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- PDB-6znq: Crystal Structure of DUF1998 helicase MrfA bound to DNA and AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6znq
タイトルCrystal Structure of DUF1998 helicase MrfA bound to DNA and AMPPNP
要素
  • Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
  • ssDNA
キーワードHYDROLASE / DNA / REPAIR / HELICASE / MRFA / YPRA / DUF1998
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' DNA helicase activity / interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nucleic acid binding / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MrfA-like Zn-binding domain / : / MrfA Zn-binding domain / ATP-dependent helicase HRQ1, winged helix domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...MrfA-like Zn-binding domain / : / MrfA Zn-binding domain / ATP-dependent helicase HRQ1, winged helix domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / CITRIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Roske, J.J. / Liu, S. / Loll, B. / Neu, U. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)RTG 2473-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: A skipping rope translocation mechanism in a widespread family of DNA repair helicases.
著者: Roske, J.J. / Liu, S. / Loll, B. / Neu, U. / Wahl, M.C.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
B: Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
C: ssDNA
D: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,7059
ポリマ－179,3704
非ポリマー1,3355
水00
1
A: Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
C: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4495
ポリマ－89,6852
非ポリマー7643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
D: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2574
ポリマ－89,6852
非ポリマー5722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.570, 140.570, 210.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 or resid 6 through 15...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 or resid 6 through 15...
d_1ens_2(chain "C" and resid -6 through 6)
d_2ens_2(chain "D" and resid -6 through 6)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSLYSA3
d_12ens_1LEUGLYA5 - 14
d_13ens_1GLUPROA16 - 35
d_14ens_1SERSERA37 - 47
d_15ens_1GLYGLNA50 - 66
d_16ens_1GLYGLNA68 - 114
d_17ens_1SERILEA116 - 129
d_18ens_1SERARGA131 - 147
d_19ens_1ALACYSA149 - 208
d_110ens_1PHEVALA210 - 262
d_111ens_1ARGALAA269 - 294
d_112ens_1SERARGA296 - 387
d_113ens_1GLYASPA389 - 447
d_114ens_1GLUGLYA449 - 472
d_115ens_1TYRSERA475 - 479
d_116ens_1SERARGA481 - 490
d_117ens_1ASNASPA496 - 501
d_118ens_1SERVALA503 - 508
d_119ens_1ILEVALA510 - 555
d_120ens_1TYRLEUA557 - 567
d_121ens_1ILETHRA572 - 575
d_122ens_1ASPTRPA587 - 626
d_123ens_1GLUGLUA628
d_124ens_1GLYGLYA647
d_125ens_1SERVALA649 - 658
d_126ens_1ILEHISA660 - 720
d_127ens_1GLYGLYA722 - 728
d_128ens_1GLULEUA738 - 741
d_129ens_1LEUGLNA743 - 746
d_21ens_1LYSLYSB1
d_22ens_1LEUGLYB3 - 12
d_23ens_1GLUPROB14 - 33
d_24ens_1SERSERB35 - 45
d_25ens_1GLYGLNB48 - 64
d_26ens_1GLYGLNB66 - 112
d_27ens_1SERILEB114 - 127
d_28ens_1SERARGB129 - 145
d_29ens_1ALACYSB147 - 206
d_210ens_1PHEVALB208 - 260
d_211ens_1ARGALAB264 - 289
d_212ens_1SERARGB291 - 382
d_213ens_1GLYASPB384 - 442
d_214ens_1GLUGLYB444 - 467
d_215ens_1TYRSERB470 - 474
d_216ens_1SERARGB476 - 485
d_217ens_1ASNASPB491 - 496
d_218ens_1SERVALB498 - 503
d_219ens_1ILEVALB505 - 550
d_220ens_1TYRLEUB552 - 562
d_221ens_1ILETRPB564 - 607
d_222ens_1GLUGLUB609
d_223ens_1GLYGLYB617
d_224ens_1SERVALB619 - 628
d_225ens_1ILEHISB630 - 690
d_226ens_1GLYGLYB692 - 698
d_227ens_1GLULEUB703 - 706
d_228ens_1LEUGLNB708 - 711
d_11ens_2DTDTC
d_21ens_2DTDTD

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.992196169002, 0.0930542450248, 0.0829919857598), (0.0837992009915, 0.990527828578, -0.108776443804), (-0.0923279812987, -0.100972908725, -0.990595788187)123.824564937, 2.31142847144, 175.480326822
2given(-0.995708319865, 0.0528747997646, 0.0759552322181), (0.0408331381905, 0.987513381453, -0.152151162589), (-0.0830517704626, -0.148396687974, -0.985434333896)130.577933824, 10.1295604595, 181.060037586

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA


分子量: 84833.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: yprA, BSU22220 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50830, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: DNA鎖 ssDNA


分子量: 4851.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.24 M tri-sodium citrate, 24 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→50 Å / Num. obs: 31095 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 64.36 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.45
反射 シェル解像度: 3.34→3.54 Å / Num. unique obs: 4895 / CC1/2: 0.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
Cootモデル構築
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292109739

解像度: 3.34→28.73 Å / SU ML: 0.4983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.3922
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2822 1551 5 %
Rwork0.2228 29456 -
obs0.2258 31007 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→28.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11602 568 77 0 12247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004712546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.854317113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05291932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00592104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7281887
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.07650614222
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.893053515646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.34-3.440.37451370.33472601X-RAY DIFFRACTION98.07
3.44-3.570.35021390.30382646X-RAY DIFFRACTION99.71
3.57-3.710.34611390.25792649X-RAY DIFFRACTION99.93
3.71-3.880.30481390.25412641X-RAY DIFFRACTION99.89
3.88-4.080.30441370.24642595X-RAY DIFFRACTION96.98
4.08-4.340.28681410.21462679X-RAY DIFFRACTION100
4.34-4.670.24461420.18872692X-RAY DIFFRACTION100
4.67-5.140.25221410.19732689X-RAY DIFFRACTION99.93
5.14-5.870.28771430.22222719X-RAY DIFFRACTION99.65
5.88-7.380.29191430.22372708X-RAY DIFFRACTION98.55
7.38-28.730.24341500.18712837X-RAY DIFFRACTION97.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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