PDB-7aco: Crystal structure of E. coli HTH-type transcriptional regulator R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aco

タイトル

Crystal structure of E. coli HTH-type transcriptional regulator RcdA in complex with Tris at 1.80 A resolution

要素

HTH-type transcriptional regulator RcdA

キーワード

GENE REGULATION / transcription factor / HTH motif / DNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Cociurovscaia, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Structures of the TetR-like transcription regulator RcdA alone and in complexes with ligands.
著者: Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Cociurovscaia, A.

履歴

登録	2020年9月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aco.cif.gz	163.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aco.ent.gz	128.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7aco_validation.pdf.gz	292.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aco_full_validation.pdf.gz	291.6 KB	表示
XML形式データ	7aco_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	7aco_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/7aco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/7aco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aclC 7acmC 5x5iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x5i-3 7acm-d 7acl-d 5ryr-d 5rzc-d 4n7b-d 7mhv-d 5rzs-d 5rz9-d 3frq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator RcdA

B: HTH-type transcriptional regulator RcdA

ヘテロ分子

41.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.894, 74.688, 51.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator RcdA / Regulator of csgD 分子量: 20531.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first two amino acid residues are the remainings of the tag, so they should be numbered (-1) and (0). 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rcdA, ybjK, b0846, JW5114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75811
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M TMAO, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% mmePEG 2000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.798→39.739 Å / Num. obs: 27595 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.893 % / B_iso Wilson estimate: 26.58 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.772 / Net I/σ(I): 12.47

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.91	6.826	1.464	1.28	28743	4552	4211	0.516	1.582	92.5
1.91-2.04	6.977	0.806	2.48	28935	4227	4147	0.79	0.869	98.1
2.04-2.2	6.849	0.417	4.75	27259	4007	3980	0.925	0.451	99.3
2.2-2.41	6.781	0.261	7.35	24200	3649	3569	0.964	0.282	97.8
2.41-2.69	7.156	0.16	11.79	23735	3324	3317	0.989	0.173	99.8
2.69-3.11	6.895	0.096	17.92	20217	2948	2932	0.996	0.104	99.5
3.11-3.8	6.76	0.053	28.98	16372	2474	2422	0.998	0.058	97.9
3.8-5.36	6.98	0.04	39.73	13527	1945	1938	0.999	0.043	99.6
5.36-39.739	6.69	0.04	41.24	7219	1110	1079	0.999	0.043	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X5I

5x5i

解像度: 1.798→39.739 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	1380	5 %
R_work	0.1546	26214	-
obs	0.1571	27594	97.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 160.41 Å² / B_iso mean: 32.8646 Å² / B_iso min: 12.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.798→39.739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2818	0	24	320	3162
B_iso mean	-	-	35.14	40.76	-
残基数	-	-	-	-	353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2998
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	4072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.427	1155

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7982-1.8625	0.3341	127	0.2748	2421	91
1.8625-1.937	0.2689	134	0.2408	2551	95
1.937-2.0252	0.2921	139	0.2094	2641	98
2.0252-2.1319	0.231	140	0.1748	2643	99
2.1319-2.2655	0.1977	137	0.1618	2615	98
2.2655-2.4404	0.2462	139	0.1586	2635	99
2.4404-2.6859	0.2321	141	0.1639	2685	100
2.6859-3.0745	0.2138	141	0.1629	2675	99
3.0745-3.873	0.1815	139	0.1325	2635	98
3.873-39.739	0.1604	143	0.1265	2713	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1442	-0.1266	0.5054	0.9818	-0.042	1.6781	-0.0206	-0.0171	0.0192	0.3767	0.0291	-0.3593	-0.0682	0.1608	-0.0029	0.2843	0.0203	-0.053	0.3081	-0.0289	0.2454	23.0977	18.6951	33.0693
2	1.1953	-0.3948	-0.5512	1.4988	0.2357	1.6269	-0.0017	-0.0898	0.0022	-0.0322	0.0122	-0.0974	0.1509	0.1501	-0.0074	0.1424	0.0225	0.002	0.1642	-0.0004	0.1801	14.0732	12.6277	8.8084
3	1.1049	-0.8753	-0.4222	0.743	0.3192	0.8447	0.0829	-0.0744	0.0687	-0.0037	-0.0275	0.4148	-0.093	-0.1606	-0.0621	0.2794	0.0212	0.0324	0.2822	-0.0363	0.3831	-2.2649	38.5517	29.8282
4	0.7353	-0.0682	0.1299	1.417	0.064	1.8037	0.0666	-0.0078	0.1191	-0.2127	-0.0428	0.0219	-0.2973	-0.1138	-0.009	0.228	0.0275	0.0061	0.1903	0.0017	0.2116	4.9372	26.8152	6.3319

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:64)	A	6 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 65:178)	A	65 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid -1:47)	B	-1 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 48:178)	B	48 - 178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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