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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7acu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human transthyretin in complex with Benzbromarone | ||||||
![]() | Transthyretin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / transthyretin / TTR / benzbromarone / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leite, J.P. / Gales, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Repurposing Benzbromarone for Familial Amyloid Polyneuropathy: A New Transthyretin Tetramer Stabilizer. 著者: Cotrina, E.Y. / Oliveira, A. / Leite, J.P. / Llop, J. / Gales, L. / Quintana, J. / Cardoso, I. / Arsequell, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1y1dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12606.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.2 M acetate buffer pH 4.8, 2.2 M ammonium sulfate, 7% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→64.39 Å / Num. obs: 52367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 20.13 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→64.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.071 / Num. unique obs: 321843 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1Y1D 解像度: 1.541→35.47 Å / SU ML: 0.1528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.2 / 位相誤差: 19.3296 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.541→35.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -22.1749506108 Å / Origin y: 55.2034672258 Å / Origin z: 48.1791623173 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |