PDB-6zzd: MB_CRS6-13 bound to CrSAS-6_N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zzd

タイトル

MB_CRS6-13 bound to CrSAS-6_N

要素

Centriole protein
MB_CRS6-13

キーワード

PROTEIN BINDING / Centriole / Cartwheel / Ring-polymer / Monobody

機能・相同性

: / Sas-6-like, oligomerization domain / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain / cytoskeleton / identical protein binding / cytoplasm / Centriole protein

機能・相同性情報

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Hatzopoulos, G.N. / Kukenshoner, T. / Banterle, N. / Favez, T. / Fluckiger, I. / Hantschel, O. / Gonczy, P.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Tuning SAS-6 architecture with monobodies impairs distinct steps of centriole assembly.
著者: Hatzopoulos, G.N. / Kukenshoner, T. / Banterle, N. / Favez, T. / Fluckiger, I. / Hamel, V. / Andany, S. / Fantner, G.E. / Hantschel, O. / Gonczy, P.

履歴

登録	2020年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zzd.cif.gz	258.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zzd.ent.gz	174.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zz8C 6zzcC 6zzgC 3q0yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f1i-d 2fpk-d 2bbt-2 6jhw-1 4mvj-14 3roq-1 1t4g-d 3u4h-2 2fpl-d 3rok-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Centriole protein

B: Centriole protein

C: MB_CRS6-13

D: MB_CRS6-13

64.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Centriole protein

D: MB_CRS6-13

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
32.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Centriole protein

C: MB_CRS6-13

登録者が定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.888, 65.722, 90.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.026, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain 'A' and (resid 12 through 56 or resid 58 through 157))	A	A	12 - 55	14 - 57
1	2	1	ASN	ASN	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 12 through 56 or resid 58 through 157))	A	A	58 - 156	60 - 158
2	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain 'B' and (resid 12 through 56 or resid 58 through 157))	B	B	12 - 55	14 - 57
2	4	1	ASN	ASN	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 12 through 56 or resid 58 through 157))	B	B	58 - 156	60 - 158
1	5	2	GLN	GLN	THR	THR	(chain 'C' and resid -2 through 93)	C	C	-2 - 93	31 - 126
2	6	2	GLN	GLN	THR	THR	chain 'D'	D	D	-2 - 93	31 - 126

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Centriole protein 分子量: 18016.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: CrSAS-6, CHLRE_12g516950v5 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A9CQL4
#2: タンパク質	MB_CRS6-13 分子量: 14078.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→43.06 Å / Num. obs: 255461 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 45.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.03
反射シェル	解像度: 2.051→2.125 Å / R_merge(I) obs: 1.451 / Num. unique obs: 3640

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3459	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3q0y

3q0y

解像度: 2.05→43.06 Å / SU ML: 0.3142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.8779
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	3622	5 %
R_work	0.1986	68755	-
obs	0.2002	72377	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3877	0	0	155	4032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	3981
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1713	5426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1297	626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8261	2647

