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- PDB-6zhh: Ca2+-ATPase from Listeria Monocytogenes with G4 insertion. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zhh
タイトルCa2+-ATPase from Listeria Monocytogenes with G4 insertion.
要素Calcium-transporting ATPase
キーワードTRANSPORT PROTEIN / P-type ATPase Calcium pump / Listeria monocytogenes
機能・相同性
機能・相同性情報


manganese ion transport / P-type calcium transporter activity / intracellular calcium ion homeostasis / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N ...Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Calcium-transporting ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Basse Hansen, S. / Dyla, M. / Neumann, C. / Quistgaard, E.M.H. / Lauwring Andersen, J. / Kjaergaard, M. / Nissen, P.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
LundbeckfondenR248-2016-2518 デンマーク
Danish Council for Independent Research7014-00328B デンマーク
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: The Crystal Structure of the Ca 2+ -ATPase 1 from Listeria monocytogenes reveals a Pump Primed for Dephosphorylation.
著者: Hansen, S.B. / Dyla, M. / Neumann, C. / Quistgaard, E.M.H. / Andersen, J.L. / Kjaergaard, M. / Nissen, P.
履歴
登録2020年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-transporting ATPase
B: Calcium-transporting ATPase
C: Calcium-transporting ATPase
D: Calcium-transporting ATPase
E: Calcium-transporting ATPase
F: Calcium-transporting ATPase
G: Calcium-transporting ATPase
H: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)810,99246
ポリマ－794,6928
非ポリマー16,30138
水28816
1
A: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0015
ポリマ－99,3361
非ポリマー1,6654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,93710
ポリマ－99,3361
非ポリマー5,6009
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9019
ポリマ－99,3361
非ポリマー4,5658
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,44610
ポリマ－99,3361
非ポリマー4,1109
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4273
ポリマ－99,3361
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4273
ポリマ－99,3361
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4273
ポリマ－99,3361
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Calcium-transporting ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4273
ポリマ－99,3361
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.062, 188.499, 350.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))
21(chain B and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))
31(chain C and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))
41(chain D and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))
51(chain E and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))
61(chain F and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))
71chain G
81(chain H and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALA(chain A and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))AA1 - 402 - 41
12PROPRO(chain A and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))AA46 - 88051 - 885
21ALAALA(chain B and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))BB1 - 402 - 41
22PROPRO(chain B and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))BB46 - 88051 - 885
31ALAALA(chain C and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))CC1 - 402 - 41
32PROPRO(chain C and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))CC46 - 88051 - 885
41ALAALA(chain D and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))DD1 - 402 - 41
42PROPRO(chain D and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))DD46 - 88051 - 885
51ALAALA(chain E and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))EE1 - 402 - 41
52PROPRO(chain E and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))EE46 - 88051 - 885
61ALAALA(chain F and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))FF1 - 402 - 41
62PROPRO(chain F and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))FF46 - 88051 - 885
71ALAALAchain GGG1 - 8802 - 885
81ALAALA(chain H and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))HH1 - 402 - 41
82PROPRO(chain H and (resid 1 through 40 or resid 46 through 880))HH46 - 88051 - 885

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Calcium-transporting ATPase / Cation-transporting ATPase


分子量: 99336.438 Da / 分子数: 8 / 変異: G4 insertion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: A3R04_02860 / プラスミド: pET-22b / Cell (発現宿主): pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A1C7PY84

-
非ポリマー , 5種, 54分子

#2: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-CE1 / O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / THESIT / オクタエチレングリコ-ルモノドデシルエ-テル


分子量: 538.755 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O9
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG2000, 8% glycerol, 8% MPD, 100mM MgCl2 and 50 mM Tris-HCl, pH 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 184311 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 8766 / CC1/2: 0.333

