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- PDB-7a18: 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a18
タイトル50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • RNA (122-MER)
  • RNA (2699-MER)
キーワードANTIBIOTIC / Complex / NPET / Macrolide / A2058
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site ...Ribosomal protein L6 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / : / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L6
類似検索 - ドメイン・相同性
MYCINAMICIN IV / SPERMIDINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 ...MYCINAMICIN IV / SPERMIDINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Breiner, E. / Eyal, Z. / Matzov, D. / Halfon, Y. / Cimicata, G. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Yonath, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)322581
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118101 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Ribosome-binding and anti-microbial studies of the mycinamicins, 16-membered macrolide antibiotics from Micromonospora griseorubida.
著者: Breiner-Goldstein, E. / Eyal, Z. / Matzov, D. / Halfon, Y. / Cimicata, G. / Baum, M. / Rokney, A. / Ezernitchi, A.V. / Lowell, A.N. / Schmidt, J.J. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. ...著者: Breiner-Goldstein, E. / Eyal, Z. / Matzov, D. / Halfon, Y. / Cimicata, G. / Baum, M. / Rokney, A. / Ezernitchi, A.V. / Lowell, A.N. / Schmidt, J.J. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Valinsky, L. / Anzai, Y. / Sherman, D.H. / Yonath, A.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: RNA (2699-MER)
Y: RNA (122-MER)
A: 50S ribosomal protein L2
B: 50S ribosomal protein L3
C: 50S ribosomal protein L4
D: 50S ribosomal protein L5
E: 50S ribosomal protein L6
G: 50S ribosomal protein L13
H: 50S ribosomal protein L14
I: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L16
K: 50S ribosomal protein L17
L: 50S ribosomal protein L18
M: 50S ribosomal protein L19
N: 50S ribosomal protein L20
O: 50S ribosomal protein L21
P: 50S ribosomal protein L22
Q: 50S ribosomal protein L23
R: 50S ribosomal protein L24
S: 50S ribosomal protein L25
T: 50S ribosomal protein L27
U: 50S ribosomal protein L28
V: 50S ribosomal protein L29
W: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,265,049313
ポリマ－1,256,60428
非ポリマー8,445285
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.590, 410.128, 690.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#1: RNA鎖 RNA (2699-MER)


分子量: 875102.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Deinococcus radiodurans
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
#2: RNA鎖 RNA (122-MER)


分子量: 39276.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 11612676

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 ABCDEGHIJKLMNOPQRSTUVWZ123

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29533.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ9
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22033.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK2
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 21147.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK1
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 19834.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18266.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL3
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15837.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXY1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 14256.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ2
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14798.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSK9
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15343.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ5
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 12826.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSJ5
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 11098.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL2
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13446.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RWB4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13860.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSW7
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 10888.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RY64
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 14661.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ7
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10336.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11770.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ1
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 19184.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RX88
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 7707.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RY65
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8148.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RRG8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 6257.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ4
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL0
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6508.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: P49228
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5771.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSS4
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5497.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSH2
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7130.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSW6

-
非ポリマー , 3種, 285分子

#29: 化合物 ChemComp-MIV / MYCINAMICIN IV


分子量: 695.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H61NO11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#31: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2- ...詳細: Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50.074 Å / Num. obs: 344576 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Rpim(I) all: 0.128 / Rrim(I) all: 0.323 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.363.80.92167170.4430.4831.0490.895.3
3.36-3.423.90.844167840.5640.4390.960.85395.7
3.42-3.4840.817169210.5620.420.9270.89496.2
3.48-3.554.10.748170400.5910.3820.8470.90896.7
3.55-3.634.20.666170750.6420.3350.7510.95697.2
3.63-3.724.30.604171760.6750.3010.680.98897.4
3.72-3.814.50.606171590.6990.2860.6761.01397.6
3.81-3.914.70.552173150.7110.2520.6111.04397.9
3.91-4.034.80.488173300.7540.2210.5391.03898.2
4.03-4.1650.455172940.7720.2020.5011.00298.2
4.16-4.315.20.417173830.7840.1790.4561.02998.5
4.31-4.485.30.372173440.7920.1560.4061.03698.3
4.48-4.685.40.342174170.8180.1420.3721.04398.2
4.68-4.935.50.316173980.8210.1310.3441.05798.5
4.93-5.245.50.292173450.8450.1220.3181.06598
5.24-5.645.40.277171950.8380.1170.3021.04796.6
5.64-6.214.70.245168380.8380.1060.2690.90694.7
6.21-7.16.20.253173990.8550.0980.2730.98897.5
7.1-8.946.40.231176550.880.0890.2490.9198.3
8.94-506.30.202177910.8330.0840.220.73896.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PIO

3pio


解像度: 3.4→50 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3182 15317 4.97 %
Rwork0.2837 292596 -
obs0.2854 307913 93.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 318.72 Å2 / Biso mean: 109.0173 Å2 / Biso min: 36.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23436 60533 396 0 84365
Biso mean--73.88 --
残基数----5916
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4-3.43860.38485090.3484924990
3.4386-3.47910.37384520.3378933390
3.4791-3.52150.3654800.3365936891
3.5215-3.56610.37464960.3334934291
3.5661-3.6130.37255070.3213943292
3.613-3.66240.3384920.3207952892
3.6624-3.71470.36955260.3221956893
3.7147-3.77020.34144860.3147962893
3.7702-3.82910.34014940.3125954393
3.8291-3.89180.31415240.3093960993
3.8918-3.95890.35815310.3097961793
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31X-RAY DIFFRACTION1all71 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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