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万見
- PDB-6zmq: Cytochrome c Heme Lyase CcmF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zmq
タイトルCytochrome c Heme Lyase CcmF
要素Cytochrome C-type biogenesis protein ccmF
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Heme lyase cytochrome c maturation membrane protein cytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / cytochrome complex assembly / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c-type biogenesis protein / Cytochrome c-type biogenesis protein CcmF, C-terminal / Cytochrome c-type biogenesis protein CcmF C-terminal / Cytochrome c assembly protein / Cytochrome C assembly protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Cytochrome C-type biogenesis protein ccmF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Brausemann, A. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC 1381, project ID 403222702 ドイツ
European Research Council (ERC)310656 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Architecture of the membrane-bound cytochrome c heme lyase CcmF.
著者: Brausemann, A. / Zhang, L. / Ilcu, L. / Einsle, O.
履歴
登録2020年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome C-type biogenesis protein ccmF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2748
ポリマ－72,7001
非ポリマー4,5747
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.720, 128.270, 134.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome C-type biogenesis protein ccmF


分子量: 72699.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: ccmF, TT_C1038 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72IU4
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.53 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18-19 % (v/v) low molecular weight polyethylene glycols (PEG 400, PEG 550 MME, PEG 600, PEG 1000), 0.1 M BisTris pH 6.5, 150 mM MgCl2, 4 % (v/v) trifluorethanol
PH範囲: 6.2-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→92.98 Å / Num. obs: 15589 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 26.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.67→3.06 Å / 冗長度: 23.5 % / Num. unique obs: 779 / CC1/2: 0.502 / % possible all: 58.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.67→48.15 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 41.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3085 1487 5.11 %RANDOM
Rwork0.2707 27588 --
obs0.2726 15576 44.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.67 Å2 / Biso mean: 61.3781 Å2 / Biso min: 19.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4636 0 313 17 4966
Biso mean--65.55 34.33 -
残基数----589
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.67-2.750.403280.48811261342
2.75-2.850.1993140.36752382524
2.85-2.960.5845140.43324044187
2.96-3.10.3375700.3924943101317
3.1-3.260.451750.37051648172329
3.26-3.470.43831360.35962156229238
3.47-3.730.33351470.31542807295449
3.73-4.110.29652160.28373702391866
4.11-4.70.29572500.22914583483381
4.7-5.920.31062830.26815379566295
5.92-48.150.28342740.25955602587698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -40.7078 Å / Origin y: 4.3014 Å / Origin z: 142.115 Å
111213212223313233
T0.3155 Å2-0.0591 Å2-0.0029 Å2-0.1331 Å20.0474 Å2--0.2863 Å2
L1.1731 °2-0.0495 °2-0.1158 °2-0.2384 °20.4493 °2--0.8942 °2
S0.0478 Å °0.0479 Å °-0.0156 Å °-0.1193 Å °0.0296 Å °-0.0122 Å °-0.0649 Å °0.0757 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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