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- PDB-7a0a: Crystal structure of mouse CSAD in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a0a
タイトルCrystal structure of mouse CSAD in apo form
要素Cysteine sulfinic acid decarboxylase
キーワードLYASE (リアーゼ) / amino acid decarboxylase / pyridoxal phosphate (ピリドキサールリン酸) / cysteine sulphinic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine catabolic process to hypotaurine / スルフィノアラニンデカルボキシラーゼ / sulfinoalanine decarboxylase activity / L-cysteine catabolic process to taurine / アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ / aspartate 1-decarboxylase activity / taurine metabolic process / taurine biosynthetic process / carboxy-lyase activity / pyridoxal phosphate binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine sulfinic acid decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mahootchi, E. / Raasakka, A. / Haavik, J. / Kursula, P.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The structure of cysteine sulphinic acid decarboxylase reveals structural determinants for substrate specificity of pyridoxal phosphate-dependent decarboxylases
著者: Mahootchi, E. / Raasakka, A. / Luan, W. / Muruganandam, G. / Loris, R. / Haavik, J. / Kursula, P.
履歴
登録2020年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine sulfinic acid decarboxylase
B: Cysteine sulfinic acid decarboxylase
C: Cysteine sulfinic acid decarboxylase
D: Cysteine sulfinic acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,9498
ポリマ－233,7844
非ポリマー1654
水36020
1
A: Cysteine sulfinic acid decarboxylase
C: Cysteine sulfinic acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,0345
ポリマ－116,8922
非ポリマー1423
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cysteine sulfinic acid decarboxylase
D: Cysteine sulfinic acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9153
ポリマ－116,8922
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.060, 114.880, 113.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.804, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 14 through 332 or resid 341 through 458 or resid 462 through 493))
d_2ens_1(chain "B" and resid 14 through 493)
d_3ens_1(chain "C" and (resid 14 through 332 or resid 341 through 458 or resid 462 through 493))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 14 through 339 or resid 341 through 458 or resid 462 through 493))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROGLNA2 - 320
d_12ens_1LYSHISA324 - 441
d_13ens_1ALALEUA443 - 474
d_21ens_1PROLEUB2 - 470
d_31ens_1PROGLNC3 - 321
d_32ens_1LYSHISC326 - 443
d_33ens_1ALALEUC447 - 478
d_41ens_1PROGLND1 - 319
d_42ens_1LYSHISD321 - 438
d_43ens_1ALALEUD442 - 473

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999999746686, 0.000311838594446, 0.000639831923397), (0.000316686929799, -0.999971134328, -0.00759145704519), (0.000637446144924, 0.00759165774858, -0.999970979776)36.5209338461, -35.8959785965, -158.090038974
2given(-0.999977690582, 0.00286974862216, 0.00603182240469), (0.00543648055226, -0.175021848332, 0.98454954029), (0.00388111039278, 0.984560367448, 0.175002342364)-114.296484719, 37.5599199656, -31.0320829918
3given(-0.999965669812, 0.000838102888014, 0.00824359030015), (-0.00800075201448, 0.161168765377, -0.986894430542), (-0.00215572834335, -0.986926505192, -0.16115652697)-77.7195570287, -73.6157344215, -126.454956755

-
要素

#1: タンパク質
Cysteine sulfinic acid decarboxylase / Aspartate 1-decarboxylase / Cysteine-sulfinate decarboxylase / Sulfinoalanine decarboxylase


分子量: 58445.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Csad / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9DBE0, スルフィノアラニンデカルボキシラーゼ, アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 39.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM sodium sulphate, 100 mM bis-tris propane, 20% PEG3350, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 45520 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 57.31 Å2 / CC1/2: 0.949 / Rrim(I) all: 0.504 / Rsym value: 0.426 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 3321 / CC1/2: 0.184 / Rrim(I) all: 3.809 / Rsym value: 3.231 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc7_3834精密化
XDSdata processing
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2jis

2jis


解像度: 2.8→47.02 Å / SU ML: 0.539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.5106
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2917 1973 4.39 %
Rwork0.2427 42959 -
obs0.2449 44932 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14912 0 8 20 14940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003315218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.612320573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00462665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.55445666
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.611354109458
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.585497539378
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02410141282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.45831270.41672759X-RAY DIFFRACTION88.53
2.87-2.950.41621400.38622986X-RAY DIFFRACTION94.84
2.95-3.030.33991360.35323035X-RAY DIFFRACTION96.65
3.03-3.130.3691400.3373046X-RAY DIFFRACTION97.7
3.13-3.240.42041410.33533085X-RAY DIFFRACTION98.29
3.24-3.370.35941410.2963095X-RAY DIFFRACTION98.09
3.37-3.530.33351420.2733075X-RAY DIFFRACTION98.38
3.53-3.710.28621430.24973102X-RAY DIFFRACTION98.6
3.71-3.950.29091440.22993109X-RAY DIFFRACTION98.94
3.95-4.250.27191420.20893121X-RAY DIFFRACTION98.55
4.25-4.680.25491420.18923090X-RAY DIFFRACTION98.51
4.68-5.350.2411430.20353123X-RAY DIFFRACTION98.76
5.35-6.740.32451460.22443156X-RAY DIFFRACTION98.89
6.74-47.020.19441460.17853177X-RAY DIFFRACTION98.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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