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- PDB-7aa8: Structure of SCOC LIR bound to GABARAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aa8
タイトルStructure of SCOC LIR bound to GABARAP
要素Chimera made of SCOC (6-23) + linker (GS) + GABARAP,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SCOC / ATG8 / LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Macroautophagy / beta-tubulin binding ...positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / smooth endoplasmic reticulum / protein targeting / mitophagy / sperm midpiece / autophagosome / GABA-ergic synapse / microtubule cytoskeleton organization / protein transport / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Lee, R. / Mouilleron, S. / Wirth, M. / Zhang, W. / O Reilly, N. / Dhira, J. / Tooze, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Phosphorylation of the LIR Domain of SCOC Modulates ATG8 Binding Affinity and Specificity.
著者: Wirth, M. / Mouilleron, S. / Zhang, W. / Sjottem, E. / Princely Abudu, Y. / Jain, A. / Lauritz Olsvik, H. / Bruun, J.A. / Razi, M. / Jefferies, H.B.J. / Lee, R. / Joshi, D. / O'Reilly, N. / ...著者: Wirth, M. / Mouilleron, S. / Zhang, W. / Sjottem, E. / Princely Abudu, Y. / Jain, A. / Lauritz Olsvik, H. / Bruun, J.A. / Razi, M. / Jefferies, H.B.J. / Lee, R. / Joshi, D. / O'Reilly, N. / Johansen, T. / Tooze, S.A.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Chimera made of SCOC (6-23) + linker (GS) + GABARAP,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5691
ポリマ－16,5691
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.820, 52.820, 81.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Chimera made of SCOC (6-23) + linker (GS) + GABARAP,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 16568.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.4 / 詳細: 2.9% PEG 550 MME, 50 mM Bicine pH 8.4, 30% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→45.74 Å / Num. obs: 37099 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 17.97 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.01 / Net I/σ(I): 15.85
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / Rmerge(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3670 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HYO

6hyo


解像度: 1.25→45.74 Å / SU ML: 0.2181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.7632
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1939 1828 4.93 %
Rwork0.1681 35271 -
obs0.1694 37099 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1070 0 0 141 1211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78711540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.1931433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.40131380.34592685X-RAY DIFFRACTION99.72
1.28-1.320.37841500.32422676X-RAY DIFFRACTION99.96
1.32-1.360.31411450.29382657X-RAY DIFFRACTION99.93
1.36-1.410.29931480.25392648X-RAY DIFFRACTION99.64
1.41-1.470.27681530.21742703X-RAY DIFFRACTION99.96
1.47-1.540.22291060.19322694X-RAY DIFFRACTION99.82
1.54-1.620.25011320.16492709X-RAY DIFFRACTION99.86
1.62-1.720.20421620.152656X-RAY DIFFRACTION99.89
1.72-1.850.20311500.13732690X-RAY DIFFRACTION99.93
1.85-2.040.18361160.13992768X-RAY DIFFRACTION99.9
2.04-2.330.18171330.14722728X-RAY DIFFRACTION99.86
2.33-2.940.18591350.17892790X-RAY DIFFRACTION99.83
2.94-45.740.16661600.15472867X-RAY DIFFRACTION99.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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