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B9B, 3B9R

3b9b

3b9r


解像度: 3→49.582 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 1999 1.09 %
Rwork0.2546 182056 -
obs0.2549 184055 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 367.97 Å2 / Biso mean: 128.8131 Å2 / Biso min: 12.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.582 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53620 0 936 16 54572
Biso mean--77.99 146.99 -
残基数----7035
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A33077X-RAY DIFFRACTION14.156TORSIONAL
12B33077X-RAY DIFFRACTION14.156TORSIONAL
13C33077X-RAY DIFFRACTION14.156TORSIONAL
14D33077X-RAY DIFFRACTION14.156TORSIONAL
15E33077X-RAY DIFFRACTION14.156TORSIONAL
16F33077X-RAY DIFFRACTION14.156TORSIONAL
17G33077X-RAY DIFFRACTION14.156TORSIONAL
18H33077X-RAY DIFFRACTION14.156TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0001-3.07510.40151430.35141247192
3.0751-3.15820.35241420.31951276495
3.1582-3.25110.35151370.30531266494
3.2511-3.35610.31331450.291285695
3.3561-3.4760.31871350.28831290896
3.476-3.61510.29611450.2751307097
3.6151-3.77960.2621460.24661319398
3.7796-3.97880.27131490.24371323898
3.9788-4.22790.25681430.22641316997
4.2279-4.55420.26171470.22051320898
4.5542-5.01210.27351400.22831325697
5.0121-5.73640.28431410.25671321497
5.7364-7.22370.31991460.27671315197
7.2237-49.5820.24251400.23251289494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39381.2611-0.73887.4712-0.05685.0566-0.1121-0.28580.558-0.00980.149-0.3298-0.30050.3115-0.04180.33610.0521-0.07680.2636-0.09820.55382.2273-43.40565.4938
21.99450.2855-0.21137.6831-0.92865.2196-0.168-0.2891-0.4437-0.05880.0811-0.09130.2823-0.20290.06960.28510.04510.04360.27940.09660.507334.4426-39.186465.5993
32.9926-0.11330.25026.16061.09213.03630.0086-0.48510.08341.62250.27211.0642-0.5019-0.16-0.28951.13630.17940.29620.45330.13780.70617.759914.688658.616
43.2001-0.6295-0.56794.8967-0.61982.7079-0.0795-0.4383-0.05441.18630.297-1.02720.42790.2004-0.14861.05850.1869-0.32640.4433-0.10650.811619.097491.149158.5775
51.1904-0.10690.81571.125-0.54391.31060.07561.18560.0297-0.93360.1573-0.1912-0.1773-0.8939-0.20431.8875-0.27370.27123.09790.0381.107650.465752.5193116.0858
61.1075-0.58830.63311.09140.06990.4987-0.1908-0.0231-0.29330.169-0.16790.0893-0.09650.66220.35851.373-0.1370.09634.1250.17381.168633.8402-1.6261109.2756
72.0524-0.205-0.95623.4048-1.1161.0653-0.3231.32550.6109-0.5310.07670.23510.1242-0.27850.2591.2222-0.2531-0.16333.58750.43411.2198-7.8802-5.7358109.1229
80.6927-0.1196-0.50491.7717-0.13860.3810.1426-0.52610.0285-0.24520.07620.16080.5254-0.0235-0.12891.8218-0.1014-0.15583.6540.24011.0496-25.0331-59.3215116.4328
92.8973-0.560.1830.37731.06654.4039-0.0714-0.1662-0.21620.17170.1498-0.13610.11990.0068-0.0850.3923-0.0084-0.02250.10530.01870.4440.5984-69.053748.9443
102.9738-0.9529-0.22090.7385-0.89355.4431-0.0017-0.05820.27930.20320.1430.0663-0.27490.0833-0.14260.3726-0.007-0.03390.1210.00350.40336.1921-13.548949.0183
114.0721-1.1225-1.42883.70080.57215.33850.1128-0.61720.48371.00430.06240.3058-0.26820.2847-0.15480.7828-0.01370.06090.2683-0.07990.573629.508437.374241.7726
123.8073-1.54671.49343.04150.15154.36180.151-0.5874-0.43740.90730.029-0.26860.5339-0.2674-0.18480.7783-0.0609-0.11650.27890.06340.56817.481768.429941.6082
132.2722-0.03140.03272.8297-0.72784.3789-0.2479-0.41290.2928-1.00780.24340.05610.34480.3999-0.10351.4732-0.2593-0.03844.01020.08691.032638.804475.3303133.0328
142.49330.62220.34211.8216-0.2493.802-0.27350.25920.039-0.55790.08220.14560.0719-0.35830.13981.2167-0.18590.01944.06850.29051.033332.094224.2467125.7821
152.80860.5733-0.61772.2901-0.62654.9557-0.2329-0.58480.0605-0.16920.1060.25840.43390.50450.08741.1644-0.15420.07853.83350.17011.0423-6.4438-31.2573125.9735
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精密化 TLSグループ
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6X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1:40 or resid 111:221)C111 - 221
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10X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1:40 or resid 111:221)E111 - 221
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13X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 1:40 or resid 111:221)G1 - 40
14X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 1:40 or resid 111:221)G111 - 221
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17X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 313:342 or resid 529:665)A313 - 342
18X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 313:342 or resid 529:665)A529 - 665
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20X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 313:342 or resid 529:665)B529 - 665
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22X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 313:342 or resid 529:665)C529 - 665
23X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 313:342 or resid 529:665)D313 - 342
24X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 313:342 or resid 529:665)D529 - 665
25X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 313:342 or resid 529:665)E313 - 342
26X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 313:342 or resid 529:665)E529 - 665
27X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 313:342 or resid 529:665)F313 - 342
28X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 313:342 or resid 529:665)F529 - 665
29X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 313:342 or resid 529:665)G313 - 342
30X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 313:342 or resid 529:665)G529 - 665
31X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 313:342 or resid 529:665)H313 - 342
32X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 313:342 or resid 529:665)H529 - 665
33X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 343:528)A343 - 528
34X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 343:528)B343 - 528
35X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 343:528)C343 - 528
36X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 343:528)D343 - 528
37X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 343:528)E343 - 528
38X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 343:528)F343 - 528
39X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 343:528)G343 - 528
40X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 343:528)H343 - 528
41X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)A45 - 110
42X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)A222 - 312
43X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)A666 - 887
44X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)B45 - 110
45X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)B222 - 312
46X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)B666 - 887
47X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)C45 - 110
48X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)C222 - 312
49X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)C666 - 887
50X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)D45 - 110
51X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)D222 - 312
52X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:887)D666 - 887
53X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)E45 - 110
54X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)E222 - 312
55X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)E666 - 880
56X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)F45 - 110
57X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)F222 - 312
58X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)F666 - 880
59X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 51:110 or resid 222:312 or resid 666:880)G51 - 110
60X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 51:110 or resid 222:312 or resid 666:880)G222 - 312
61X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 51:110 or resid 222:312 or resid 666:880)G666 - 880
62X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)H45 - 110
63X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)H222 - 312
64X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 45:110 or resid 222:312 or resid 666:880)H666 - 880

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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