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.4651	129	0.4064	2477	X-RAY DIFFRACTION	93.64
2.08-2.11	0.3668	143	0.3637	2716	X-RAY DIFFRACTION	96.69
2.11-2.14	0.3448	129	0.3473	2494	X-RAY DIFFRACTION	97.26
2.14-2.17	0.3662	140	0.3553	2633	X-RAY DIFFRACTION	96.96
2.17-2.2	0.3583	140	0.3195	2641	X-RAY DIFFRACTION	97.24
2.2-2.24	0.3763	138	0.3201	2602	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.24-2.28	0.3465	142	0.3069	2660	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.28-2.32	0.2965	137	0.2792	2613	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.32-2.36	0.2878	141	0.2725	2666	X-RAY DIFFRACTION	98.46
2.36-2.41	0.3279	137	0.2735	2654	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2.41-2.46	0.3248	139	0.2741	2627	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.46-2.52	0.3315	137	0.2612	2666	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.52-2.58	0.3272	139	0.2514	2630	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.58-2.65	0.2974	145	0.2438	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.65-2.73	0.2664	140	0.232	2639	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.73-2.82	0.2815	141	0.2241	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.82-2.92	0.2454	140	0.2169	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.92-3.04	0.267	142	0.2211	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.04-3.18	0.271	143	0.2138	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.18-3.34	0.25	138	0.1889	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.18
3.34-3.55	0.1961	140	0.1933	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.55-3.83	0.1928	137	0.1758	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.83-4.21	0.1842	141	0.166	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.58
4.21-4.82	0.1451	144	0.1329	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.33
4.82-6.07	0.1646	141	0.1447	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.26
6.07-43.06	0.203	139	0.1694	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.02531011837	1.66424666069	-0.84372814766	5.24691536714	-0.529911785465	7.40532800731	-0.1669538228	-0.0854925527177	0.482178499564	-0.110301885595	0.090756979738	0.384179863251	-0.346752234579	-0.66771404725	0.106104353341	0.281508169299	0.148690910518	-0.0553005935103	0.631761590457	-0.0486862251493	0.442629446688	23.1466628904	6.32818760903	25.341254244
2	1.44712257322	-0.77281981765	0.298180211218	2.59926047611	1.11482943119	6.04260338018	0.496519887349	-0.537924748275	0.880560386725	0.68646855675	0.135004174601	0.741674439021	-0.371898249605	-1.02484229385	-0.255832057347	0.55221357051	0.0808850919088	0.270331103887	0.82204024135	-0.145683982726	0.6372594202	19.2785566515	7.43927572517	33.9589307545
3	5.0676608469	-0.273443352937	-3.36702975591	4.42936576855	1.58193996035	6.27581395028	0.0911454526937	0.818797222574	0.617291239226	-0.125414004636	0.119804461111	0.846988357312	-0.341157631222	-1.16132305863	-0.330432896184	0.43438565896	0.157476088079	-0.0142515331218	0.66215854715	0.0273610391361	0.559624888264	23.4273179814	10.4449028979	21.1953045751
4	6.70169642406	-0.437287602068	-4.11331056372	9.29424952916	0.779910002909	8.99572298594	0.0352722152528	-0.77723809778	1.57346169771	-0.0177422004965	0.232838227771	-0.804115808827	-0.729908954302	0.685622213415	-0.215460100376	0.492603443335	0.0282512248007	-0.0204263746039	0.504712259856	-0.145835839517	0.545613576323	34.6983339319	12.9945781987	25.93239221
5	6.13941365795	0.404350904491	-1.1116236917	3.2108799012	0.917195836722	6.60280173507	0.159230188736	-1.34401237406	-0.240092457783	0.457435193031	-0.161098407354	0.204543334895	-0.0479700733093	0.0164089698927	-0.032528202776	0.383834464477	0.0350654081412	-0.0577044592	0.683674778576	-0.0135998537169	0.318471216163	30.9586203522	1.11539006947	35.4113239478
6	9.30178292646	1.65850533921	3.98366460671	1.89098523511	-0.792614611815	6.35613915235	0.204408074006	-0.974792351662	-0.0595239566653	0.0866650422888	-0.0137384674023	-0.0110069447566	0.359593077918	-0.834830399764	-0.179247606363	0.47394011863	0.0175723021195	0.0511879839557	0.843194207024	-0.165632968515	0.315846510733	30.7405086079	6.55416855046	42.6070506468
7	8.38089612808	-0.422648539649	-1.12275425574	6.89723678976	-2.37710728447	4.68733348514	0.507566511768	0.069104332965	0.730560214983	0.649003968874	-0.609387877751	-0.0099595270176	-0.694052456428	0.893545670504	0.0832460041254	0.562093786046	-0.0235976676251	0.0709003829049	0.601676569856	-0.1819052916	0.523295262169	29.9969120688	10.1958602703	35.5085399329
8	5.78074058287	0.740427260752	-0.406778278895	3.39734472486	-0.257469403935	4.05800409751	-0.2029027304	0.246237779425	-0.716126863571	-0.0305999245178	0.0375146059258	-0.115397535449	0.487757926688	0.251118344384	0.0916632041434	0.38133349711	0.0620400679244	0.0339661873828	0.258531131325	-0.00900019911172	0.3389017937	-3.03597694462	15.0440177612	13.3183984312
9	8.07083039308	1.67215210248	-0.506541397118	4.39068461799	-0.0930257895661	3.76636106701	-0.0351556155259	-0.67229895917	-0.654670173957	0.280537436295	0.00500527501729	0.00242032225504	0.354640300291	0.112448487485	0.0223255814564	0.336242567338	0.0935850699028	-0.0176300153355	0.396371876051	0.138606983335	0.344296306372	-8.15255522863	16.0836857087	20.9162112831
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 145 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 146 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 12 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 121 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 122 through 158 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid -8 through 1 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 75 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 76 through 93 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid -2 through 30 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 31 through 38 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 39 through 45 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 46 through 51 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 52 through 66 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 67 through 86 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 87 through 93 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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