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- PDB-6zyk: Non-heme monooxygenase, ThoJ-Ni complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zyk
タイトルNon-heme monooxygenase, ThoJ-Ni complex
要素Monooxygenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / non-heme monooxygenase
機能・相同性Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / NICKEL (II) ION / L(+)-TARTARIC ACID / Phytanoyl-CoA dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces malaysiense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Koehnke, J. / Sikandar, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KO4116_3_1 ドイツ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Non-Heme Monooxygenase ThoJ Catalyzes Thioholgamide beta-Hydroxylation.
著者: Sikandar, A. / Lopatniuk, M. / Luzhetskyy, A. / Koehnke, J.
履歴
登録2020年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7873
ポリマ－33,5781
非ポリマー2092
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.753, 80.753, 129.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Monooxygenase


分子量: 33578.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces malaysiense (バクテリア)
遺伝子: VT52_024865
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1J4PXK4
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 150 mM Sodium tartrate, 28% (w/v) PEG 3350, 10% (v/v) 2.0 M NDSB-221

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→68.56 Å / Num. obs: 14610 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 2 % / Rrim(I) all: 0.1201 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Num. unique obs: 1414 / Rrim(I) all: 0.9535

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
Phaser-MR位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NCJ

5ncj


解像度: 2.55→42.86 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 702 4.81 %
Rwork0.2271 --
obs0.2277 14600 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→42.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1872 0 11 56 1939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7562638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.452268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.750.32611170.31282726X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.020.32071380.27232719X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.460.28261400.24972748X-RAY DIFFRACTION100
3.46-4.360.20891390.19962785X-RAY DIFFRACTION100
4.36-42.860.20241680.20272920X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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