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- PDB-6zrb: Crystal structure of SMYD3 conjugate with piperidine-based covale... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zrb
タイトルCrystal structure of SMYD3 conjugate with piperidine-based covalent inhibitor EM127
要素Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
キーワードONCOPROTEIN / Inhibitor / covalent inhibitor / complex / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines ...histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines / nucleosome assembly / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / methylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase Smyd3 / SMYD3, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain ...Histone-lysine N-methyltransferase Smyd3 / SMYD3, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-QON / S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Talibov, V.O. / Eriksson, D.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG 19172 イタリア
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of the 4-aminopiperidine-based compound EM127 for the site-specific covalent inhibition of SMYD3
著者: Parenti, M.D. / Naldi, M. / Manoni, E. / Fabini, E. / Cederfelt, D. / Talibov, V.O. / Gressani, V. / Guven, U. / Grossi, V. / Fasano, C. / Sanese, P. / De Marco, K. / Shtil, A.A. / Kurkin, A. ...著者: Parenti, M.D. / Naldi, M. / Manoni, E. / Fabini, E. / Cederfelt, D. / Talibov, V.O. / Gressani, V. / Guven, U. / Grossi, V. / Fasano, C. / Sanese, P. / De Marco, K. / Shtil, A.A. / Kurkin, A.V. / Altieri, A. / Danielson, U.H. / Caretti, G. / Simone, C. / Varchi, G. / Bartolini, M. / Del Rio, A.
履歴
登録2020年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4267
ポリマ－49,4601
非ポリマー9656
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.935, 65.989, 107.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3 / SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1


分子量: 49460.402 Da / 分子数: 1 / 変異: K13N, K140R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD3, ZMYND1, ZNFN3A1 / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): N-term 6xHis tag, thrombin cleavage / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H7B4, [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase

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非ポリマー , 5種, 418分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-QON / N-[1-(2-Chloroacetyl)piperidin-4-yl]-5-cyclopropyl-1,2-oxazole-3-carboxamide / ~{N}-[1-(2-chloranylethanoyl)piperidin-4-yl]-5-cyclopropyl-1,2-oxazole-3-carboxamide


分子量: 311.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18ClN3O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: Protein was pre-incubated with the covalent inhibitor, 7 mg/mL and 0.4 mM, respectively, for 8 h at RT. Crystallization was performed in 2 uL hanging drops, 1:1 protein to reservoir ratio, ...詳細: Protein was pre-incubated with the covalent inhibitor, 7 mg/mL and 0.4 mM, respectively, for 8 h at RT. Crystallization was performed in 2 uL hanging drops, 1:1 protein to reservoir ratio, reservoir: 16% PEG3350, 100 mM Tris (pH 8.25), 100 mM Mg(OAc)2). Protein crystals were cryoprotected in 20% PEG3350, 100 mM Tris (pH 8.25), 100 mM Mg(OAc)2, 10% DMSO and 10% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→107.32 Å / Num. obs: 62691 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2667 / CC1/2: 0.789 / Rpim(I) all: 0.277 / Rrim(I) all: 0.532 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z2R

6z2r
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.55→56.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1845 3106 5 %RANDOM
Rwork0.1654 ---
obs0.1664 59518 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.88 Å2 / Biso mean: 21.465 Å2 / Biso min: 11.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å2-0 Å20 Å2
2---0.39 Å2-0 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→56.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3402 0 54 412 3868
Biso mean--19.05 30.76 -
残基数----425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0173343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.6534777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3161.5857781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0935431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.97321.771192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6415662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3461529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4012.0531711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4022.0511710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2063.0742136
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 189 -
Rwork0.236 3848 -
all-4037 -
obs--87.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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