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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aag | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain with inhibitor NPD-617 | ||||||
要素 | cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Phosphodiesterase (ホスホジエステラーゼ) / cAMP hydrolysis / alternative splicing (選択的スプライシング) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / beta-2 adrenergic receptor binding / voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / cAMP-mediated signaling / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, A.K. / Blaazer, A.R. / Zara, L. / de Esch, I.J.P. / Leurs, R. / Brown, D.G. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: hPDE4D2 structure with inhibitor NPD-617 著者: Singh, A.K. / Brown, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aag.cif.gz | 308.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aag.ent.gz | 248.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aag.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aag | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3sl3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41808.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 381-740 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase |
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-非ポリマー , 10種, 965分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-QWT / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-PEG / #7: 化合物 | ChemComp-DMS / #8: 化合物 | ChemComp-EPE / #9: 化合物 | ChemComp-ILE / | #10: 化合物 | ChemComp-PRO / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG 3350, 30% Ethylene glycol, 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→66.94 Å / Num. obs: 165809 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 12112 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.789 / Rrim(I) all: 1.495 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SL3 解像度: 1.79→66.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.5 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.66 Å2 / Biso mean: 30.396 Å2 / Biso min: 8.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→66.94 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.79→1.836 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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