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- PDB-7a3f: Crystal structure of apo DPP9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a3f
タイトルCrystal structure of apo DPP9
要素Dipeptidyl peptidase 9
キーワードHYDROLASE / DPP9 / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / microtubule / proteolysis / identical protein binding ...dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / microtubule / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Dipeptidyl peptidase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ross, B.H. / Huber, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery and Development of 4-Oxo-beta-Lactams as Novel Inhibitors of Dipeptidyl Peptidases 8 and 9
著者: Fehr, L. / Carvalho, L.A.R. / Ross, B.H. / Lum, K. / Vieira, A.C. / Kiefersauer, R. / Geiss-Friedlander, R. / Kaiser, M. / Rodrigues, T. / Lucas, S.D. / Cravatt, B.F. / Huber, R. / Moreira, R.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Dipeptidyl peptidase 9
A: Dipeptidyl peptidase 9
C: Dipeptidyl peptidase 9
D: Dipeptidyl peptidase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)411,07310
ポリマ－410,5094
非ポリマー5646
水2,324129
1
B: Dipeptidyl peptidase 9
A: Dipeptidyl peptidase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,6286
ポリマ－205,2542
非ポリマー3744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area63800 Å2
手法PISA
2
C: Dipeptidyl peptidase 9
D: Dipeptidyl peptidase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,4444
ポリマ－205,2542
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area63760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.170, 95.310, 127.196
Angle α, β, γ (deg.)86.560, 102.540, 102.440
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Dipeptidyl peptidase 9 / DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / ...DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / Dipeptidyl peptidase-like protein 9 / DPLP9


分子量: 102627.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86TI2, dipeptidyl-peptidase IV
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.08 M Na-Cacodilate pH 5.25, 0.16 M Ca-Acetate, 30 % Glycerol, 10 % PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.89 Å / Num. obs: 92941 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.235 % / Biso Wilson estimate: 50.051 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 7.24 / Num. measured all: 207713 / Scaling rejects: 330
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-2.972.2990.4912.0615790700268690.8060.64598.1
2.97-3.062.2840.3962.515304682267000.8510.52198.2
3.06-3.152.2660.3083.0315214683367150.910.40698.3
3.15-3.252.2360.2673.3815230692168100.9270.35198.4
3.25-3.372.2190.2164.0214900683067140.9450.28598.3
3.37-3.512.1240.1574.9714047673766120.9670.20898.1
3.51-3.672.0810.1195.9113896683266780.9780.15897.7
3.67-3.872.1450.1036.8214265675866500.9810.13698.4
3.87-4.122.3590.0838.5715851683567190.9880.1198.3
4.12-4.452.3180.06210.5715252664965800.9910.08399
4.45-4.92.3070.05711.4315255669866130.990.07698.7
4.9-5.632.2590.06210.6514882665765890.990.08299
5.63-6.872.1130.06210.2812074577657150.9890.08298.9
6.87-8.72.1790.04314.337751362235570.9930.05798.2
8.7-11.182.3660.0320.124280183418090.9970.0498.6
11.18-16.312.3460.0321.562616113711150.9950.0498.1
16.31-26.12.2620.02321.188803983890.9980.03197.7
26.1-46.892.1120.0222.32261301070.9990.02682.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EOR

6eor


解像度: 2.9→46.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 25.629 / SU ML: 0.448 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.464
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 4647 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.2264 88289 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.73 Å2 / Biso mean: 59.125 Å2 / Biso min: 9.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.12 Å2-5.08 Å25.61 Å2
2---0.99 Å2-5.08 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→46.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25524 0 32 129 25685
Biso mean--80.43 30.88 -
残基数----3155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01326315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01723620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.64335712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0611.56954952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.40353121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.80522.2941421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.669154266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.71515143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.23228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0229226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025759
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 343 -
Rwork0.395 6523 -
all-6866 -
obs--98.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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