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- PDB-6zo0: 2.23 A resolution 3,4-dimethylcatechol (3,4-dimethylbenzene-1,2-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zo0
タイトル2.23 A resolution 3,4-dimethylcatechol (3,4-dimethylbenzene-1,2-diol) inhibited Sporosarcina pasteurii urease
要素(Urease subunit ...) x 3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / urease / nickel / enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, gamma subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit ...Urease, gamma subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / HYDROXIDE ION / Urease subunit gamma / Urease subunit alpha / Urease subunit alpha / Urease subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Sporosarcina pasteurii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Mazzei, L. / Cianci, M. / Musiani, F. / Ciurli, S.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Inhibition of Urease, a Ni-Enzyme: The Reactivity of a Key Thiol With Mono- and Di-Substituted Catechols Elucidated by Kinetic, Structural, and Theoretical Studies.
著者: Mazzei, L. / Contaldo, U. / Musiani, F. / Cianci, M. / Bagnolini, G. / Roberti, M. / Ciurli, S.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Urease subunit gamma
BBB: Urease subunit beta
CCC: Urease subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,74237
ポリマ－86,3783
非ポリマー2,36434
水7,062392
1
AAA: Urease subunit gamma
BBB: Urease subunit beta
CCC: Urease subunit alpha
ヘテロ分子

AAA: Urease subunit gamma
BBB: Urease subunit beta
CCC: Urease subunit alpha
ヘテロ分子

AAA: Urease subunit gamma
BBB: Urease subunit beta
CCC: Urease subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,227111
ポリマ－259,1339
非ポリマー7,093102
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area64680 Å2
ΔGint-409 kcal/mol
Surface area61360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.501, 131.501, 188.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11CCC-624-

SO4

21CCC-625-

SO4

31CCC-734-

HOH

41CCC-844-

HOH

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要素

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Urease subunit ... , 3種, 3分子 AAABBBCCC

#1: タンパク質 Urease subunit gamma / Urea amidohydrolase subunit gamma


分子量: 11134.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0H3YGY5, urease
#2: タンパク質 Urease subunit beta / Urea amidohydrolase subunit beta


分子量: 13529.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 参照: UniProt: P41021, urease
#3: タンパク質 Urease subunit alpha / Urea amidohydrolase subunit alpha


分子量: 61713.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0H3YL32, UniProt: P41020*PLUS, urease

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非ポリマー , 5種, 426分子

#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 % / 解説: Rice shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 50 mM citrate buffer at pH 6.3, containing 1.6 - 2.0 M ammonium sulfate as a precipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
放射モノクロメーター: Si(111)Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→188.71 Å / Num. obs: 47585 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.271 / Rpim(I) all: 0.125 / Rrim(I) all: 0.299 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.23→2.3 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 1.751 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4300 / CC1/2: 0.657 / Rpim(I) all: 0.804 / Rrim(I) all: 1.929 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G4H

5g4h


解像度: 2.23→113.883 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.168 / WRfactor Rwork: 0.124 / SU B: 7.2 / SU ML: 0.163 / Average fsc free: 0.8889 / Average fsc work: 0.9054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 2279 4.794 %
Rwork0.1611 45257 -
all0.164 --
obs-47536 99.971 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.038 Å20.519 Å20 Å2
2--1.038 Å20 Å2
3----3.368 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→113.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6041 0 152 394 6587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0126481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.6518760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.575837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1622.975326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.035151121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5951540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024926
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.23270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.24283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1980.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1860.260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7573.1723261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8084.7294095
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5623.5353219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2995.1674652
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.21644.6510005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.23-2.2880.3251580.29332610.29434240.6850.72199.8540.268
2.288-2.3510.3031830.25731960.25933800.7830.81499.97040.23
2.351-2.4190.2711570.23631090.23832660.8420.8431000.207
2.419-2.4930.271360.22730380.22831740.8540.8561000.195
2.493-2.5750.2981610.22129440.22531050.8550.8671000.19
2.575-2.6650.2641400.20128420.20329820.8790.91000.165
2.665-2.7660.2351330.18627600.18828930.9130.9191000.15
2.766-2.8790.291430.18826430.19327860.8780.9171000.152
2.879-3.0060.2221190.17625650.17826850.9240.93499.96280.141
3.006-3.1530.231250.16524430.16825680.9270.9451000.134
3.153-3.3240.2211250.14923280.15324530.9390.9571000.119
3.324-3.5250.2071100.13522210.13823310.9410.9661000.112
3.525-3.7680.1751020.12121050.12422070.9640.9761000.105
3.768-4.070.1681050.11319370.11620420.9710.9811000.1
4.07-4.4570.147900.11618130.11719030.9760.981000.102
4.457-4.9830.153790.11116630.11317420.9750.9811000.095
4.983-5.7520.177670.12714860.12915530.9720.9761000.102
5.752-7.040.171630.12112660.12313290.9720.9811000.1
7.04-9.9370.19560.11510110.11810670.9640.9841000.1
9.937-113.8830.233270.2086260.2096600.9630.96398.93940.197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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