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- PDB-7a1i: Crystal structure of the BILBO2/FPC4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a1i
タイトルCrystal structure of the BILBO2/FPC4 complex
要素
  • BILBO1_N domain-containing protein
  • FPC4
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Complex / Cytoskeleton / Flagellum / Trypanosoma
機能・相同性BILBO1, N-terminal domain / BILBO1 N-terminal domain / HEXANE-1,6-DIOL / BILBO1 N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei equiperdum (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Dong, G.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP28231-B28 オーストリア
Austrian Science FundP24383-B21 オーストリア
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional studies of the first tripartite protein complex at the Trypanosoma brucei flagellar pocket collar.
著者: Isch, C. / Majneri, P. / Landrein, N. / Pivovarova, Y. / Lesigang, J. / Lauruol, F. / Robinson, D.R. / Dong, G. / Bonhivers, M.
履歴
登録2020年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BILBO1_N domain-containing protein
B: FPC4
C: BILBO1_N domain-containing protein
D: FPC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,24311
ポリマ－36,6634
非ポリマー5807
水1,47782
1
A: BILBO1_N domain-containing protein
B: FPC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5586
ポリマ－18,3322
非ポリマー2264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: BILBO1_N domain-containing protein
D: FPC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6855
ポリマ－18,3322
非ポリマー3533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.418, 73.385, 120.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 12 or resid 14...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 4 through 12 or resid 14...
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYASPA1 - 9
d_12ens_1ASPPHEA11 - 21
d_13ens_1GLYSERA25 - 29
d_14ens_1LEUPHEA31 - 43
d_15ens_1LEUASPA45 - 68
d_16ens_1LEUGLUA70 - 71
d_17ens_1THRGLYA73 - 102
d_18ens_1PROSERA104 - 107
d_21ens_1GLYASPG1 - 9
d_22ens_1ASPSERG13 - 28
d_23ens_1LEUPHEG30 - 42
d_24ens_1LEUASPG44 - 67
d_25ens_1LEUGLUG69 - 70
d_26ens_1THRGLYG72 - 101
d_27ens_1PROSERG103 - 106
d_11ens_2VALPROF1 - 7
d_21ens_2VALPROK1 - 7

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.131482831025, 0.991303880542, 0.00537415737243), (0.990556986982, 0.131592349283, -0.0384747859157), (-0.0388474025754, 0.000264635359133, -0.999245119719)29.1964543201, 6.52214852827, 31.3495311394
2given(-0.131115756828, 0.988062084981, 0.0808824735894), (0.988698904786, 0.136308731792, -0.0624051705557), (-0.0726851703321, 0.0717861118868, -0.994768123813)27.6164359204, 6.80293732047, 30.307264403

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 BILBO1_N domain-containing protein


分子量: 12466.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei equiperdum (トリパノソーマ)
遺伝子: DPX39_060035600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3L6L5Q1
#2: タンパク質 FPC4


分子量: 5865.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei equiperdum (トリパノソーマ)
遺伝子: DPX39_040053800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3L6LBE5

-
非ポリマー , 6種, 89分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: diamond-like crystals with dimensions of approximately 100 x 50 x 50 micrometers
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 mM NaOAc (pH 4.5), 0.5 M 1,6-Hexanediol, and 10 mM CoCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→46.64 Å / Num. obs: 21911 / % possible obs: 95.35 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 39.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1247 / Rpim(I) all: 0.0369 / Rrim(I) all: 0.1302 / Net I/σ(I): 12.76
反射 シェル解像度: 1.87→1.937 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 2.359 / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 1295 / CC1/2: 0.742 / CC star: 0.923 / Rpim(I) all: 0.727 / Rrim(I) all: 2.477 / % possible all: 57.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SJQ.pdb

