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- PDB-7aci: In meso structure of apolipoprotein N-acyltransferase, Lnt, from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aci
タイトルIn meso structure of apolipoprotein N-acyltransferase, Lnt, from Escherichia coli in 9.8 monoacylglycerol
要素Apolipoprotein N-acyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Nitrilase fold / helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipoprotein biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein N-acyltransferase / Apolipoprotein N-acyltransferase, N-terminal / Apolipoprotein N-acyltransferase N-terminal domain / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LH9 / Apolipoprotein N-acyltransferase / Apolipoprotein N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Smithers, L. / van Dalsen, L. / Boland, C. / Caffrey, M.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland アイルランド
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2020
タイトル: 9.8 MAG. A new host lipid for in meso (lipid cubic phase) crystallization of integral membrane proteins
著者: van Dalsen, L. / Smithers, L. / Boland, C. / Weichert, D. / Caffrey, M.
履歴
登録2020年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,88813
ポリマ－59,2811
非ポリマー2,60812
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.775, 76.173, 156.531
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein N-acyltransferase / ALP N-acyltransferase


分子量: 59280.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: lnt, ACU57_00505, AM464_20560, AUQ13_21565, BMA87_17500, BUE81_17200, BvCms2454_02009, BvCmsHHP001_00880, BvCmsKSNP120_02778, BvCmsKSP076_04015, BW690_14780, C5N07_14455, C9Z39_12310, ...遺伝子: lnt, ACU57_00505, AM464_20560, AUQ13_21565, BMA87_17500, BUE81_17200, BvCms2454_02009, BvCmsHHP001_00880, BvCmsKSNP120_02778, BvCmsKSP076_04015, BW690_14780, C5N07_14455, C9Z39_12310, CA593_25875, CI694_20445, CIG45_13010, D0X26_17735, D2185_16075, D3821_19610, D4638_22450, D4718_15390, D9D20_13050, D9D44_16075, D9G69_11750, D9J52_13020, DBQ99_18215, DJ503_07085, DL326_16140, DT034_15925, E2119_09030, E4K55_13820, E4K60_15665, E4K61_12850, EA213_10835, EAI52_07270, EC3234A_6c00760, EC3426_01483, ECTO6_03389, ED307_12710, EEP23_08605, EI021_13075, EI028_12695, EI041_12995, EIZ93_02940, EL75_3125, EL79_3219, EL80_3175, ELT20_10985, EPT01_08450, EXX71_13910, EYD11_16175, FV293_12780, GHR40_20735, GKF74_06475, GKF86_07920, GKF89_05980, GP689_15750, GQE34_06850, GQM17_21560, GRW42_10840, NCTC8500_03946, NCTC9045_04089, NCTC9062_04723, NCTC9969_03714, PGD_02673, RK56_025370, SAMEA3472047_02047, SAMEA3472080_00307, SAMEA3484427_03116, SAMEA3484429_03266, SAMEA3752559_01009, SAMEA3753300_04108, SK85_00657
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A037YBN4, UniProt: P23930*PLUS, apolipoprotein N-acyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-LH9 / [(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propyl] heptadec-9-enoate


分子量: 342.513 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H38O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1M MES pH 6.0, * %(v/v) MPD, 0.05-0.4 M sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.57 Å / Num. obs: 26629 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 38.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 2578 / CC1/2: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Coot1.17.1_3660モデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N6H

5n6h


解像度: 2.3→46.57 Å / SU ML: 0.2367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3107
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1423 5.36 %
Rwork0.2143 25142 -
obs0.2167 26565 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3960 0 180 73 4213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6355766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5445677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.380.33991140.26672500X-RAY DIFFRACTION99.17
2.38-2.480.30051460.25982436X-RAY DIFFRACTION99.38
2.48-2.590.31331260.25352500X-RAY DIFFRACTION99.58
2.59-2.730.31451560.2392485X-RAY DIFFRACTION99.66
2.73-2.90.26331530.22962472X-RAY DIFFRACTION99.81
2.9-3.120.25441370.21632513X-RAY DIFFRACTION99.85
3.12-3.440.23771340.20682485X-RAY DIFFRACTION98.53
3.44-3.930.25671490.22252516X-RAY DIFFRACTION99.11
3.93-4.950.23421460.19082577X-RAY DIFFRACTION99.89
4.95-46.570.24321620.19782658X-RAY DIFFRACTION98.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1569236533880.158959491748-0.0135876906740.557577049764-0.4181633005280.4076219416140.02841896336810.0163604796169-0.0637169005353-0.02316762153940.0374653223882-0.07315982270170.108242539270.0183159711656-4.18206058985E-70.346256273116-0.0072110275050.001586509089410.325445874609-0.008999603264630.34666108565812.86777119592.0213342975624.4994077924
20.4536287093910.136379050480.00299166120860.58275250697-0.289766829490.4509969034580.04569041535940.02567214256580.140739843707-0.0207588358154-0.103869923680.0446001013372-0.0682692774615-0.1306061648340.0001836038585010.284954972102-0.02526122718360.002777441987480.323558147536-0.002597674684640.2907129516888.0911889148333.355200139920.3501797373
30.04041121459050.136684606780.1294000378460.675574165590.3090951234250.2463775326890.01577994314140.02147254273730.08960642319340.087717616677-0.02984201393650.01489274098340.0288305024574-0.01411042204179.050365951E-50.29499455893-0.00247376332312-0.004671942368190.3765774602190.01995897565840.3190028458015.7702624293223.302171983718.3055455066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 189 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 190 through 320 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 321 through 508 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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