PDB-6zvz: Connectase MJ0548 from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zvz

タイトル

Connectase MJ0548 from Methanocaldococcus jannaschii

要素

Connectase MJ0548

キーワード

LIGASE / Protein Ligase / Transpeptidase / Methanogenesis / Proteasome Homolog

機能・相同性

Uncharacterised conserved protein UCP019262 / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2121) / Uncharacterized protein MJ0548

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ammelburg, M. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Archaeal Connectase is a specific and efficient protein ligase related to proteasome beta subunits.
著者: Fuchs, A.C.D. / Ammelburg, M. / Martin, J. / Schmitz, R.A. / Hartmann, M.D. / Lupas, A.N.

履歴

登録	2020年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zvz.cif.gz	479.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zvz.ent.gz	399.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zvz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zvz_validation.pdf.gz	328 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zvz_full_validation.pdf.gz	340.8 KB	表示
XML形式データ	6zvz_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	6zvz_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zvz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zw0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zvz-2 2x6a-d 6zvz-4 4lp8-d 6zvz-3 3b2m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Connectase MJ0548

B: Connectase MJ0548

C: Connectase MJ0548

D: Connectase MJ0548

136 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Connectase MJ0548

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
34.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Connectase MJ0548

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Connectase MJ0548

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Connectase MJ0548

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.162, 190.221, 111.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.430, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	-1 - 292	2 - 295
2	1	SER	SER	LYS	LYS	B	B	-1 - 292	2 - 295
1	2	SER	SER	HIS	HIS	A	A	-1 - 291	2 - 294
2	2	SER	SER	HIS	HIS	C	C	-1 - 291	2 - 294
1	3	SER	SER	HIS	HIS	A	A	-1 - 291	2 - 294
2	3	SER	SER	HIS	HIS	D	D	-1 - 291	2 - 294
1	4	SER	SER	HIS	HIS	B	B	-1 - 291	2 - 294
2	4	SER	SER	HIS	HIS	C	C	-1 - 291	2 - 294
1	5	SER	SER	HIS	HIS	B	B	-1 - 291	2 - 294
2	5	SER	SER	HIS	HIS	D	D	-1 - 291	2 - 294
1	6	GLY	GLY	LYS	LYS	C	C	-2 - 292	1 - 295
2	6	GLY	GLY	LYS	LYS	D	D	-2 - 292	1 - 295

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Connectase MJ0548 / Connectase MJ0548 分子量: 34080.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: contains N-terminal remnants of thrombin cleavage site, Connectase MJ0548 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0548 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57968
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 70% MPD, 100mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→37.197 Å / Num. obs: 65793 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.307 % / B_iso Wilson estimate: 56.101 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 0.874 / Net I/σ(I): 11.57

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.44	4.305	0.747	1.69	44839	10876	10416	0.706	0.851	95.8
2.44-2.6	4.388	0.495	2.64	43484	10160	9909	0.859	0.563	97.5
2.6-2.81	4.382	0.27	4.87	40649	9498	9277	0.95	0.307	97.7
2.81-3.08	4.373	0.157	8.25	37279	8705	8525	0.981	0.179	97.9
3.08-3.44	4.33	0.087	14.44	33619	7909	7765	0.993	0.099	98.2
3.44-3.97	4.25	0.06	21.19	29344	7024	6905	0.995	0.069	98.3
3.97-4.84	4.199	0.051	25.77	24524	5919	5841	0.996	0.058	98.7
4.84-6.79	4.188	0.048	26.12	19114	4621	4564	0.996	0.055	98.8
6.79-37.197	4.049	0.043	28.46	10490	2659	2591	0.996	0.05	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.197 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 20.014 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	2609	4 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
obs	0.2435	63184	97.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.52 Å² / B_iso mean: 64.867 Å² / B_iso min: 24.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	-2.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→37.197 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9556	0	0	45	9601
B_iso mean	-	-	-	41.88	-
残基数	-	-	-	-	1178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	9684
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	9836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.982	12954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.245	3	22739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.24	5	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.169	25	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.305	15	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.398	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2022

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19508	0.08
1	2	B	19508	0.08
2	1	A	19036	0.1
2	2	C	19036	0.1
3	1	A	19032	0.09
3	2	D	19032	0.09
4	1	B	19117	0.09
4	2	C	19117	0.09
5	1	B	19030	0.09
5	2	D	19030	0.09
6	1	C	19261	0.08
6	2	D	19261	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.358 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.455	204	-
R_work	0.386	4458	-
obs	-	-	93.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8635	0.443	-0.2451	1.988	0.2995	4.3145	0.1028	-0.1516	-0.2229	0.2235	0.0123	0.2113	0.5259	-0.3591	-0.1151	0.1507	-0.0004	-0.0157	0.0741	0.023	0.059	17.683	-18.937	37.053
2	2.1825	-1.2304	0.804	7.041	-0.2959	2.3086	-0.0168	-0.3289	-0.1121	0.5124	0.0841	0.4664	-0.2156	-0.1773	-0.0674	0.187	0.0428	0.1692	0.2569	0.0465	0.1757	30.385	-69.87	39.758
3	1.5149	0.1569	0.1634	2.0722	-0.8262	3.9049	0.0746	-0.1497	0.0846	0.1457	-0.0179	-0.2546	-0.3958	0.2769	-0.0567	0.1618	0.0228	0.0455	0.0691	-0.0008	0.0623	21.136	28.977	36.446
4	1.8135	-1.3591	-0.7438	6.5581	0.2187	1.6713	-0.0055	-0.1726	-0.043	0.4153	0.0933	-0.344	0.1033	0.0598	-0.0879	0.0896	0.0282	-0.0347	0.1092	-0.0326	0.0781	8.208	81.22	35.021
5	2.6202	-1.0769	-0.4049	3.2277	-0.6796	0.6974	-0.0081	0.0112	0.0089	-0.0251	-0.0265	-0.2886	-0.1491	0.1131	0.0346	0.2577	-0.0051	0.0849	0.091	-0.0055	0.056	35.666	19.047	13.195
6	0.448	-0.2148	-0.584	6.8278	4.1405	3.0597	-0.0065	-0.0431	-0.0046	0.6631	0.3196	-0.4087	0.4206	0.1685	-0.3131	0.5574	0.0622	-0.023	0.2786	-0.0046	0.3967	28.103	-24.555	-11.735
7	2.6707	-1.3529	-0.3303	4.363	1.4441	1.4336	0.1291	0.3426	0.1477	0.0796	-0.3254	0.6865	-0.0327	-0.3013	0.1963	0.1749	-0.0216	-0.039	0.3816	-0.0296	0.2196	-1.689	-9.436	17.877
8	1.7819	0.1424	1.3713	8.6347	-2.0742	1.6645	0.017	0.3176	0.1555	-0.8259	-0.2458	-0.1658	0.1226	0.4905	0.2288	1.0252	0.0998	-0.0197	0.8164	0.1206	0.6614	9.332	32.305	-12.499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	200 - 292
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-1 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	200 - 292
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-2 - 199
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	200 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	-2 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	200 - 292

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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