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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zwi | ||||||
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タイトル | Human butyrylcholinesterase in complex with ((6-((2E,4E)-5-(benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)penta-2,4-dienamido)hexyl)triphenylphosphonium bromide) | ||||||
要素 | Cholinesteraseコリンエステラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Butyrylcholinesterase / inhibitor (酵素阻害剤) / mitochondria (ミトコンドリア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / 学習 / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / 小胞体 / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Da Silva, O. / Nachon, F. / Dias, J. / Brazzolotto, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antioxidants (Basel) / 年: 2021 タイトル: Fine-Tuning the Biological Profile of Multitarget Mitochondriotropic Antioxidants for Neurodegenerative Diseases. 著者: Chavarria, D. / Da Silva, O. / Benfeito, S. / Barreiro, S. / Garrido, J. / Cagide, F. / Soares, P. / Remiao, F. / Brazzolotto, X. / Nachon, F. / Oliveira, P.J. / Dias, J. / Borges, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zwi.cif.gz | 165.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zwi.ent.gz | 104.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zwi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/6zwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/6zwi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 8||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE, CHE1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P06276, コリンエステラーゼ |
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-糖 , 5種, 7分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose | ||
#4: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#5: 多糖 | #6: 糖 | |
-非ポリマー , 7種, 241分子
#7: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||
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#8: 化合物 | ChemComp-QRH / ( | ||||||
#9: 化合物 | ChemComp-LEA / | ||||||
#10: 化合物 | ChemComp-CL / #11: 化合物 | ChemComp-SO4 / #12: 化合物 | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Ammonium sulfate, 2-(N-Morpholino)-ethanesulfonic acid, pH 6.5, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→48.79 Å / Num. obs: 65496 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 51.4 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1014 / Net I/σ(I): 29.97 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.916 Å / Num. unique obs: 6485 / CC1/2: 0.31 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1P0I 解像度: 1.85→48.79 Å / SU ML: 0.2935 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.0604 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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