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- PDB-6zz0: Structure of the borneol dehydrogenase of Salvia rosmarinus (apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zz0
タイトルStructure of the borneol dehydrogenase of Salvia rosmarinus (apo)
要素Borneol Dehydrogenase (salvia rosmarinus) apo structure
キーワードOXIDOREDUCTASE / TERPENOID / ALCOHOL / Borneol / Rossmann-like fold
生物種Salvia rosmarinus (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dimos, N. / Helmer, C.P.O. / Loll, B.
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2021
タイトル: A Structural View on the Stereospecificity of Plant Borneol-Type Dehydrogenases.
著者: Chanique, A.M. / Dimos, N. / Drienovska, I. / Calderini, E. / Pantin, M.P. / Helmer, C.P.O. / Hofer, M. / Sieber, V. / Parra, L.P. / Loll, B. / Kourist, R.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Borneol Dehydrogenase (salvia rosmarinus) apo structure
B: Borneol Dehydrogenase (salvia rosmarinus) apo structure
C: Borneol Dehydrogenase (salvia rosmarinus) apo structure
D: Borneol Dehydrogenase (salvia rosmarinus) apo structure


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1384
ポリマ－121,1384
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15540 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.180, 108.180, 230.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGALAALA(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA9 - 5330 - 74
12LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA5677
13ASNASNGLNGLN(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA59 - 7280 - 93
14ALAALALYSLYS(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA75 - 10896 - 129
15LEULEUPHEPHE(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA111 - 190132 - 211
16GLUGLUMETMET(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA208 - 211229 - 232
17VALVALLYSLYS(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA214 - 218235 - 239
18ILEILEALAALA(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA221 - 235242 - 256
19GLUGLUILEILE(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA238 - 264259 - 285
210ARGARGALAALA(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB9 - 5330 - 74
211LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB5677
212ASNASNGLNGLN(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB59 - 7280 - 93
213ALAALALYSLYS(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB75 - 10896 - 129
214LEULEUPHEPHE(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB111 - 190132 - 211
215GLUGLUMETMET(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB208 - 211229 - 232
216VALVALLYSLYS(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB214 - 218235 - 239
217ILEILEALAALA(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB221 - 235242 - 256
218GLUGLUILEILE(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB238 - 264259 - 285
319ARGARGALAALA(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC9 - 5330 - 74
320LEULEULEULEU(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC5677
321ASNASNGLNGLN(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC59 - 7280 - 93
322ALAALALYSLYS(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC75 - 10896 - 129
323LEULEUPHEPHE(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC111 - 190132 - 211
324GLUGLUMETMET(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC208 - 211229 - 232
325VALVALLYSLYS(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC214 - 218235 - 239
326ILEILEALAALA(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC221 - 235242 - 256
327GLUGLUILEILE(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC238 - 264259 - 285
428ARGARGALAALA(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD9 - 5330 - 74
429LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD5677
430ASNASNGLNGLN(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD59 - 7280 - 93
431ALAALALYSLYS(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD75 - 10896 - 129
432LEULEUPHEPHE(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD111 - 190132 - 211
433GLUGLUMETMET(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD208 - 211229 - 232
434VALVALLYSLYS(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD214 - 218235 - 239
435ILEILEALAALA(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD221 - 235242 - 256
436GLUGLUILEILE(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD238 - 264259 - 285

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要素

#1: タンパク質
Borneol Dehydrogenase (salvia rosmarinus) apo structure


分子量: 30284.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salvia rosmarinus (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3.0M NaCl 0.1M bis-tris pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 25633 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.9 % / Biso Wilson estimate: 82.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 16.49
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 25.4 % / Rmerge(I) obs: 2.125 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 4012 / CC1/2: 0.889 / Rrim(I) all: 2.169 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bgm

2bgm


解像度: 3.1→50 Å / SU ML: 0.4793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.3175
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3054 1280 5.01 %
Rwork0.2547 24276 -
obs0.2571 25556 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7290 0 0 3 7293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74829993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04691213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.32451049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.220.45141350.37172589X-RAY DIFFRACTION98.62
3.22-3.370.37381400.35082642X-RAY DIFFRACTION99.32
3.37-3.550.37891400.31472651X-RAY DIFFRACTION99.86
3.55-3.770.37381400.29212644X-RAY DIFFRACTION99.61
3.77-4.060.37081410.29052684X-RAY DIFFRACTION99.79
4.06-4.470.31361420.26032687X-RAY DIFFRACTION99.86
4.47-5.110.29761430.25812716X-RAY DIFFRACTION99.79
5.11-6.440.2881450.2572754X-RAY DIFFRACTION100
6.44-48.960.23331540.19112909X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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