6sjq


解像度: 1.87→19.75 Å / SU ML: 0.2602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.0256
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 1992 9.27 %
Rwork0.2119 19489 -
obs0.2156 21481 95.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 0 36 82 1880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80962502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0559288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.892664
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.894514357689
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.611152070452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.920.4625620.5179606X-RAY DIFFRACTION41.67
1.92-1.970.41571460.37051420X-RAY DIFFRACTION98.99
1.97-2.030.37441460.32271414X-RAY DIFFRACTION99.3
2.03-2.090.36031460.31951430X-RAY DIFFRACTION98.75
2.09-2.170.34511480.29931436X-RAY DIFFRACTION98.81
2.17-2.250.29791440.27481419X-RAY DIFFRACTION99.11
2.25-2.360.27591440.26481437X-RAY DIFFRACTION99.31
2.36-2.480.27881490.24181454X-RAY DIFFRACTION99.94
2.48-2.630.24151500.23131461X-RAY DIFFRACTION99.88
2.63-2.840.22311470.21931436X-RAY DIFFRACTION99.87
2.84-3.120.27961480.21051456X-RAY DIFFRACTION99.69
3.12-3.570.22961510.18751473X-RAY DIFFRACTION99.57
3.57-4.490.2191520.17061486X-RAY DIFFRACTION100
4.49-19.750.22651590.18651561X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.614658263820.598579105533-0.4586733646013.792911630870.01130045656596.93050364506-0.2917470408350.3334659324260.0289746990486-0.2816682785510.15819311754-0.06969667331990.272975167778-0.2375865758840.1944069348780.435381128038-0.00971076227523-0.07514854214190.353395432285-0.05038318232740.35896785195916.80282941710.739662052623.7579815508
24.20626857536-0.4466478728391.275226816216.003615906792.178573233594.20313740626-0.253421503265-0.0907848443067-0.3073409220290.316635405620.1312838719240.2384992366190.662783614499-0.05926777039170.04407380656160.437844613803-0.0491292664033-0.0274014587040.281689712191-0.00151251753710.32471414502324.44011021216.878088005325.9690671788
38.50498387592-3.0369110602-4.454128032563.409443131111.502356365299.49165534761-0.420639623688-1.049393486710.8069586188110.2509632505690.05547474145890.319996145569-0.872971723341-0.788482575242-0.1624802474350.684920351559-0.0382034514928-0.03802657040570.476679858077-0.09756462399330.53044796453716.663694810224.731219521229.8527385497
46.18059604285-6.386587168740.4678653600146.683275238-0.6079570273722.41980956249-0.14404866408-0.9115808319230.379302762404-0.2693734052010.3041422323820.0199455764744-1.1599304880.573983876421-0.3057338680220.507500454382-0.07574520359760.02206496104540.556567048909-0.07484888875370.3718434836420.492305631319.201474639138.6222881576
54.00419889039-1.718012636332.359243638492.693172168980.6276448166332.66866542217-0.0461967745160.2746233055980.864058149984-0.1987858925610.01367861638390.4011407522170.00990825662846-0.5093541935820.09634759305860.432160389517-0.041452840523-0.04714181405450.2369755343390.02088661308730.42569055127521.091520031817.69554556223.5804189568
65.18388998119-0.6334434962860.8817035062597.16247178352-1.579701193593.820038577590.1961094002780.108619899219-0.9534506969030.1136532004640.001788845468150.9539379885350.8076446411970.00659229326218-0.1157249404160.620685533063-0.03936468704340.05423758570250.444596218363-0.002623943439790.3866895974715.1103352815.2902641835522.3366190528
72.823867944091.805065937722.647803058232.377557844491.330606051169.25335895535-0.259993131527-0.8309798099631.80766534643-0.5892191451540.1099241925480.015362320901-0.7262066604041.165881287870.1555611412940.44789438447-0.0718795070718-0.05677083186810.443917068366-0.05778954257890.45786104960617.91068699723.466100484120.476900297
84.89217212391-0.336139466217-0.3952591346895.57577306963-0.8565315924176.74451482887-0.05091886365470.327168389926-0.124951598375-0.393073199475-0.2351890728520.09893418640990.173866483619-0.7080026529980.3071421533560.540123463039-0.01185397974540.03627871966950.3835524871370.01625247269940.34371216764737.43455560723.69822707015.50696902691
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 24 )AA4 - 241 - 21
22chain 'A' and (resid 25 through 58 )AA25 - 5822 - 55
33chain 'A' and (resid 59 through 72 )AA59 - 7256 - 69
44chain 'A' and (resid 73 through 78 )AA73 - 7870 - 75
55chain 'A' and (resid 79 through 98 )AA79 - 9876 - 95
66chain 'A' and (resid 99 through 110 )AA99 - 11096 - 107
77chain 'B' and (resid 432 through 438 )BF432 - 4381 - 7
88chain 'C' and (resid 4 through 30 )CG4 - 301 - 26
99chain 'C' and (resid 31 through 48 )CG31 - 4827 - 44
1010chain 'C' and (resid 49 through 58 )CG49 - 5845 - 54
1111chain 'C' and (resid 59 through 78 )CG59 - 7855 - 74
1212chain 'C' and (resid 79 through 98 )CG79 - 9875 - 94
1313chain 'C' and (resid 99 through 103 )CG99 - 10395 - 99
1414chain 'C' and (resid 104 through 110 )CG104 - 110100 - 106
1515chain 'D' and (resid 432 through 438 )DK432 - 4381 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る