2.37860.21161610.19422413100
2.3786-2.52760.25231300.20322448100
2.5276-2.72270.22711230.20532448100
2.7227-2.99660.22581330.20392448100
2.9966-3.42990.21421180.19732455100
3.4299-4.320.17191520.15912404100
4.32-34.740.15231360.13692444100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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