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- PDB-6znp: Crystal Structure of DUF1998 helicase MrfA bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6znp
タイトルCrystal Structure of DUF1998 helicase MrfA bound to DNA
要素
  • Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
  • ssDNA
キーワードHYDROLASE / DNA / REPAIR / HELICASE / MRFA / YPRA / DUF1998
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' DNA helicase activity / interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nucleic acid binding / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MrfA-like Zn-binding domain / MrfA Zn-binding domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal ...MrfA-like Zn-binding domain / MrfA Zn-binding domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Roske, J.J. / Liu, S. / Loll, B. / Neu, U. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)RTG 2473-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: A skipping rope translocation mechanism in a widespread family of DNA repair helicases.
著者: Roske, J.J. / Liu, S. / Loll, B. / Neu, U. / Wahl, M.C.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
B: Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
C: ssDNA
D: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,6937
ポリマ－179,3704
非ポリマー3233
水181
1
A: Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
C: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9434
ポリマ－89,6852
非ポリマー2582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA
D: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7503
ポリマ－89,6852
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.332, 140.332, 212.106
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 265 or resid 269...
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSLYSA2 - 264
d_12ens_1ILELYSA268 - 568
d_13ens_1ILETHRA572 - 575
d_14ens_1HISPROA584 - 616
d_15ens_1SERGLUA623 - 628
d_16ens_1THRLEUA640 - 641
d_17ens_1LEUILEA644 - 673
d_18ens_1THRTHRA682 - 729
d_19ens_1LYSSERA735 - 748
d_21ens_1LYSSERB1 - 701
d_11ens_2DTDCC
d_21ens_2DTDCD

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99576811344, 0.0696838148294, 0.0599168607847), (0.0644785847798, 0.994308750628, -0.084809318645), (-0.0654856958447, -0.0805870608414, -0.994594062552)128.037324635, 1.64253878156, 172.749715093
2given(-0.997610499665, 0.0378174521581, 0.0578198172731), (0.0299212751238, 0.990824574243, -0.131800532516), (-0.0622736561652, -0.12975555244, -0.989588544982)133.212005228, 9.06720667857, 179.090298571

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized ATP-dependent helicase YprA


分子量: 84833.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: yprA, BSU22220 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50830, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: DNA鎖 ssDNA


分子量: 4851.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-sodium citrate, 24 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→50 Å / Num. obs: 37055 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 60.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.16→3.35 Å / 冗長度: 14 % / Num. unique obs: 5841 / CC1/2: 0.411 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
Cootモデル構築
MxCuBEデータ収集
AutoSol位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.16→19.32 Å / SU ML: 0.441 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 1841 5 %
Rwork0.2193 35004 -
obs0.2215 36845 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→19.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11526 568 15 1 12110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004512400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.726416893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05031906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00462083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.08681855
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.933998188906
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.917690093316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.16-3.240.35271370.33232597X-RAY DIFFRACTION98.59
3.24-3.340.36141400.30732672X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.440.3141400.30262649X-RAY DIFFRACTION99.93
3.44-3.570.3471390.27922641X-RAY DIFFRACTION99.96
3.57-3.710.30091400.24362668X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.880.29731410.23642670X-RAY DIFFRACTION99.96
3.88-4.080.27641400.22812671X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.330.27311410.19742675X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.660.23531410.18372681X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.120.22461430.18112723X-RAY DIFFRACTION99.97
5.12-5.840.25041440.21522731X-RAY DIFFRACTION100
5.85-7.30.25051450.22012756X-RAY DIFFRACTION99.97
7.3-19.320.21191500.18352870X-RAY DIFFRACTION99.44

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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