PDB-7adg: Cocktail experiment G: fragments 216 and 338 at 90 mM concentrati...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7adg

タイトル

Cocktail experiment G: fragments 216 and 338 at 90 mM concentration in complex with Endothiapepsin

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / aspartic protease / monomer

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.07946365588 Å

データ登録者

Hassaan, E. / Klebe, G. / Heine, A. / Schiebel, J. / Koester, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comparison of Cocktail Screening in X-Ray Crystallography vs NMR
著者: Hassaan, E. / Klebe, G. / Heine, A. / Schiebel, J. / Koester, H.

履歴

登録	2020年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7adg.cif.gz	248.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7adg.ent.gz	163.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7adg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7adg_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7adg_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7adg_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	7adg_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/7adg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/7adg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dq4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5r2x-d 5r2p-d 5p3c-d 5p0v-d 5p2k-d 5rch-d 5r33-d 5r32-d 5rdo-d 5p2m-d 5r1u-d 5r3d-d 4y50-d 5p47-d 5oyv-d 3pbz-d 5qbi-d 4kup-d 5rck-d 5r3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.358, 73.192, 52.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.731, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 398分子

#2: 化合物	ChemComp-483 / 2-(1H-imidazol-1-yl)-N-(trans-4-methylcyclohexyl)acetamide 分子量: 221.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-8NE / [azanyl-[4-(trifluoromethyl)phenyl]methylidene]azanium 分子量: 189.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈F₃N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→42.7 Å / Num. obs: 138339 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 8.98695266584 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.08→1.14 Å / Num. unique obs: 22228 / CC_1/2: 0.775

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DQ4

5dq4

解像度: 1.07946365588→26.895082891 Å / SU ML: 0.0724161707854 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36531898138 / 位相誤差: 12.6809857329
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.143567303905	6916	4.99971083222 %
R_work	0.125910237443	131412	-
obs	0.126786721834	138328	99.7303571686 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.7713797583 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.07946365588→26.895082891 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2372	0	52	389	2813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00726299422723	2605
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.02257405762	3582
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08112876987	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00733590693221	476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6698136674	862

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0795-1.0917	0.24748294321	220	0.236602000268	4197	X-RAY DIFFRACTION	96.6097987752
1.0917-1.1046	0.233467120671	233	0.20851181969	4417	X-RAY DIFFRACTION	99.914052428
1.1046-1.118	0.196875242828	229	0.189463029855	4349	X-RAY DIFFRACTION	99.7820401046
1.118-1.1322	0.207352657764	230	0.175461923997	4377	X-RAY DIFFRACTION	99.8482878197
1.1322-1.1471	0.198541966207	231	0.168290402865	4373	X-RAY DIFFRACTION	99.8698481562
1.1471-1.1628	0.17183930121	230	0.163072509571	4368	X-RAY DIFFRACTION	99.7829861111
1.1628-1.1794	0.184045044592	229	0.16088871551	4357	X-RAY DIFFRACTION	99.6956521739
1.1794-1.197	0.186353005504	230	0.154109842922	4368	X-RAY DIFFRACTION	99.7613365155
1.197-1.2157	0.174791088628	230	0.152715832026	4373	X-RAY DIFFRACTION	99.783221331
1.2157-1.2357	0.161667363828	231	0.145596097729	4383	X-RAY DIFFRACTION	99.935022742
1.2357-1.257	0.150798267587	230	0.137127843338	4386	X-RAY DIFFRACTION	99.8917983121
1.257-1.2798	0.169969372799	228	0.134091202992	4323	X-RAY DIFFRACTION	99.9341238472
1.2798-1.3044	0.163677040839	233	0.132425922124	4422	X-RAY DIFFRACTION	99.9785223368
1.3044-1.3311	0.146681002874	230	0.126970800128	4383	X-RAY DIFFRACTION	99.9133636561
1.3311-1.36	0.145808831308	230	0.123669509337	4372	X-RAY DIFFRACTION	99.8048145738
1.36-1.3916	0.143972092281	231	0.115214764534	4379	X-RAY DIFFRACTION	99.8483863981
1.3916-1.4264	0.136743549351	231	0.108880706776	4389	X-RAY DIFFRACTION	99.805573558
1.4264-1.465	0.133576320541	231	0.104887862619	4384	X-RAY DIFFRACTION	99.8485504111
1.465-1.5081	0.128227234781	231	0.103085313622	4387	X-RAY DIFFRACTION	99.9567099567
1.5081-1.5568	0.110190621993	230	0.0999667152307	4386	X-RAY DIFFRACTION	99.9350508768
1.5568-1.6124	0.127280490815	230	0.0996850747001	4360	X-RAY DIFFRACTION	99.7826086957
1.6124-1.677	0.117153972506	231	0.0995578360485	4390	X-RAY DIFFRACTION	99.7625215889
1.677-1.7533	0.128070587654	232	0.102061800269	4406	X-RAY DIFFRACTION	99.9568965517
1.7533-1.8457	0.134418061971	231	0.103630144896	4385	X-RAY DIFFRACTION	99.8701860666
1.8457-1.9613	0.108848409839	232	0.0999340613714	4418	X-RAY DIFFRACTION	99.8282524689
1.9613-2.1127	0.110820744382	230	0.0998077586705	4376	X-RAY DIFFRACTION	99.8699045967
2.1127-2.3252	0.130778096001	232	0.103187210897	4394	X-RAY DIFFRACTION	99.8058252427
2.3252-2.6614	0.123755215776	232	0.114816260365	4413	X-RAY DIFFRACTION	99.806617963
2.6614-3.3521	0.135054050598	233	0.127254180239	4428	X-RAY DIFFRACTION	99.8928418345
3.3521-26.89	0.164095627109	235	0.15324923995	4469	X-RAY DIFFRACTION	99.5134334673

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